הערבים שלטו בארץ ככוח כובש במשך כ-400 שנה, מ-640 עד 1099. רוב תושבי הארץ לאורך תקופת שלטונם היו נוצרים, רובם ממוצא סורי- ארמי. תחת שלטונם הפכה הארץ לשדה קרב בין גורמים שונים, לפשיטות של בדווים ששדדו ורצחו והבריחו את האיכרים מכפריהם, שדדו את שיירות הסוחרים והרסו את הכלכלה. הערבים הפכו ארץ פורחת ורבת אוכלוסין לארץ הרוסה מבחינה כלכלית שהבריחה את תושביה.
פרופ' משה שרון קבע בהרצאתו שתחת השלטון הערבי- מוסלמי היו 3 התפרצויות של שבטי בדווים ממדבריות ערב לארץ ישראל. הפלישות של הבדווים לתוך הארץ הביאו הרס וחורבן על האוכלוסייה המקומית. פלישת הבדווים נתאפשרה בשל הזנחת ההגנה על גבולות הארץ ומדיניות ההזנחה שאיפיינה את רוב שנות השלטון הערבי-מוסלמי, ואיפשרה לבדווים לעשות באוכלוסייה כרצונם. (ההתפרצות ה-3 הייתה תחת השלטון העות'מאני).
רוב החוקרים מסכימים שבתקופת שלטון בית אומייה לא הייתה חדירה משמעותית של בדווים לארץ. המדיניות של בית אומייה ביחס לבדווים עוצבה על-פי פרופ' יצחק חסון, ע"י הכליף מועאוויה (640 - 680). "מדיניותו דגלה בהמשך החיים הסדירים בשטחי הכיבוש שעליהם הופקד, על-מנת להגדיל את סכומי המיסים שגבה, וגם יורשיו נהגו כך". השבטים הבדווים ששימשו לוחמים והתמקמו באזורי הגבול קיבלו הכנסה ממסים באזורים שנקבעו למענם.
לעומת זאת, בתקופת השלטון העבאסי והפאטימי (750 - 1099) הופסקו התשלומים ממסים וחדירת השבטים הבדווים לארץ, גברה, בהדרגה. אבל, חדירתם אין פירושה בהכרח שהם התנחלו בארץ. חסון קבע ש"רק נפילת שושלתם (של האומיים) והעתקת מרכז העולם המוסלמי מסוריה לעירק הביאו לתהליך הנומדיזאציה". ס.ג'.קרמר, קבע במחקרו "Non-Literary Papyri", ששבטים שנדדו בנגב התקדמו לאזורים בתוך הארץ, אך חיו שם חיי נוודים.
המקורות הערביים כולם, מדגיש שרון, קובעים שבמשך תקופה ממושכת לאחר הכיבוש הערבי "לא חל שינוי משמעותי בהרכב האוכלוסייה, וזו נשארה בעיקרה אותה אוכלוסייה שידוע עליה מהתקופה הביזנטית". האוכלוסייה הערבית בארץ הייתה שולית. רוב תושבי הארץ היו נוצרים לא ערבים אלא צאצאי התושבים מתקופת הכיבוש הרומי והביזאנטי. רובם היו סורים- ארמים ומיעוטם הלניסטים שהתנצרו או מהגרים- צליינים נוצרים מאירופה.
שרון קבע ש"שבטים בדווים לא חדרו במספר רב לתחומי א"י המערבית לפני התקופה הפאטימית. במאות ה- 10 וה-11". פרופ' גיל מסכים עם שרון שלא היה שינוי מהותי בהרכב האוכלוסייה. הוא מסתמך, בין השאר, על עדותו של מוחמד בן עבדאללה אלמעאפרי מסביליה, שביקר בארץ ב-1095 ודיווח על רוב נוצרי בארץ. אם בשלהי השלטון הפאטימי עדיין היו הנוצרים רוב, הרי ודאי שזה היה המצב במאה ה-7.
