הג'יהאד האיסלאמי הוכה חזק על-ידי ישראל ברצועת עזה, הוא איבד את מרבית חברי ההנהגה של הזרוע הצבאית שלו אשר חוסלו על-ידי ישראל ועד שהארגון ברצועה ישוקם, ההנהגה בחו"ל היא שמפעילה את הארגון מסוריה ומלבנון. שני המנהיגים הבולטים שלו כעת הינם זיאד אלנח'אלה, מזכ"ל הארגון, ואכרם אלעאג'ורי ראש הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי.
ב-14 במאי פרסמה הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי הודעה רשמית שבה נמסרו שמותיהם של 11 ממפקדי השטח של הארגון שנהרגו על-ידי צה"ל בנוסף ל-6 המפקדים הבכירים שלה, זהו הישג נוסף לצה"ל והשב"כ. גורמים בג'יהאד האיסלאמי אומרים כי הארגון יחשב מסלול מחדש ויפיק לקחים ממה שקרה ברצועת עזה, המערכה עוברת כעת אל הגדה המערבית והארגון חדור במוטיבציה לנקום בישראל והוא מתכוון להגביר את פעולות ההתנגדות שלו נגד כוחות צה"ל והמתנחלים ולבנות קבוצות חמושות חדשות בכל חלקי יהודה ושומרון.
בקרוב ימונה מחליף לטארק עז א-דין, בכיר הג'יהאד האיסלאמי שצה"ל חיסל ברצועת עזה במבצע "מגן וחץ" שהיה אחראי על ההתבססות של הג'יהאד האיסלאמי ביהודה ושומרון ואף ניסה להקים תשתיות בערים ג'נין ושכם שייצרו וישגרו רקטות ורחפנים נושאי חומר נפץ לעבר הערים המרכזיות בישראל.
ברצועת עזה אומרים כי הג'יהאד האיסלאמי מבין כעת שישראל לא נחלשה בעקבות בעיותיה הפנימיות והיא מאוחדת נגדו ונגד אירן, לכן הוא מתכנן אסטרטגיה חדשה לעימות עם ישראל, היריבות שלו מול חמאס גברה והדבר יתבטא במאבק על השליטה בשטחי הגדה שבהם נוצר וואקום ביטחוני בגלל היחלשות הרש"פ.
הג'יהאד האיסלאמי מתכנן להשתלט על יהודה ושומרון ולהפיל את שלטון הרש"פ בסיועה של אירן שתעביר לו מימון נרחב ותגביר את הברחות הנשק דרך ירדן ליהודה ושומרון עבור פעילי הג'יהאד האיסלאמי, אירן נותנת עדיפות לג'יהאד האיסלאמי בעניין הזה על פני חמאס. הגי'האד האיסלאמי מודאג מהעליונות המבצעית והמודיעינית של ישראל שבאה לידי ביטוי בלחימה ברצועת עזה, ביהודה ושומרון המצב עלול אפילו להפוך יותר קשה עבור הג'יהאד האיסלאמי מכיוון שאין לו שם רקטות שבאמצעותן הוא יכול לתקוף את ישראל, הרמה המקצועית של היחידות המיוחדות של צה"ל בשטחי הגדה עולה בהרבה על רמת חברי הקבוצות החמושות של הג'יהאד האיסלאמי.
הג'יהאד הוא ארגון טרור קטן ביחס לחמאס אך יש לו מעמד חשוב באזור השומרון, לישראל יש יכולת מודיעינית ומבצעית להתמקד בו ולחסל את התשתיות שלו ביהודה ושומרון. שר הביטחון עדיין לא קיבל את ההחלטה לצאת למבצע צבאי גדול נגד ארגוני הטרור בצפון השומרון, הוא עדיין לומד את הנושא אך בשב"כ תומכים בגישה ההתקפית, זו העת להמשיך ולהכות בג'יהאד האיסלאמי גם בשטחי יהודה ושומרון שהם זירת המאבק העיקרית כיום של ארגוני הטרור. מבצע "מגן וחץ" היה מבצע משלים למבצע המעצרים הגדול שעושה ישראל ביהודה ושומרון מאז מרס 2022 ומטרתו הייתה לרסק את ההנהגה הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי.
במהלך מבצע " מגן וחץ" עצרו כוחות צה"ל 25 פעילים של הג'יהאד האיסלאמי ביהודה ושומרון כדי למנוע פעילות טרור משטחי הגדה. מבצע "מגן וחץ" נועד להעביר גם מסר להנהגת הג'יהאד האיסלאמי את הנחישות הישראלית להפסיק את פעילות הטרור של הארגון ביהודה ושומרון.
מערכת הביטחון הישראלית מודאגת מאוד מפעילות הג'יהאד האיסלאמי בצפון השומרון ומהכמות הרבה של כלי הנשק שמוברחים ומגיעים לידיו, התשתית הצבאית ביהודה ושומרון הופעלה על-ידי המנגנון ברצועת עזה וישראל מנסה כעת לנתק את הקשר הזה. פעילות הטרור ביהודה ושומרון תמשך ואף תגבר, זה מה שמתכנן הג'יהאד האיסלאמי, אולם הוא אינו השחקן היחיד בשטח, קיימת בו גם תנועת חמאס וקבוצות טרור חדשות שכולן רוצות לפגוע בישראלים. רצועת עזה לוקחת כרגע פסק זמן והעימות בין ישראל לארגוני הטרור חוזר לזירה העיקרית שהיא יהודה ושומרון.