ארגון אונרא הוקם על-ידי האו"ם ביוזמת מדינות ערב כדי לטפל בבעיית הפליטים הפלשתינים לאחר מלחמת העצמאות למרות שלאו"ם היה ארגון לטיפול בפליטים. יתר על כן, בעוד שהטיפול בארגון האו"ם למען הפליטים קבע זמן קצוב לקבלת עזרה, מאונרא לא נקבע זמן קצוב והפליט וצאצאיו נחשבים לפליטים ונהנים משירותי הארגון. מאחר שמדינות ערב סרבו ליישב את הפליטים בהן הפך הארגון את הפליטות לתופעת קבע ולאמצעי ללחץ על ישראל להשיבם לבתיהם.
אונרא הקימה 59 מחנות פליטים בסוריה, לבנון, ירדן, רצועת עזה,יהודה ושומרון וירושלים. הפעילות של אונרא כוללת:
- מערכת חינוך ותוכנית לימודים
- עזרה לעסקים קטנים
- פעילות הומניטרית
- השקעה בתשתיות במחנות הפליטים.
הארגון מעסיק בין 23,000 ל-30,000 עובדים, רובם פלשתינים וביניהם אנשי חמאס מוצהרים. התקציב ממומן מתרומות של ארה"ב,קנדה, האיחוד האירופי, שוודיה, בלגיה, הולנד, שוויץ, בחרין ואיחוד האמירויות.
תלונות ישראל ואחרים ישראל טענה כבר ב-2003 ולאורך השנים הבאות שהארגון מסייע לטרור הפלשתיני. גם נציגי מדינות נוספות ביקרו את התנהלות הארגון. הטענות היו:
1. בתוכניות הלימודים קיימת הסתה נגד ישראל - מערכת החינוך של הארגון משתמשת בספרי הלימוד של הרשות הפלשתינית. על-פי דוחות שנכתבו על ספרי הלימוד של אונרא, חלק מהספרים מדגישים את זכות השיבה, מחנכים לג'יהאד, אינם מציגים את מדינת ישראל על המפה ואת הישראלים כאנושיים או דנים בשלום בין העמים. לאחר שהתברר ב-2020 שהתוכנית אכן כוללת אנטישמיות, שנאה לישראל, ישראל הגישה תלונה לאו"ם.
2. שימוש באמבולנסים של האו"ם להברחת נשק ולפעולות טרור על-ידי מחבלים בעזה.
3.העסקת פעילי חמאס על-ידי הארגון ללא בדיקות וביניהם טרוריסטים ידועים.
4. ירי טילים על צה"ל מתוך מבנים של הארגון ברצועת עזה.
5. גילוי רקטות בבתי הספר של הארגון ברצועת עזה.
6. במרפאה של הארגון ברצועת עזה נחשפו פיר ומנהרה והמבנה היה ממולכד.
7. מתחת לשלושה בתי ספר ברצועת עזה נחפרו מנהרות.
8. ביקורת על אמינות הרישום וטכניקות איסוף הנתונים לגבי מספר הפליטים ועוד. למשל, היסטוריונים, כמו מרתה גלהורן ווולטר פינר, מאשימים את אונרא בזיוף מכוון של מספר הפליטים. פינר טען במחקר מ-1959 שמספר הפליטים היה אז רק 367,000, בעוד שאונרא טענה ב-1948 שמספרם הוא 700,000. ב-2018 אונרא טענה שמספר הפליטים מגיע לכ-5 מיליון-. בעוד שארה"ב העריכה שמספרם אינו עולה על כ-20,000.
ארגון הפליטים של האו"ם מעסיק בין 5,000-8,000 עובדים המטפלים ב-17 מיליון פליטים ואילו אונרא מעסיקה בין 30,000-25,000 עובדים המטפלים לטענתם בכ-5.2 מיליון בני אדם. אבל במציאות, אונרא מעסיקה פי 5 עובדים לטיפול באוכלוסייה קטנה בהרבה.