הארכיאולוג איתמר טקסל בהרצאה ב-2005 "קווים לאופיו של היישוב הכפרי בא"י בראשית התקופה המוסלמית הקדומה", דיווח על סקרים ארכיאולוגיים שערך והגיע למסקנה "מסקירת טיפוסי האתרים ומן המידע (המועט ולא ודאי) העולה מן הסקרים, נראה כי במהלך העשורים הראשונים שלאחר הכיבוש המוסלמי, ואולי אף עד לקראת סוף המאה ה-7, לא חל שינוי משמעותי בהיקף הישוב הכפרי בא"י. שינויים ישירים ועקיפים בכלכלת האזור מחד ולחצו ההולך וגובר של השלטון המוסלמי מאידך הביאו בהדרגה, ובעיקר בחלקה השני של התקופה האומיית להיחלשותם של ישובים כפריים לא מעטים ולירידה הדרגתית בהיקפם ובמספרם, ירידה שצברה תאוצה למן המאה ה-8 ואילך".
הגל הראשון: כיבוש הארץ ע"י בית אומייה האומיים שלטו בארץ מ-640 עד 750. הם העבירו את מרכזם השלטוני מחצי האי ערב לדמשק, וא"י הייתה רק חלק מהאימפריה האומיית, ולא עמדה אצלם בראש סדר העדיפויות. המלחמות בין השלטון האומיי לבין גורמים שונים לאורך כל התקופה, שהתחוללו בארץ, פגעו במצבה הכלכלי של האוכלוסייה המקומית, אבל, השלטון הטיל עליה מיסים. על כל הכופרים הוטל בתחילה מס אחד, אבל, בהדרגה פוצל המס למס גולגולת( ג'זיה), מס קרקע(ח'ראג') ומס הכופרים (אהל אלד'מה). ההכנסות ממס הכופרים היו מקור הכנסה חשוב לשליטים.
הגל הראשון, החל במאה ה-7 עם עליית האיסלאם. הצבא המוסלמי שפרץ מחצי האי ערב לארץ היה מורכב מלוחמים בדווים שהגיעו עם משפחותיהם ועדריהם. משה שרון דוחה, כאמור, את התזה שהכיבוש הערבי במאה ה-7 היה מלווה מיד בהתיישבות מסיבית של ערבים בארץ
שרון הביא מספר סיבות להעדר חדירה מסיבית של ערבים לארץ לפני אמצע המאה ה-10 לס':
- מניעת חדירת בדווים לארץ- מדיניות שליטי בית אומייה (640 - 750). משפחת בנו אמייה ששלטה בארץ הייתה מעוניינת בשימור המערכת המנהלית והכלכלית הקיימת, והאוכלוסייה החקלאית, והמושלים האזוריים שהתמנו ע"י בנו אמייה השתדלו למנוע חדירת שבטים בדווים לאזורים המיושבים. התייר הנוצרי ארקולפוס שביקר בארץ ב-670 לס', זמן קצר לאחר הכיבוש הערבי, תיאר ארץ מאוכלסת בצפיפות מירושלים עד הגליל, בנוצרים. השליטים האומיים חתמו על חוזי שלום עם האוכלוסייה הנוצרית והיהודית והבטיחו להם ביטחון החיים והרכוש. שליטי בית אמייה השאירו את הפקידות הנוצרים לניהול המערכת המנהלית ושפת המנהל המשיכה להיות יוונית עד ראשית המאה ה- 8 לס', ובמידה מסוימת גם במאה ה- 9 לס'.
- הצבא הכובש המשיך בכיבושיו- הלוחמים הבדווים לא התיישבו בארץ מכיוון שהם היו כוח כובש שהתקדם לעבר סוריה, לאחר כיבוש הארץ ולאזורים נוספים. הלוחמים הערבים התקדמו צפונה לכיוון הרי הטאורוס, מזרחה לכיוון אירן ולדרום מערב לעבר מצרים וצפון אפריקה ומשם לספרד. גם מיכאל אסף הדגיש שמלחמות הכיבוש לא איפשרו להפריש כוחות להתיישבות (תולדות השלטון הערבי בא"י). השיטה הערבית הייתה להקים ערים באזורי הכיבוש ששמשו בסיסים צבאיים מהם פשטו הלוחמים לכיבוש האזור. רק בארץ ישראל לא הוקמו ערים- צבאיות. רמלה הייתה העיר היחידה שהוקמה ע"י השלטון הערבי ב-711 לס', כמעט 100שנים לאחר הכיבוש. רמלה לא הייתה עיר צבאית אלא מרכז מינהלי והחליפה את קיסריה שהייתה בירת מחוז פלשתינה פרימה תחת השלטון הביזאנטי. שרון מדגיש שהערבים היו מיעוט מבוטל באוכלוסיית רמלה. הגיאוגרף הערבי אליעקובי כתב שאוכלוסיית רמלה הייתה מעורבת ורובה שומרונים ויהודים.
