פעולת צה"ל בג'נין הסתיימה והכוחות יצאו מהעיר, שתי נקודות חשובות מאפיינות את פעולת צה"ל במחנה הפליטים ג'נין, הנקודה הראשונה היא שצה"ל נטל את היוזמה ההתקפית לידיו ונכנס למחנה פליטים ג'נין במבצע גדול, לראשונה מאז 22 שנים, לצורך הריסת תשתיות הטרור והנקודה השנייה היא החלשת פעילות הטרור של הקבוצות החמושות בג'נין בתקופה הקרובה כתוצאה מהריסת התשתיות האלה ומעצר עשרות המחבלים המבוקשים.
פעולת צה"ל במחנה הפליטים ג'נין תהווה גם תקדים ודוגמה לפעולות צפויות עתידיות של צה"ל במחנות הפליטים באזורי שכם וטולכרם. אסור לטעות, שיקום תשתיות הטרור במחנה הפליטים ג'נין ייעשה במהירות, בכסף אירני, ומחבלי "גדוד ג'נין" יחדשו את הפיגועים כדי להוכיח שיכולותיהם הצבאיות לא נפגעו וכי צה"ל נכשל כביכול במבצע.
ג'נין היא בירת הטרור של יהודה ושומרון, יצאו ממנה 50 פיגועי ירי נגד ישראל מתחילת השנה ו-19 מחבלים מצאו בה מקלט, היא הפכה לעיר מקלט למחבלים מכל שטחי יהודה ושומרון. ג'נין נחשבת לשטח "משוחרר" משליטה ישראלית ומשליטת הרש"פ.
הפעולה הצבאית של צה"ל הייתה מקצועית ונקייה, למרות מותו של לוחם צה"ל, הפגיעה בכלי הרכב הממוגן של צה"ל מסוג "פנתר" באמצעות מטען חבלה גדול, שגרמה לפציעת 7 חיילים בשבוע שעבר, האיצה את היציאה למבצע, הדרג המדיני הבין שארגוני הטרור מנסים להפוך את העיר ג'נין לשטח דומה לרצועת עזה.
פעולת צה"ל בג'נין הייתה מבצע קטן בהרבה בהיקפה ממבצע "חומת מגן" בג'נין ב-2002 במהלך האינתיפאדה השנייה, אולם היא מהווה שלב ראשון במלחמה של ישראל נגד הטרור בצפון השומרון, צה"ל גם ימשיך במדיניות החיסולים הממוקדים ובשימוש במסוקים ובמל"טים בפעילות שלו נגד הטרור בצפון השומרון. צה"ל נהג בזהירות רבה ונמנע מפגיעה באזרחים חפים מפשע במחנה הפליטים ג'נין וממשל ביידן גילה סבלנות והודיע כי זכותה של ישראל להגן על עצמה.
ישראל ניצבת כעת בפני כמה משימות:
- עצירת ההשתלטות האירנית על צפון השומרון באמצעות הג'יהאד האיסלאמי.
- פגיעה בתשתיות הטרור באזורי שכם וטולכרם ומניעת התאוששות פעילות הטרור בג'נין.
- מניעת הברחת נשק מאירן דרך סוריה וירדן לצפון השומרון עבור הקבוצות החמושות.
- עצירת הברחת כספים מאירן למניעת מימון הטרור.
התמנון האירני מהדק את אחיזתו ביהודה ושומרון, המנהיג העליון של אירן עלי ח'מינאי הנחה את מנהיג הג'יהאד האיסלאמי זיאד אלנח'אלה להקים גדודי טרור בכל הערים הפלשתיניות ביהודה ושומרון ולחמש אותן בכלי נשק. ח'מינאי נחוש להפוך את שטחי יהודה ושומרון לחזית חדשה נגד ישראל במימון ובנשק אירני.
הפעילות של צה"ל במחנה הפליטים ג'נין הוכיחה כי אסטרטגיית העימות הרב זירתי של ציר ההתנגדות בראשות אירן איננה מוכיחה את עצמה, למרות ההבטחות של חמאס והג'יהאד האיסלאמי, רק לאחר יציאת כוחות צה"ל מג'נין שוגרו 5 רקטות מרצועת עזה לעבר ישראל שיורטו על-ידי מערכת "כיפת ברזל". תושבים במחנה הפליטים ג'נין התלוננו על כך שחמאס, הג'יהאד האיסלאמי וחיזבאללה הפקירו אותם במערכה נגד ישראל. אסטרטגיית "איחוד החזיתות" של אירן נכשלה במבחנה המעשי בשטח.
צה"ל חייב לנצל את המומנטום שנוצר במלחמה בטרור ולצאת בקרוב מאוד למבצעים צבאיים דומים בשומרון, ההרתעה הישראלית השתפרה אבל זו עדיין רק תחילת הדרך. בצפון השומרון יש עדיין כ-2000 מחבלים חמושים שמסתתרים במחנות הפליטים ובכפרים ותשתיות טרור נרחבות, לצה"ל יש עדיין עבודה רבה לפניו, לכן, למרות ההישגים של המבצע צריך להתרכז בשמירה על המומנטום ולצאת בהקדם למבצעים נוספים.