ב-13 באוקטובר 2016 קיבלה אונסקו החלטה בנוגע להר-הבית והכותל המערבי. ההצעה הובאה על-ידי הרשות הפלשתינית וירדן וקראה להכריז על ירושלים העתיקה כאתר מורשת עולמי ואת חשיבותה של העיר העתיקה ל-3 הדתות, אבל, הר-הבית נקרא בהצעה מסגד אל-אקצה ו"אתר קדוש מוסלמי". רחבת הכותל המערבי נקראה בהחלטה
אל בורק פלז'ה ונקבע שאף היא אתר מוסלמי. אונסקו אישרה ב-26 באוקטובר הצעה הקובעת שהר-הבית הוא אתר פולחני מוסלמי בלבד.
הרשות הפלשתינית יזמה החלטות נוספות ב-2017: ב-2 במאי 2017 אישר הארגון הצעת החלטה הקובעת שישראל היא כוח כובש בירושלים. ב-4 ביולי גונתה ישראל על החפירות שבוצעו בעיר העתיקה והוכרז שישראל אינה הריבון בירושלים. ב-7 ביולי 2017 קבעה אונסקו שמערת המכפלה והעיר העתיקה בחברון הם אתרי מורשת עולמי. אונסקו הכירה, למעשה, ברשות הפלשתינית כריבון.
בהצבעה על הצעות ההחלטה צרפת, שוודיה, איטליה ויוון נמנעו, ובריטניה, ארה"ב, גרמניה, הולנד וליטא הצביעו נגד.
התגובות להחלטות ב-18 באוקטובר 2016, ביקשה מקסיקו לערוך הצבעה חוזרת ולשנות את עמדתה מתמיכה להימנעות בטענה שההחלטה פוגעת בעם היהודי. גם ברזיל שתמכה בהצבעה הביעה לאחר מכן הסתייגות, אבל, לאחר מכן מקסיקו ביטלה את הבקשה והסתפקה בשינוי הצבעתה. הוועד המנהל של אונסקו אישר את ההחלטה.
ארה"ב - 40 חברי קונגרס משתי המפלגות, וטראמפ גינו את ההחלטה וב-17 לאוקטובר 2017 ארה"ב הודיעה על הפסקת התמיכה בארגון. כתוצאה מכך היא איבדה את זכות ההצבעה בוועידה הכללית ובוועד המנהל של הארגון. הפרלמנט הצ'כי גינה את החלטת אונסקו וקרא לממשלתו להנחות את נציגיה להתנגד להצעות דומות. חברי פרלמנט ושרים מ-17 מדינות שונות, חתמו על הצהרה משותפת המגנה את החלטת אונסקו.
ראש ממשלת איטליה, מתיאו רנצי, גינה בחריפות את ההחלטה והזמין את שר החוץ לבירור על ההימעות של איטליה בהצבעה. השגרירות הנוצרית הבינלאומית הכריזה שהחלטת אונסקו מהווה מחיקה של 4,000 שנים של זיקה יהודית להר-הבית ואלפיים שנים של זיקה נוצרית.
המחאות הביאו את מזכ"לית הארגון, אירנה בוקובה, להכריז ש"הר-הבית קדוש גם ליהודים" והדגישה את הקשר ההיסטורי של שלוש הדתות להר-הבית. היא סיימה דבריה בהדגשה שכל קביעה אחרת פוגעת באמינות של ארגון אונסקו. מזכ"ל האו"ם באן קי מון הצטרף ב-16 באוקטובר 2016 למחאה וקבע שמסגד אל-אקצה הוא גם הר-הבית ודחה את הניסיון להטיל ספק בזיקה היהודית למקומות הקדושים בירושלים. לא מצאתי כל התייחסות של האיחוד האירופי להחלטות אונסקו.
ארגון אונרא כבר מתוך הדיון בניצול ארגוני האו"ם על-ידי הרשות הפלשתינית לקבלת החלטות אנטי-ישראליות ניתן להסיק שמלבד מספר מדינות אירופיות שמחו האיחוד האירופי לא הצטרף למחאות נגד החלטות ארגוני האו"ם לטובת הפלשתינים ונגד ישראל. או במלים אחרות, האיחוד האירופי לא הגיע למסקנה שיש לטפל ביחס המפלה לישראל מצד ארגוני האו"ם. יתר על כן, למרות הביקורת על ספרי הלימוד האיחוד האירופי ממשיך להעביר כספים לרשות הפלשתינית.