ב-2006 קראו שני חברי קונגרס למזכירת המדינה האמריקנית, קונדוליזה רייס, להגביר את הפיקוח על אונרא לאחר שדוח פנימי חשף ניהול לא תקין וביקשו לבדוק האם פעילות הארגון עומדת בעמידה בחוקים הפדרליים למניעת טרור. מכון וושינגטון למדיניות המזרח התיכון ציין ב-2009, ש"אין שום הצדקה לבזבוז של מיליוני דולרים לסיוע הומניטרי הניתנים כתרומה עבור אלו שיכולים להרשות לעצמם לשלם עבור שירותי אונרא.
9. ההגדרות הנוגעות לפליטים הפלשתינים על-ידי אונרא - בהגדרת אונרא, פליט הוא מי שמקום מגוריו הרגיל משנת 1946 ועד שנת 1948 היה פלשתין.
א. תיחום הזמן לשנתיים (תנאי סף נמוך לקבלת מעמד של תושבות יחסית לתנאי הסף של הנציבות של האו"ם לענייני פליטים) נועד לעקוף את ההגדרה של הנציבות וליצור הגדרה נפרדת לזרם הגדול של מהגרי עבודה ערבים מרחבי המזרח התיכון שנכנסו לארץ בשנים הללו באופן בלתי חוקי. כך הפכו מהגרי עבודה שלא היו תושבי הארץ לפליטים.
ב. מעמד הפליט בהגדרת נציבות האו"ם לפליטים לא יכול היה לעבור גם אל ילדי הפליטים. אבל אונרא החליטה להמשיך להעניק להם את מעמד הפליט.
ג. אונרא לא שללה מעמד פליט מפושעי מלחמה וטרוריסטים.
התגובות לתלונות הנשיא טראמפ הקפיא בינואר 2018 סכום של 65 מיליון מתוך 125 מיליון המענק לאונרא וארה"ב דרשה רפורמות בפעילות הארגון בטענה שיש לערוך בדיקה יסודית בפעילות הארגון. באוגוסט 2018 הפסיקה ארה"ב את המימון לחלוטין. הארגון הואשם בשחיתות, בתוכנית לימודים המנוגדת לעקרונות האו"ם ונדרש גם לשנות את מעמד הפליטות.
בעקבות התלונות ועדת האתיקה של האו"ם מסרה בדצמבר 2018 דוח חריף נגד מנכ"ל אונרא ודרשה להדיח את צמרת הארגון. באוגוסט 2019 הודיעו בלגיה, הולנד ושוויץ על הקפאת המימון בשל שחיתות. ביוזמתן התנהלו חקירות והמנכ"ל הושעה מתפקידו בשל שחיתות ובסוף התפטר.
אבל, למרות התלונות והדרישות לביקורת יסודית של פעילות הארגון, הוארך המנדט של הארגון. ב-2020 צמצמו בחרין ואיחוד האמירויות את תמיכתן בארגון כמעט לחלוטין בעקבות הסכמי אברהם. ב-2021 חידש הנשיא ביידן את המענק לאונרא.
המשמעות של תקנות אונרא - הנצחת הפליטות אונרא העניקה מעמד נצחי לצאצאי הפליטים וכך הפכה את הנושא של פליטי פלשתין לנושא קבוע במישור הבינלאומי ולאמצעי ללחץ על ישראל. הפלשתינים קוראים לזה "זכות השיבה" המשמש כסוס טרויאני לחיסול מדינת היהודים. זהו ארגון הפועל להנצחת חלום השיבה. אונרא מכשיר את הדור הצעיר למאבק נגד ישראל".
לסיכום, העובדות מדברות בעד עצמן. אומנם יש ביקורת ותלונות אבל עד היום לא נעשה ניסיון לטפל בניצול הציני של הרשות הפלשתינית את ארגוני האו"ם לדה-לגיטימציה ודמוניזציה של ישראל. בעוד שארה"ב ואף מספר מדינות אירופיות ביקרו פעילויות של ארגוני או"ם שנהגו בהטיה נגד ישראל ובייחוד את אונרא, עד היום לא נערכה חקירה יסודית על ניצול ארגוני האו"ם למאבק נגד ישראל.
