שיתוף הפעולה האסטרטגי בין קטר ומשטר האייתוללה מתהדק מ-2017, בעקבות הסגר הימי, יבשתי ואווירי שהטילו על קטר ערב הסעודית, מצרים, איחוד האמירויות ובחריין. המצור הוטל בשל האשמות כי קטר מקדמת את טרור משטר האייתוללה ו"האחים המוסלמים", מסייעת ל"אל-קאעידה", לחות'ים בתימן ולגורמי טרור נוספים, ומפעילה את "אל ג'זירה" כמנוף חתרנות וטרור.
הרחבת שיתוף הפעולה נמשכת ומתגברת למרות שמשטר האייתוללה מהווה מוקד אזורי ועולמי מוביל של טרור איסלאמי, סחר בסמים, הלבנת הון, הפצת מערכות נשק מתקדמות ולִיבּוי מלחמות אזרחים במזרח התיכון, אפריקה ואמריקה הלטינית.
ערב הסעודית גם מאשימה את קטר בהתססת האוכלוסייה השיעית, המהווה כמחצית האזרחים הסעודים במחוז המזרחי בסעודיה העשיר בנפט, וכן בהחרפת המתיחות בין בית סעוד לבין הווהאבים (המהווים 20%-40% מהאוכלוסייה הסעודית), הטוענים לכתר בלעדי של פרשנות האיסלאם, אך מאותגרים על-ידי יורש העצר מוחמד בן סלמאן, הטוען שגם לו יש את הזכות לפרש את האיסלאם.
קטר היא מקור המימון המרכזי של "האחים המוסלמים" - ארגון הטרור הסוני הגדול בעולם - החותר להפלת כל משטר מוסלמי לאומי, להכרעת "הכופרים", ולהקמת חברה עולמית המתנהלת על בסיס האיסלאם כדת הלגיטימית היחידה בעולם, ובחסדי האל. ערב הסעודית, מצרים, איחוד האמירויות ובחריין מגדירות את האחים המוסלמים כארגון טרור, אבל קטר מעניקה סיוע כספי גם לשלוחות הרבות של הארגון במזרח התיכון, באפריקה ובדרום אסיה (כגון הודו, פקיסטן, בנגלדש ותאילנד).
במאי 2020, הציגה רשת אל-ג'זירה - המדבררת את השלטון הקטרי ומהווה את הבבואה האותנטית ביותר של תפישת עולמו והמדיניותו - את קאסם סוליימאני, מפקד "כוח קודס" של "משמרות המהפכה" שחוסל על-ידי ארה"ב, כ"גיבור שהלך בדרך האל".
רשת אל-ג'זירה נוסדה ב-1996 ע"י אמיר קטר, השייח' חמד בן ח'ליפה אל ת'אני, כזרוע תעמולה ומדיניות חוץ, והיא מהללת בעקביות את "האחים המוסלמים".
בשנות ה-90' אירחה קטר את חאלד שיח' מוחמד - מי שהפך לאדריכל של טרור ה-11 בספטמבר.
לאחר ה-11 בספטמבר, הפכה אל-ג'זירה לבמה בלעדית לפרסום מסרים של "אל-קאעידה", ששיבחו הרג חיילי ארה"ב כ"פעולות גן עדן". "אל-קאעידה" גם השתמשה באל-ג'זירה לשידור מסרים, סרטונים והצהרות מאוסאמה בן-לאדן ומנהיגי טרור נוספים.
כל המשטרים הערביים הפרו-אמריקניים - ערב הסעודית, איחוד האמירויות, בחריין, מצרים, ירדן ומרוקו - מאשימים את אל-ג'זירה (קטר) בהתססת גורמים חתרניים במדינותיהם.
קטר העניקה אזרחות, מקלט ובמה גדולה באל-ג'זירה - לרבות תוכנית שנצפתה על-ידי כ-60 מיליון צופים - ליוסף אל-קארדאווי (1926-2022) יליד מצרים, ול"ברית העולמית של חכמי הדת המוסלמים" שהקים, המקדמת אידיאולוגיית טרור איסלאמי ופסיקות דת קיצוניות, כולל עידוד לחטיפת ורצח חיילי ארה"ב. אל-קארדאווי, האידיאולוג המוביל של "האחים המוסלמים" בשנים האחרונות, עודד גם פיגועי התאבדות. נאסר עליו להיכנס לארה"ב, בריטניה, צרפת, סעודיה, מצרים, איחוד האמירויות ובחריין, אבל הוא זכה לכבוד מלכים בקטר.
מ-1999 קטר מעניקה מקלט למנהיגי חמאס שגורשו מירדן.
קטר התנגדה למלחמת קדאפי בטרור האיסלאמי באפריקה, ותומכת במשטר האיסלאמיסטי בטריפולי (שהפיל את קדאפי) במלחמת האזרחים המשתוללת בלוב מ-2011.
שיתוף הפעולה של קטר עם משטר האייתולות - כולל שיתוף פעולה מודיעיני וסיוע בעקיפת סנקציות כלכליות נגד אירן - נחשף גם בתערוכת ההגנה הימית הבינלאומית שנערכה בדוחה במרס 2024, כאשר - כפי שאירע גם ב-2022 - השתתפו בה בכירים מ"משמרות המהפכה" ומשרד ההגנה האירני, שהציגו טילים, מל"טים ומערכות נשק נוספות.
קטר ואירן גם שותפות במאגר גז טבעי במפרץ הפרסי שהוא הגדול בעולם.
האם תרצה שמימון לימודיך יגיע מהמקור שמממן את חמאס? על-פי מכון ISGAP ("המכון לחקר אנטישמיות עולמית ומדיניות"), קטר השקיעה למעלה מ-20 מיליארד דולר באוניברסיטאות בארה"ב. לפי המכון, קיימת התאמה בין המימון קטרי לבין הקצנת האנטישמיות באוניברסיטאות בארה"ב.
תוכנית הלימודים בקטר עצמה רוויה אנטישמיות, חוסר סובלנות דתית כלפי לא-מוסלמים, האדרת ג'יהאד וטרור מתאבדים, דה-לגיטימציה שיטתית של ישראל, הצגת יהודים כרמאים ועוינים, וסילוף ההיסטוריה היהודית ומחיקת הקשר היהודי בן 3,500 שנים לארץ ישראל.
מתוך שלושת מיליון תושבי קטר, רק כ-10%-15% הם אזרחים, המעניקים רוח גבית למשטר האייתוללה, ל"אחים המוסלמים", לחות'ים, לחיזבאללה ולגופי טרור איסלאמיים נוספים. 85%-90% מהתושבים הם עובדים זרים במעמד נחות, רובם מדרום אסיה.