זמן קצר לאחר עלייתו ארצה הגיע ספיר לכפר-סבא בה חי משך 45 שנים, הקים בה את ביתו וגידל את משפחתו, ולא עזבה עד יומו האחרון, למרות התפקידים הציבוריים-לאומיים אותם מילא.
בתחילת דרכו בכפר סבא עבד תקופה קצרה בפרדסי המושבה. באותן שנים עבד כמנהל חשבונות במחלבת תנובה בכפר מל"ל, ובקואופרטיבים נוספים ותוך שנים ספורות הפך ספיר לדמות מרכזית בחיים הציבוריים במושבה. הוא היה חבר במזכירות מועצת הפועלים ובהמשך חבר המועצה המקומית וראש מפעל המים בישוב.
בתחילת שנות ה-30 כפר סבא הייתה מושבה קטנה ונידחת, היא כללה אוכלוסייה מועטה ומספר פרדסים. ספיר ביקש לפתח את המקום, הוא הקים וניהל "קופת מלווה חיסכון קואופרטיבית" כפר סבא שהרעיון מאחוריה היה שכל פועל במושבה ירכוש מניה בסכום מסוים ב"קופת מלווה" וכנגדה יקבל הלוואות למספר שנים קדימה, לרכישת מגרש, לתיקון דירה, לרכישת בהמות וכלי עבודה וכו'.
ספיר פעל בדינמיות ובחדשנות להגדלת מספר חברי "הקופה" ועם הזמן "קופת מלווה" כפר סבא הפכה לגדולה מבין הקופות בכל המושבות. ספיר פעל רבות לפתרון בעיית המגורים של הפועלים, ובעזרת הלוואות נבנו להם שכונות. כפר סבא היא הראשונה בין המושבות שקידמה שכונות כאלה ובנייתן שינתה את דמותה. במקביל ספיר קידם חפירת בארות מים והפך את התושבים לשותפים במפעל המים המקומי.
באמצע שנות ה-30 חלה תפנית בהתפתחותה של כפר סבא. לאחר שנות משבר אחדות היא החלה לפרוח והייתה לאחת המושבות הגדולות בארץ ובה כשלושת אלפים תושבים. התפתחותה זו נבעה לא רק מהתרחבותו המואצת של היישוב היהודי בכללו באותן שנים, אלא גם בזכות פעילותה של חבורת העסקנים המקומיים שפנחס ספיר הלך ותפס בה מקום מרכזי.
ספיר הקים את ביתו בשכונת הפועלים א', בית צנוע מידות בו קיבל אורחים חשובים ואת בני המושבה לטיפול בסוגיות שונות. כשנפטר, ביקש להיקבר בעיר ולא עם גדולי האומה. איש צנוע היה ספיר.