- העדפת חיים על גבול הארץ המיושבת- מאחר שהלוחמים הבדווים היו באותו שלב בהיסטוריה אוכלוסייה נוודית, אלה שהגיעו לארץ לא גילו עניין לגור בערים או בכפרים ולעבור להתיישבות חקלאית והעדיפו להתיישב בשולי הארץ ולא להתנחל בה. הם גם נמנעו מלהתערב באוכלוסייה המקומית והעדיפו לחיות חיי נוודים על גבול הארץ הנושבת, ולא בתוכה. יתר על כן, האזורים המיושבים זכו להגנת השלטון. אפילו הח'ליפים האומיים עצמם העדיפו להקים את ארמנותיהם על גבול המדבר. למשל, ארמון הישאם לא רחוק מיריחו. גם פרופ' נחמיה לבציון (האיסלאם, מבוא להיסטוריה של הדת) כתב שהערבים העדיפו להסתגר ולשמור על המערך השבטי ואורח החיים הנוודי ולא להתיישב באזורי היישוב.
חסון הוסיף סיבות נוספות לכך שהשבטים הלוחמים נמנעו מלהיכנס בהמוניהם לאזורים מיושבים:
- פחד ממגיפות - הבדווים פחדו ממגיפות בעקבות המגיפה שפרצה בארץ ב-639 וגרמה למותם של לוחמים רבים ( על-פי אחת הגירסאות הגיע מספר החללים ל-25,000 ), ביניהם מפקדי צבא ערביים ובן דודו של מוחמד.
- העדר שטחים פנויים - השלטון האומיי לא היגלה את האוכלוסייה המקומית. רק האצולה והצבא הביזאנטיים ברחו מהארץ. היסטוריונים אחרים מוסיפים שגם העילית היוונית- נוצרית של ערי חוף הארץ ברחה.
חסון הזכיר שרק בטבריה ובית שאן התיישבו שבטים בדווים, אבל הגדיר זאת כ"יוצא מן הכלל". פרופ' לבציון כתב שערבים התיישבו בערים בפנים הארץ בבתים שנניטשו ע"י העילית היוונית- נוצרית שברחו מפני הכיבוש המוסלמי בטבריה, ירושלים ועוד... אסף כתב שבהסכמי הכניעה של הערים בית שאן וטבריה הועברו 50% מהבתים לידי ערבים.
מדיניות האיסלום והשיערוב החלה רק בשלהי המאה ה- 7 או ראשית המאה ה-8 לס' הח'ליף עבד אלמלכ (685 - 705 ) החל בהדרגה לפטר את הפקידות הלא- מוסלמית ולהשליט את השפה הערבית במקום היוונית כשפת המנהל, והוחל בהכנסת מטבעות עם כתובות בערבית במקום המטבעות הביזנטיות והפרסיות שהיו עד אז בשימוש. כמו-כן, החלו בהחדרת התרבות והשפה הערבית במקום התרבות היוונית- נוצרית. אבל, מדיניות לחוד ומציאות לחוד. השלטון היה עדיין זקוק למשכילים הנוצרים לצורכי מינהל.
