מאוחר יותר להסכם שלום ששימר את שלמותה הטריטוריאלית של סודן תוך הענות לתביעת הדרום לאוטונומיה אזורית. ואולם ההסכם נשחק בהדרגה על-רקע קשייו הפוליטיים והכלכליים של נומיירי שאלצוהו לקדם את החלת חוקי השריעה וכפייתם גם בדרום, וב-1983 חודשה המלחמה בין הצפון לדרום. בסופו של דבר זכתה דרום סודן בעצמאות ביולי 2011 וזמן קצר לאחר מכן חתמה על הסכם שלום עם ישראל שהייתה בין הראשונות להכיר במדינה החדשה.
למרות קשייו הפוליטיים תמך נומיירי במדיניות השלום של סאדאת ואף סייע בחשאי בהעלאת יהודי אתיופיה לישראל דרך סודן בראשית שנות השמונים. ואולם עלייתו לשלטון של עומר בשיר בהפיכה צבאית ב-1989 הגבירה במידה ניכרת את האיסלאמיזציה של המשטר בהשפעתו של איש הדת חסן תוראבי (שאף דחף את נומיירי להחלת השריעה) והפכתו לחלק מרכזי מציר הטרור האיסלאמיסטי. במסגרת זאת העניקה סודן ב-1991-93 חסות ובסיס פעולה לאוסמה בן-לאדן ורבים מאנשי אל-קאעידה שנאלצו לברוח מסעודיה והפכה בעלת ברית קרובה של המשטר האירני, כמו גם מקור אספקה חשוב לחמאס, חיזבאללה, וארגוני טרור אחרים בסומליה ותימן. על-פי מקורות זרים פגעה ישראל מספר פעמים באספקת הנשק לגורמי טרור ובכלל זה השמדת שיירת משאיות שהובילה טילים אירנים לחמאס (ינואר 2009) ותקיפת ספינת נשק אירנית בפורט סודן.
לאחר שביולי 2008 הוציא בית הדין הבינלאומי בהאג צו מעצר נגד בשיר בגין פשעים נגד האנושות שבצע בדרפור, בה נרצחו כ-350,000-500,00 איש ואשה בשנים 2003-5, אמר יועצו של שליט סודן לממונה האמריקני בח'רטום ש"אם העניינים ילכו טוב עם ארה"ב, אולי תוכלו לעזור לנו עם ישראל, בעלי הברית הקרובים ביותר שלכם". זו הפעם הראשונה שכינון יחסים בין ישראל וסודן הועלה כאפשרות, אם כי הדבר לא הביא להפסקת מדיניות "ציר הטרור" שהפכה את סודן לזירת התגוששות חשאית בין ישראל ואירן (כך למשל תקפו מטוסי קרב ישראלים באוקטובר 2012 מפעל נשק ליד ח'רטום שהשתייך למשמרות המהפכה וייצר טילי שיהאב ארוכי טווח ואמצעי לחימה אחרים שהוברחו לעזה ולבנון).
עם הצטרפות סודן לקואליציית המדינות הערביות הסוניות בראשות סעודיה חודשו הרמזים בדבר כינון אפשרי של יחסים עם ישראל. בינואר 2016 צוטט שר החוץ אברהים ע'נדור כאומר ש"ניתן לבחון את סוגיית נרמול היחסים עם ישראל" תמורת הסרת הסנקציות האמריקניות על ח'רטום. בתגובה לסערה התקשורתית שעוררו דבריו הודה בשיר ש"הומלץ לו להסדיר את יחסיו עם ישראל" על-מנת לשפר את מצבה הכלכלי של סודן.
הדלפות אלה, שנועדו קרוב לוודאי להצביע למערב על רצינות כוונתה של סודן לנטוש את "ציר הרשע", זכו לתמיכה מצד גורמי אופוזיציה שסברו ש"אין הצדקה לכך שסודן תגלה איבה לישראל ותשלם על זה מחיר מדיני וכלכלי". האופוזיציונר ואיש הדת יוסף כודה, למשל, טען שההלכה האיסלאמית מתירה לנרמל יחסים עם ישראל ושעל סודן לעשות זאת בעוד שהשר לענייני השקעות זרות ומנהיג מפלגת האומה מובארק פאצ'ל מהדי אמר באוגוסט 2017 ש"אין כל בעיה בנורמליזציה עם ישראל". (בכך סגר השר מעגל בהיותו קרוב משפחה של מנהיג מפלגת האומה צאדק מהדי שהיה המנהיג הסודאני הראשון שנפגש עם ישראלים בשנות החמישים).
עם הדחת בשיר ב-2019 כוננה הנהגה זמנית מוסכמת האמורה להגיע במתכונת זו לבחירות ב-2022. הרכבה מהווה פשרה בין רצון העם בסיום המשטר הצבאי לעוצמה שאנשי הצבא הצליחו לשמר בידם לאחר הדחת בשיר. הגנרלים עבד אלפתאח אל בורהאן כנשיא וסגנו מוחמד חמדאן דקלו הם בעלי העוצמה ומשמרי הזיקה למשטר הקודם בעוד שראה"מ עבדאללה חמדוק ונשיא בית המשפט העליון נעמאת עבדאללה מוחמד ח’יר אמורים לייצג את רצון העם כנציגים האזרחיים הבכירים שיקדמו רפורמות ושינויים בתחומי הכלכלה וחרויות הפרט והדת. הרכב הממשלה הזמנית לוקה באי הסכמות בשלל נושאים ובניסיון השתלטות מתמיד מצד האגף הצבאי, אך הייתה זו הדרך היחידה לצאת מהמבוא הסתום לאחר הפלת בשיר והיא זכתה להסכמה וברכה מצד ממשלות מצרים, סעודיה, אתיופיה, ואיחוד האמירויות, כמו גם מצד ארה"ב ומרבית מדינות אירופה.
מהמחלוקות הפנימיות בין ראשי המשטר החדש נגזר אף היחס לישראל. בורהאן ודקלו דחפו לכינון יחסים לשם חיזוק מעמדה הבינלאומי של סודן, שיפור מצבה הכלכלי, והוצאתה מרשימת המדינות התומכות בטרור, בעוד שחמדוכ השתדל להימנע ממהלך זה עקב חששו מדעת הקהל וטען שלממשלה הזמנית אין סמכות לנרמל את היחסים עם ישראל.
פגישתם של נתניהו ובורהאן באנטבה ב-3 בפברואר 1920, בהזמנת נשיא אוגנדה מוסאווני ובדחיפת מזכיר ננגנה האמריקני פומפיאו, הוותה פריצת דרך משמעותית בכיוון נרמול היחסים בין שתי המדינות ולוותה בשלל פרסומים ממקורות סודאניים שונים על בואו הממשמש ובא של מהלך זה. ואכן, ב-23 באוקטובר פרסמו ארה"ב, ישראל וסודן הצהרה משותפת על נרמול היחסים בין ח'רטום לירושלים. סודן תוצא מרשימת המדינות התומכות-טרור ותוסרנה ממנה הסנקציות הכלכליות. ימים יגידו באיזו מידה יתווה צעד זה את דרך ההנהגה הסודאנית הזמנית והאם תשכיל זו להתגבר על חילוקי הדעות בתוכה ולהגיע לבחירות 2022 כגוף מתפקד ויעיל.
