ליחידות הסייבר של המודיעין הישראלי, במיוחד ליחידה 8200 של צה"ל ויחידת הסייבר של השב"כ, יש חלק חשוב בפעולות האחרונות לסיכול פיגועי טרור של מחבלים משטחי הגדה וגם למעצרים ולחיסולים הממוקדים של חברי קבוצת "גוב האריות" הפועלת בעיר שכם. גורמים ביטחוניים בישראל מאשרים כי צה"ל והשב"כ עשו שימוש נרחב ומוצלח בשנה האחרונה בלוחמת סייבר נגד הטרור הפלשתיני בשטחי הגדה. ארגוני הטרור החלו להבין את הסכנה שנשקפת להם מיחידות הסייבר הישראלי והם נוקטים כבר באמצעי זהירות. ברשתות החברתיות החלו להתפרסם הנחיות שונות למחבלים המבוקשים כדי שיזהרו וינקטו אמצעי התגוננות. ההנחיות למחבלים המבוקשים כוללות כמה מרכיבים:

• איסור להשתמש ברשתות החברתיות ובאפליקציות.

• איסור על שימוש במכשירי טלפון סלולריים.

• להקפיד להיות רעולי פנים בכל פעילות נגד ישראל.

גורמים פלשתינים טוענים כי המודיעין הישראלי עוקב אחרי כל החשבונות של המבוקשים ובני משפחותיהם ברשתות החברתיות וגם של חבריהם, מנתח את כל המידע באמצעות דוברי השפה הערבית ובונה פרופילים שלהם. ארוגני הטרור חוששים גם מפעילות הכטב"מים של צה"ל שהוכנסו באחרונה לשימוש בשטחי הגדה שיש להם גם יכולת לשגר רקטות לעבר מחבלים לאחר זיהויים וגם מהשימוש בלוויני ריגול. גורמים בחמאס ובג'יהאד האיסלאמי מודים כי לישראל יש יתרון מודיעיני גדול עליהם בזכות ההתפתחות הטכנולוגית העצומה של יחידות המודיעין הישראלי, אולם הם טוענים כי אפשר לצמצם את הסכנה למבוקשים אם הם ינקטו אמצעי הזהירות הדרושים. בחמאס משבחים את המחבל עודאי אלתמימי ממחנה הפליטים שועפאט אשר נמנע משימוש במכשיר הטלפון הסלולרי שלו אחרי שביצע את הפיגוע הרצחני במחסום שועפאט ובכך מנע את מהשב"כ והמשטרה לעלות על עקבותיו במשך כשבועיים ואף הצליח לבצע פיגוע ירי נוסף בכניסה לעיר מעלה אדומים. המודעות של ארגוני הטרור לסכנות הנשקפות להם מהסייבר הישראלי מגבירות את קרב המוחות בין המודיעין הישראלי לבין המחבלים המבוקשים, אבל גורמי ביטחון ישראלים אומרים כי הם לוקחים זאת בחשבון ומקפידים לשכלל ולפתח את שיטות הפעולה של יחידות הסייבר.