בשלהי המאה ה-7 או ראשית ה-8 הוחלט גם ליישב מוסלמים בערי החוף אשקלון, קיסריה, עכו וצור, כדי להגן על הארץ מפני התקפה ביזאנטית מצד הים. משה שרון הביא במאמרו "ערי א"י תחת שלטון האיסלאם", שהלוחמים הבדווים חששו מהים וסירבו להתיישב בערי החוף, למרות הבטחות לקבל אחוזות- קרקע ולכן הובאו פרסים מוסלמים להתיישב בערי החוף. פרופ' מיכאל אסף, לעומת זאת, היה בדעה שערבים כן התיישבו בערי החוף וקיבלו בתים שנינטשו ע"י היוונים הנוצרים שברחו. אבל, הערבים שמרו על התבדלות והתיישבו בשכונות ניפרדות. על-פי עדות ממקור ערבי מהמאה ה- 9, ההרכב של אוכלוסיית ערי החוף כלל: יהודים, שומרונים, פרסים, נוצרים וגם קצת ערבים.
בשלב מאוחר יותר, החלה התיישבות של חיילים משוחררים מצבא הכליף המוסלמי בכפרים ועיירות שנינטשו ע"י נוצרים שברחו מהארץ מפני הכובשים הערבים. אבל, אין נתונים מספריים.
לסיכום, המדיניות האומיית לא שמה דגש על יישוב ערבים בארץ וגם לא על איסלום התושבים, אלא על החדרת השפה והתרבות הערבית, תוך הגנה על האוכלוסייה מפני חדירת בדווים שפגעו בחקלאות. מדיניות האיסלום הייתה הצהרתית בלבד, והיו רק ניסיונות בודדים לכפיה, למשל, בימיו של הכליף עומר ה-2 (717 - 720).האיסלום פיגר בהרבה אחרי השיערוב. לא חל שינוי משמעותי בהרכב האוכלוסייה ורובה הייתה נוצרית ומיעוטה יהודית ושומרונית.
הגל השני- החל באמצע המאה ה-10 ועד הכיבוש הצלבני ב-1099 שרון קבע, כאמור, שאם כי החדירה הבדווית החלה בשלהי השלטון העבאסי, רק מהתקופה הפאטמית (942 - 1071 לס') והסלג'וקית (עם ממוצא טורקי שהשתלט על הארץ בין 1071 עד שהחלו מסעי הצלב ב-1099) התגברה החדירה של הבדווים לארץ, מדרום וממזרח. "החל מאמצע המאה ה-10 ואילך, ובמיוחד במאה ה-11, קיימת חדירה רצופה של שבטים בדווים לתחומי הארץ, מן הדרום ומן הצפון" (שרון, "הבדווים וא"י תחת שלטון האיסלאם"). זוהי הדעה הרווחת בקרב החוקרים.
ב-750 לס' עבר השלטון על ארץ ישראל לידי שושלת עבאס, ששלטה עד 942 לס'. בית עבאס קבע את בירתו בבגדד והמדיניות כלפי הארץ הייתה הזנחה. מדיניות ההזנחה פגעה קשה בכלכלה והחקלאים היו הגורם שנפגע באופן הקשה ביותר. ההזנחה הביאה לנטישה משמעותית של החקלאות. בימי העבאסים הצבא לא היה מורכב מערבים אלא מפרסים -מוסלמים. גם המינהל נוהל בידי פרסים. במאה ה- 9 הורכב הצבא מחיילים טורקים- מוסלמים. ההזנחה איפשרה חדירת שבטים בדווים שהשתלטו על חלקים מהארץ והפכו לגורם שלטוני.
הצבא העבאסי נהג באכזריות כלפי התושבים וגרם למרידות של האוכלוסייה ב-758, ב-771 וב-800. בראש המרד ב-800 עמד יהודי בשם יחיה בן ירמיהו והוא נתמך ע"י חסידי בית אומיה הערבים. המרד דוכא באכזריות ויחיה הוצא להורג. מרידות נוספות פרצו ב-807, ב-809- 810 וב-842. המרידות היו נגד עול המיסים ואכזריות החיילים תחת השלטון העבאסי.
