הפרשה, שכונתה בזמנו בתקשורת "פרשת אכילת המוח", עוררה תדהמה וזעזוע בקרב רבים והסעירה חוגים רבים אף מחוץ לאוניברסיטה.
תחילתה של הפרשה במרס 1974. על-פי עדויות, חמישה סטודנטים תלמידי השנה השנייה ללימודי רפואה בפקולטה לרפואה באוניברסיטה העברית בירושלים, בעת ששהו בחדר הדיסקציה בו מנותחות חלקי גופות של נפטרים המקדישים גופם למדע, התערבו בניהם מי יוכל ולמי האומץ לאכול מוחו של אדם נפטר שבניתוחו עסקו. הם הציבו בפני אחד מהחמישה אתגר לאכול מח של גופה שהיה מונח בחדר הדיסקציה. זה עמד באתגר, כך על-פי החשד, ואכל פירורים ממוח אדם שהיה מונח בחדר הדיסקציה ואף קיבל, גבה סכום כספי מחבריו עבור זכייתו בהתערבות.
ועדה לחקירת התערבות על אכילת מח אדם הסיפור על ההתערבות ואכילת חלק ממוח גופה פשט עד מהרה בקרב סטודנטים בפקולטה לרפואה, ואלה העבירו את הדבר לידיעת ראשי הפקולטה לרפואה ולהנהלת האוניברסיטה. הנהלת הפקולטה לרפואה החליטה לא לעבור לסדר היום ומינתה ועדה פנימית בת שישה חברים כדי לחקור את הסיפור. בוועדה היו חברים: מרצים לאנטומיה, פסיכולוג, המשנה לדקאן הפקולטה ואנשי מקצוע נוספים בתחום הרפואה.
בסוף חודש אפריל 1974 ולאחר שגבתה עדויות מפי סטודנטים על המקרה, הגישה הוועדה מסקנותיה והמליצה על העמדת החמישה לדין משמעתי. חמשת הסטודנטים הועמדו לדין לפני ועדת המשמעת של האוניברסיטה. זו קיימה מספר ישיבות, ושמעה עדויות מהמעורבים. בפסק דינם קבעו חברי ועדת המשמעת כי העדויות שהובאו בפניהם מצביעות ללא ספק כי התקיימה שיחת התערבות בין חמשת הסטודנטים בה הציבו ארבעה סטודנטים לחברם החמישי אתגר בנושא יכולתו לאכול מח גופה וזה עמד באתגר (אכל פירורים מחלקי מח גופה, כך לפחות נטען) וזכה בהתערבות וקיבל מחבריו סכום כסף דמי זכייתו בהתערבות.
ועדת המשמעת קבעה כי היא רואה בהתנהגות הסטודנטים עברה חמורה על תקנות המשמעת של בית ספר לרפואה וזלזול ופגיעה בכבוד המת ופסקה על הרחקת החמישה מלימודים לתקופה של שנתיים. החמישה הודיעו כי יעררו באמצעות עורך דין על החלטת ועדת המשמעת וטענו כי המעשה המיוחס להם לא בוצע. החלטת ועדת המשמעת לא פורסמה ונראה כי חוגים באוניברסיטה היוקרתית ניסו להצניעה ולהשקיט את הפרשה. אולם הידיעה דלפה והפרשה עוררה בקרב חוגים שונים סערת רוחות אף מחוץ לאוניברסיטה.
דיון מיוחד בעדת החינוך והתרבות בכנסת לבקשת ח"כ אורה נמיר וחברי כנסת נוספים התקיים בוועדת החינוך והתרבות של הכנסת דיון מיוחד בנושא. לוועדה זומנו דיקן בית הספר לרפואה באוניברסיטה העברית פרופ' אהרון בלר, ראשי האוניברסיטה העברית, נציג משרד הבריאות, ומנכ"ל המשרד פרופ' ברוך פדה.
אגודות הסטודנטים לרפואה בתל אביב ובחיפה גינו את חמשת תלמידי הרפואה והביעו שאט נפש מהתנהגותם תוך פגיעה בכבוד המת וקראו להחמיר בעונשם ולהרחיקם לצמיתות. עם חשיפת הפרשה ופרסומה בתקשורת הודיעו מספר אנשים שציוו גופם למדע לבית הספר לרפואה באוניברסיטה העברית כי בעקבות הפרשה הם חוזרים בהם ומבטלים את בקשתם-ציווים להקדיש גופם למדע.
באוגוסט 1972 לאחר שחמשת הסטודנטים הורשעו בבית דין משמעתי, פנה פרקליט המדינה עו"ד גבריאל בך למשטרה לחקור את "פרשת אכילת המוח" כדי לבדוק אם אין מקום להעמיד לדין פלילי את חמשת הסטודנטים.
הפרשה הועברה לחקירת משטרה וזו קבעה כי על-פי ממצאי החקירה המשטרתית ב"פרשת אכילת המח" אין ראיות שסטודנטים בפקולטה לרפואה אכלו מח אדם. דובר המשטרה מסר לעיתונאים כי הסטודנטים המעורבים ב"פרשת אכילת המוח" שיתפו פעולה עם החוקרים והסכימו להיחקר במכונת אמת.
בקיץ 1974 ביקר בבית ספר לרפואה באוניברסיטה העברית הרב הראשי לישראל הרב שלמה גורן, כנראה בעקבות התפוצצות "פרשת אכילת המוח" כדי לבדוק את נושא הלכות טהרת ושמירת כבוד המת בחדרי ניתוחי הגופות. חוגים באוניברסיטה העברית אמרו כי גם אם לא מדובר באכילה בפועל של מח אדם מצד אחד הסטודנטים, עצם ההתערבות מצד חמשת הסטודנטים וההסכמה לה יש בה על פניו פגיעה בכבוד המת. מעניין אם מי מבין החמישה שהורחקו מלימודיהם למשך שנתיים, המשיך בלימודי רפואה.