אירועי הטבח בשבעה באוקטובר הציבו את מערך זיהוי החללים של מדינת ישראל בפני אתגרים חסרי תקדים בהיקפם ובמורכבותם הטכנולוגית והרגשית. אלה הובילו לגיוס דחוף וחסר תקדים של מאות חיילים, אנשי מילואים ואזרחים עובדי צה"ל שהגיעו מגופי זיהוי חללים שונים ובהם אנשי המכון לרפואה משפטית באבו כביר, מתנדבי זק"א, גורמים פרא רפואיים, חוקרי החטיבה לזיהוי פלילי וכן גורמי סיוע פסיכולוגים, עובדים סוציאליים, רבנים ואנשי רפואה.
במהלך השבועות הראשונים לטבח אנשי זיהוי החללים נדרשו להתמודד עם פעולות מיון וזיהוי בלתי נסבלות של מאות גופות, רבות מהן חרוכות ושרופות כליל, תוך מגע ישיר עם זוועות קשות מנשוא. איברים כרותים, שרידים שהתערבבו בין בני משפחה שהתחבקו יחד לפני שנרצחו, ועד שקי אפר ללא כל סימן מזהה. לפי ממצאי המכון לרפואה משפטית, למעלה מ-180 גופות נשרפו כליל ו-40 מהן אותרו רק בזכות ניתוח של עצם או שן בודדה ששרדו את הבערה וחלקן נשלחו לזיהוי במעבדות מובילות בארצות הברית. נכון לסוף 2025 בוצעו מעל 20 אלף בדיקות דנ"א כחלק ממאמץ הזיהוי הלאומי. היה זה מבצע מדעי, משפטי ואנושי מהמורכבים שידעה ישראל, ובמסגרתו הופעלו טכנולוגיות רבות, חלקן פותחו ושוכללו בזמן אמת, עד לרמת זיהוי של חלקיקי עפר.
אנשי הזיהוי עבדו תחת סד זמנים בלתי נתפס, כשמאות משפחות חרדות לגורל יקיריהן ונאחזות בכל שביב תקווה. הלחץ היה עצום והמחירים הנפשיים היו כבדים. רבים מאנשי הצוות סבלו ממה שמכונה הלם משני, תסמונת נפשית קשה הנגרמת מחשיפה חוזרת לטראומה של אחרים. היא מתבטאת בסיוטים, פלאשבקים, חרדות, קשיי תפקוד יומיומי, ובמקרים קיצוניים אף באשפוזים פסיכיאטריים ומקרי אובדנות.
זיהוי חללים מבוצע באופן שיטתי ומתחיל באיסוף נתונים מהגופה הכולל צילום, נטילת טביעות אצבע, צילום משנן, סימנים מיוחדים ונטילת דגימה לצורך הפקת פרופיל דנ"א. במקביל נאספים נתונים על הנעדרים אותם משווים עם נתונים הנאספים מהגופות. כך, יאספו דגימות ביולוגיות מההורים או מפריטים כמו מברשת שיניים או שיער בהם השתמש הנעדר ויתכן שנותרו בהם תאים מהם יופק פרופיל ה-דנ"א. כמו-כן, ייאספו צילומי משנן מרופא השיניים ונתונים הנמצאים במאגרי צה"ל והמשטרה. שיוך חלקי גופה יעשה בעיקר באמצעות השוואת פרופילי ה-דנ"א של החלקים שיצורפו לגופה אחת.
באסון ה- באוקטובר, גופות נצרבו כליל או נמצאו כשהן מעורבות זו בזו לאחר רגעי חיבוק אחרונים בין הורים לילדיהם. כדי לזהות את השיירים ולשייך כל חלק לגופה הנכונה נדרשו הצוותים לעבודה מדוקדקת: שילוב בין בדיקות דנ"א, הצלבת עדויות מזירות הטבח, וצילום סי.טי. תלת ממדי מתקדם. באירועים שבהם לא היו דגימות להשוואה, למשל בעובדים זרים או מבקרים שהגיעו לקיבוצים בתקופת החג, מלאכת הזיהוי נעשתה מורכבת במיוחד ונמשכה חודשים ארוכים.
העבודה הפורנזית שבוצעה בעקבות טבח שבעה באוקטובר, הציבה רף מקצועי חדש בכל הנוגע ליכולות הזיהוי בישראל, והכתיבה סטנדרטים עולמיים בתחום הרפואה המשפטית. שילוב בין טכנולוגיות חדשניות, פרוטוקולים מדעיים קפדניים ושיתוף פעולה בין גופי ביטחון, רפואה ומשפט, יצר תשתית שלא הייתה קיימת בהיקפים כאלה בעבר. במובן המקצועי, חלק מן ההתפתחויות המדעיות שהוטמעו במהלך המבצע הגיעו מתוך הצורך להתמודד עם מצבי קיצון שהמוח האנושי מתקשה לדמיין, ובהם שריפה מוחלטת, ערבוב רקמות ומחיקה כמעט מלאה של מאפיינים מזהים.
כפי שקרה בגלי הפיצוצים בתקופת אוסלו, שגם הם אילצו את מדינת ישראל לפתח שיטות זיהוי חדשות בזמן אמת ולצערנו מתוך הניסיונות השבועיים הקשים בשטח, כך גם כאן נדרשו המדענים והמומחים לחדש, לשכלל ולבצע התאמות תחת לחץ מתמשך. האירועים הדגישו את הצורך בהשקעה מתמשכת בתשתיות פורנזיות, בהכשרת כוח אדם טיפולי שילווה את אנשי המקצוע במהלך העבודה הבלתי אפשרית, ובפיתוח יכולות עצמאיות לביצוע בדיקות מתקדמות בישראל. המערך פעל בתנאים קיצוניים והצליח לעמוד במשימה מורכבת, אך הלקחים שהופקו ממנו חיוניים לעיצוב ההיערכות הלאומית לאירועים עתידיים דומים חלילה או אסונות טבע כמו רעידות אדמה וצונמי ולשמירה על רציפות התפקוד של מדינת ישראל בשעת חירום.