ההזנחה איפשרה לנציבים של שלטון עבאס להפוך לעצמאיים באזורי נציבותם. ב-868 השתלט הנציב אחמד בן טולון על מצרים וב-878 הוא השתלט על ארץ ישראל וסוריה. טולון שיקם את ערי החוף שהיו מוזנחות מאז הכיבוש הערבי. הוא נרצח ב-884. כיבוש הארץ ע"י טולון רק החמיר את המצב והארץ הפכה לזירת קרבות בה היו מעורבים גורמים שונים, כולל בדווים. לאחר מותו החמיר עוד יותר מצב הביטחון והארץ הפכה לזירת קרבות בין הגורמים השונים, כולל שבטים בדווים, והשלטון בארץ עבר מיד ליד במשך 30 שנה, עד שהפאטימים השתלטו על הארץ ב-942.
הפאטימים העבירו את המרכז השלטוני למצרים. להלכה הייתה הארץ תחת שלטון השושלת הפאטימית, מ-942 עד 1099, אבל למעשה, הייתה הארץ לאורך כל התקופה שדה קרב בין הצבא הפאטימי לבין גורמים שונים שהשתלטו על חלקים מהארץ. העדר יציבות שלטונית איפשרה פלישות וכיבושים ע"י אויבי השושלת הפאטימית (קארמאטים, ביזאנטים). הביזאנטים, שלא השלימו עם הכיבוש הערבי ערכו פשיטות בלתי פוסקות על אזור החוף. האוכלוסייה המקומית הייתה מעורבת אף היא במאבקים והתחלקה בין תומכי ומתנגדי השושלת הפאטימית. במאבקים היו מעורבים מניעים פוליטיים ודתיים.
המלחמות הבלתי פוסקות במאות ה-10 וה-11 פגעו בצורה חמורה במצב הכלכלי. קשרי המסחר עם העולם החיצוני נותקו, הדרכים לא היו בטוחות, וכתוצאה מכך נפגעה פרנסתם של החקלאים, בעלי בתי המלאכה והסוחרים. אכרים נטשו את אדמותיהם, הערים שקעו והתושבים התרוששו. חיים זאב הירשברג תאר במאמרו "הכיבוש והשלטון הערבי, 634-1099" את הידרדרות המצב הכלכלי: התעשיה הצטמטמה, השווקים מעבר לים אבדו והחקלאות נפגעה מהמיסים הכבדים ומצב הביטחון. כתוצאה מהמצב החלה עזיבה של הארץ. חסרים נתונים לגבי מספר היהודים שעזבו מסיבות כלכליות וביטחוניות.
נוסף לכך אירעו 3 רעידות אדמה ב-1016, ב-1033 וב-1068, שפגעו אף הן במצב הכלכלי. ב-1056 פקדה את הארץ בצורת קשה שנמשכה 7 שנים, עד 1063 . ב-1068 החלה תקופת בצורת נוספת שנמשכה 6 שנים, עד 1074 . רמלה חרבה ברעש האדמה ב-1068 .
העדר היציבות השלטונית והזנחת ההגנה על הגבולות הביאה להתפרצות של שבטים בדווים. החל משלהי השלטון העבאסי התגברו חדירות של שבטים בדווים שנמשכו ואף החמירו לאורך המאה ה- 10 וה-11.
שני שבטים, בנו הלאל ובנו סולים, פרצו מחצי האי ערב. בנו הלאל ובנו סלים התקדמו מאזור נג'ד בחצי האי ערב לכיוון מדבר סיני ודחקו ממקומם שבטים וחלקי שבטים והללו חדרו חלקם לארץ. בני הלאל ובני סלים חדרו לסיני ומשם למצרים, במאה ה-10 לס' ולצפון אפריקה במאה ה-11.
אחד השבטים שבנו הלאל ובנו סלים דחקו היה שבט תיאה (טיא), שהיה השבט הגדול ביותר במרכז סיני. שבט זה, שנדד באזור הנגב ומרכז סיני, התקדם צפונה לאזור נחל קציעות.
