החל מאבק השליטה בין כוחות הביטחון של הרש"פ לבין קבוצת החמושים הנקראת "גדוד ג'נין", של הג'יהאד האיסלאמי, על השליטה באזור ג'נין. הרש"פ פרסה בתיאום עם צה"ל כ-600 אנשי ביטחון בעיר ג'נין והחלה במעצרים של פעילי "גדוד ג'נין" מתנועת פתח והג'יהאד האיסלאמי, בין היתר נעצרו כמה פעילים שתקפו את תחנת המשטרה של הרש"פ בכפר ג'בע באזור ג'נין ושרפו אותה.
אכרם רג'וב מושל ג'נין אמר אמש כי מדובר בקבוצה של מפרי חוק וכי מנגנוני הביטחון של הרש"פ מיישמים את חובתם באחריות ובמקצועיות בהתאם לחוק. אמש היו תהלוכות מחאה בכמה ערים פלשתיניות ביהודה ושומרון וגם ברצועת עזה נגד המעצרים שעושה הרש"פ של פעילים ב"גדוד ג'נין" ונגד המעצרים הפוליטיים של האופוזיציה הפלשתינית.
כוחות הביטחון של הרש"פ התפרסו בכמה ערים כדי לשמור על הסדר הציבורי. במחנה הפליטים ג'נין הייתה אמש תהלוכה גדולה של עשרות מחבלים חמושים "מגדוד ג'נין" נגד המעצרים, הם נמנעו מלהיכנס לעיר ג'נין שם נערכו כוחות הביטחון של הרש"פ, כמה מהחמושים כינו את כוחות הביטחון של הרש"פ במילים " פגיון שתקוע בגב של ההתנגדות".
בכיר הג'יהאד האיסלאמי חדר חביב אמר כי המעצרים שעושה הרש"פ בעיר ג'נין ורדיפת המבוקשים מעידים על המשך התיאום הביטחוני של הרש"פ עם ישראל וקרא לכוחות הביטחון של הרש"פ לחדול מכך. גורמים ביטחוניים בישראל מברכים על הפעילות של הרש"פ נגד המחבלים החמושים אולם אומרים כי המעצרים שעשתה עד כה הרש"פ הם צעד קטן מאוד וכי המשימה העיקרית צריכה להיות פירוק "גדוד ג'נין" מנשקו. לדבריהם, הרש"פ נמנעת ממעצר מחבלים שביצעו פיגועים נכד כוחות צה"ל והמתנחלים ועצרה רק כמה מחבלים שפעלו נגד הרש"פ, לכן המבחן העיקרי במלחמה בטרור באזור ג'נין עדיין לפניה.
קבוצת הטרור של "גדודי חללי אל-אקצה" של תנועת פתח באזור טולכרם הביעה הזדהות עם "גדוד ג'נין" וקראה לכוחות הביטחון של הרש"פ לתקן את דרכם ולהפסיק את מעצרי המבוקשים. הטענה העיקרית של "גדוד ג'נין" נגד הרש"פ היא כי היא הפרה את ההסכם בינה לבין המחבלים החמושים, גורמים בתנועת פתח בג'נין טוענים כי היה הסכם שהקבוצות החמושות יאפשרו ביקור שקט של יו"ר הרש"פ מחמוד עבאס בג'נין ללא הפרות סדר בתמורה לכך שישוחררו כל העצורים של הג'יהאד האיסלאמי אבל הרש"פ מסרבת לעמוד בהסכם.
מנהיג הג'יהאד האיסלאמי זיאד אלנח'אלה מאיים כי ארגונו לא ישתתף במפגש הפיוס שיזם יו"ר הרש"פ מחמוד עבאס בקהיר בסוף החודש אם לא ישוחררו כל העצורים. גורמים ברש"פ אומרים כי המפגש בקהיר הוא חשוב מאוד וכי יו"ר הרש"פ מתכוון להציג בו פתרון לבעיית מאות החמושים באזור ג'נין ללא שפיכות דמים, ההצעה המתגבשת של מחמוד עבאס היא כי בשלב הראשון ימסרו כל החמושים בג'נין את נשקם לרש"פ אשר גם מוכנה לקלוט חלק גדול מהם במנגנוני הביטחון שלה. בשלב השני מתכוון מחמוד עבאס להשיג מישראל חנינה לכל המחבלים באזור ג'נין שביצעו פיגועים בתנאי שיתחייבו להפסיק מעתה ואילך את ההתקפות על חיילי צה"ל והמתנחלים.
גורמים בחמאס אומרים כי הג'יהאד האיסלאמי וחמאס לא יסכימו לפירוק הקבוצות החמושות בג'נין מנשקם וכי ההצעה של יו"ר הרש"פ איננה מעשית וכי הדבר עלול להביא להתנגשויות דמים בין החמושים לכוחות הביטחון של הרש"פ באזור ג'נין ולפגוע באחדות הלאומית. גם אירן מתנגדת לכל הסדר עם הרש"פ, האירניים אינם מתכוונים לוותר על ההישג שלהם לאחר שבשנתיים האחרונות הצליחו לבנות מאחזים חמושים, באמצעות הג'יהאד האיסלאמי, בכל צפון השומרון. הם אמורים להזרים בקרוב, בהמשך לביקורים של מנהיגי חמאס והג'יהאד האיסלאמי בטהרן לפני כחודש, נשק וכסף רב לאזור ג'נין כדי לחזק את הפעילות של קבוצות הטרור נגד ישראל.
יו"ר הרש"פ מחמוד עבאס ניצב בפני אתגר ביטחוני גדול ומבחן ליכולתו למשול באזור ג'נין ולהחזיר את השליטה הביטחונית של הרש"פ לאזור. יש לכך גם השלכות ישירות לגבי מה שצפוי בהמשך באזורי שכם וטולכרם, הרש"פ רואה בג'נין מודל שאם היא תצליח בו היא תנסה ליישם אותו במקומות נוספים בצפון השומרון. מידת הנחישות של יו"ר הרש"פ מחמוד עבאס היא שתקבע את מה שיקרה בשטח, אם הוא יתקפל וייסוג מתוכניותיו הנוכחיות, הדבר יתפרש על-ידי קבוצות הטרור החמושות כחולשה והן ינצלו זאת כדי להגביר את הלחץ כל הרש"פ ושוב לדחוק את כוחות הביטחון שלה מחוץ לעיר ג'נין.
צה"ל נמנע, על-פי ההוראה של הדרג המדיני, מלהיכנס לעיר ג'נין כדי לאפשר לכוחות הביטחון של הרש"פ לבצע את המעצרים של המבוקשים, אולם אם פיגועי הטרור יתחדשו לא תהייה לו ברירה אלא להיכנס לעיר ולמחנה הפליטים שלה כדי לסכל טרור, המצב הביטחוני בג'נין שברירי מאוד.