מוצאו של שבט טיא היה, אומנם, מדרום חצי האי ערב, אבל חלק מהשבט התמקם מערבית לנהר הפרת. סביב 974 החלה חדירת השבט לארץ מצפון, מהמדבר הסורי. השבט התפשט ע"פ אזור העמקים, עמק הירדן ועמק בית שאן, תוך דחיקת רגליהם של התושבים המקומיים. הבדווים עסקו במעשי שוד לאורך כל התקופה הפאטימית. ראשי שבט טיא, בני ג'ראח, השתלטו, למעשה, על הארץ. הפאטימים ניסו, ללא הצלחה, לעצור את החדירה הבדווית. מאמציהם הביאו למרד גלוי נגד השלטון. בני ג'ראח קבעו את בירתם ברמלה. ב-1013 השתלטו הבדווים על מצרים והמליכו כליף משלהם שישב בקהיר, וב-1024 כבשו את הארץ ושלטו בה 5 שנים. הארץ עברה מיד ליד לאורך כל התקופה.
בני ג'ראח, והשבט הבדווי טיא ( טיי ), מילאו תפקיד מרכזי במלחמות בארץ והחליפו צד בכל פעם שהאינטרס שלהם הורה להם לעשות כן. לעתים שיתפו פעולה עם הפאטימים ולעתים עם הביזאנטים. יהושע פרנקל חילק במחקרו "חדירת הבדווים לא"י בתקופה הפאטמית, 969 - 1096 " ואת פעילות בני ג'ראח בארץ ל-3 שלבים:
שלב א'- 969 - 975. בני ג'ראח היו חלק מכוח הפשיטה של הקרמטים ( כת שיעית קיצונית), בסוריה, ונהדפו.
שלב ב'- 975 - 1029 . תחילה הם שיתפו פעולה עם השלטון הפאטימי וקיבלו נחלאות באזור רמלה, אבל לאחר מכן התמרדו, בנצלם את חולשת השלטון הפאיטמי. ב-1013 הם השתלטו על מצרים, וב-1024 הם כבשו את הארץ ושלטו בה 5 שנים.
שלב ג' - 1029 - 1071 . השלטון הפאטימי הצליח להכות בבני ג'ראח וכוחם נחלש. בארץ נותרו רק בתי אב שהכירו בשלטון הפאטימי, עד בואו של גורם חדש לזירה, השבטים התורכמנים, הסלג'וקים.
בני ג'ראח היו מסוגלים להשתלט על הארץ בשל חולשת השלטון הפאטימי, שהיה עסוק במאבקים בתוך מצרים ( הפאטמים היו מיעוט בקרב האוכלוסייה הצפון אפריקנית. רוב האוכלוסייה היה סוני בעוד שהפאטימים היו שיעים) ובמלחמות בסוריה וא"י עם הקרמטים, הביזאנטים, שבטים בדווים ומושלים מקומיים שמרדו בשלטון הפאטמי.
כתוצאה מחולשת השלטון הפאטימי היו תושבי הארץ מופקרים לפשיטות שוד וביזה והרג ע"י בני ג'ראח. ההשתלטות הבדווית הותירה אחריה הרס וחורבן, לא רק על החקלאות אלא גם על שאר ענפי הכלכלה. הם שדדו שיירות ואובדן הביטחון בדרכים פגע בכלכלה. שרון קבע שלמעשה, הבדווים היו השליטים האמיתיים של הארץ. בני ג'ראח פגעו קשה ברקמה היישובית בארץ. הכפרים סבלו לא רק המפשיטות, אלא מהנוהג הבדווי להעלות את עדריהם על השדות המעובדים. רק ערי החוף ניצלו מנחת ידם של הבדווים מאחר שקיבלו הגנה מהצי הפאטימי. בני ג'ראח לא חשבו לטווח ארוך ועסקו בביזה של שיירות הסוחרים והרסו את המסחר. העדר הביטחון בדרכים והפגיעה בכפריים הקשתה על העברת מזון ליישובים העירוניים ומחירי המזון המריאו. א. אשתור(Social and Economic History of the Near Middle East in the Middle Ages ) תאר במחקר על המצב הסוציו- כלכלי במזרח התיכון את תהליך הצטמקות השטח המעובד והתמעטות האוכלוסייה בארץ.
הפלישה הבדווית עירערה את הביטחון בארץ, משום שהבדווים עסקו במעשי שוד, והפגיעה בחקלאות ובביטחון הסוחרים בדרכים פגעה בכלכלה. בלחצם של הבדווים נטשו חקלאים את אדמותיהם ועברו לערים, או לאזור יהודה ושומרון. הכפריים עברו לערים משום ששם היו מוגנים, יחסית, ע"י חומות העיר. תוצאה נוספת של הפקרת האוכלוסייה בידי הבדווים הייתה תופעת הגירה מהארץ. הייתה נטישה משמעותית של תושבים את הארץ. במאה ה- 10 הייתה עזיבה של יהודים למצרים ובבל לרגל המצב.
אברהם יערי, בסיפרו, "אגרות מארץ ישראל", הביא עדויות רבות ממכתבים מהגניזה הקהירית על מעשי הטבח, אונס הנשים והנערים, ההרס והחורבן והנטישה של יהודים. בייחוד נפגע האזור הכפרי של רמלה בתקופת שלטונם של בני ג'ראח באזור. היהודים סבלו מהמצב הביטחוני הקשה. מכתב מהגניזה הקהירית מ-1024 מתאר את סיבלם של היהודים ממעשי הביזה וההרג של הבדווים:
"ונקבצו ערב וכל בני קדר ויבואו כדיארבה לרוב ויחנו על רמלה...ויהרגו כל העומד בפניהם... ויכום מכות נמרצות וייסרום בכל מיני מלק(יות)... ומתו הרבה והטלו על האשפות ובבורות ובשווקים וברחובות ובבניות ובכניס(יות)...ונלקחו הבתולות והעוללים והנערים לעשות בהם כרצונם ולענות(ם)...ויצאו שארית יהודי בני רמלה בגולה רעבים...ומתו רוב הנמלטים". גם על ירושלים עברו פוגרומים ומספר היהודים הצטמצם ל-50 איש או משפחות.
מצב החדירה של השבטים הבדווים בתקופת השלטון הסלג'וקי (1071 - 1089) הסלג'וקים היו שבטים תורכמנים מוסלמים מאסיה המרכזית, ששימשו בהתחלה כשכירי חרב, אבל אח"כ השתלטו על הכליפות הערבית, כולל ארץ ישראל. השושלת הסלג'וקית התפלגה ואחד מבני השושלת כבש את הארץ מידי הפאטימים בשנות ה- 1070. היריבות בין הפאטימים לסלג'וקים לא הייתה רק על השליטה באזור אלא נבעה גם מהעובדה שהפאטימים היו שיעים, בעוד שהסלג'וקים היו סונים.
הסלג'וקים בנו מחדש את רמלה, שהייתה הרוסה, אבל העבירו את בירת המחוז לירושלים. רוב ההיסטוריונים מסכימים ביניהם שתקופה זו הייתה קשה מאוד ללא מוסלמים. ההיסטוריון אריה חורש הגדיר בסיפרו "תולדות היהודים תחת השלטון המוסלמי", את ימי השלטון הסלג'וקי כ"הימים השחורים ביותר בתולדותינו". הסלג'וקים שמו קץ למרכז היהודי בירושלים, הישיבה הראשית עברה לצור ויהודים רבים עזבו את העיר מאונס. אבל, ביישובים הקטנים בייחוד בגליל עדיין חיו יהודים, אם כי חסרים מקורות לקביעת מספרם. "אנשי א"י אומרים, כי לא נראה עוד גלות, והם יושבים אלף שנה ומשהוא". מאחר שהסלג'וקים היו שבטים נוודים, כתב פרנקל, הם התחרו עם השבטים הבדווים הערביים על שטחי מרעה ומקורות מים, אבל לא הובא מידע נוסף על היחסים.
הפאטימים מעולם לא השלימו עם הכיבוש הסלג'וקי, וניסו לגרשם. ב-1089 הייתה האימפריה הסלג'וקית במצב של התפוררות והפאטימים חזרו לשלוט בארץ לתקופה קצרה. הצלבנים לא התקשו במיוחד להעביר את הארץ לשלטונם, במסע הצלב הראשון ב-1099.
הערבים שלטו בארץ ככוח כובש במשך כ-400 שנה, מ-640 עד 1099. רוב תושבי הארץ לאורך תקופת שלטונם היו נוצרים, רובם ממוצא סורי- ארמי.
