בפרשת בהעלותך יש אוסף של נושאים שבמבט ראשון נדמים כלא קשורים זה לזה. הפרשה מתחילה במעשה המנורה, ממשיכה בעניינם של הלווים ופסח שני; עוברת לתפקיד החצוצרות ובקשתו של משה מיתרו שיישאר עימם. בהמשך באה פרשת "ויהי בנסע הארון", המתאווים לבשר, האצלת הרוח לשבעים הזקנים, נבואת אלדד ומידד ולבסוף חטאה של מרים בדיבורה על משה.
בספר "שמונה קבצים" (ח', קנ"ז) מופיעה פסקה מופלאה שבה חורז הראי"ה קוק את פרשת בהעלותך כולה סביב נושא אחד: קריאת תיגר על מנהיגותו של משה. כאשר מתקרב העם לארץ ישראל מתעורר הכוח המשיחי, כך אומר הרב קוק. כלומר: מתעורר הרצון לעבודת ה' שאיננה מגיעה מתוך סמכות חיצונית, גם אם היא גדולה כנבואתו של משה רבינו, אלא רק מתוך חיבור והזדהות פנימית. מכאן ואילך העַם מעוניין בהנהגה רוחנית שאיננה נחלתו של המנהיג בלבד, אלא נוגעת בכל אחד ואחת. פרשת בהעלותך מדגימה זאת באמצעות שורת מקרים, אשר במבט ראשון נדמים כמערערים את סמכותו של משה, אולם בסופו של דבר באמצעותם מתברר מקומו של כל אחד מהמונהגים מתוך ובתוך תורתו של המנהיג משה.
ראשית, משה מתקשה במעשה המנורה, כך על-פי דברי חז"ל, ולכן נאלץ לקבל הדרכה ישירה מה' ("'וזה מעשה המנורה' - שהראו הקדוש ברוך הוא באצבע"). הפרשה ממשיכה בהעמדת הלווים ושבעים הזקנים כמתווכים נוספים למשה בין העם לה'. אנו נפגשים גם עם חוסר ידיעתו של משה ביחס לדיני הטמאים בפסח ("עמדו ואשמעה מה יצווה ה' לכם") ועם הוראות השימוש בחצוצרות ובארון ברית ה' ככלי עזר למשה בתנועתו במדבר. משה מבקש מיתרו ש"יהיה לו לעיניים". גם תלונתם של המתאווים לבשר מופנית כלפי משה. בנבואתם של אלדד ומידד על כך שמשה ימות ויהושע יכניס את ישראל לארץ, ישנו לכאורה פיחות במעמדו וכך גם בהתרסתה של מרים כלפיו על "כי אישה כושית לקח".
הלקח למנהיגים בכל הדורות טמון בהתנהגותו של משה, אשר איננו רואה בכל אלה איום. על בקשתו של יהושע לכלוא את אלדד ומידד המתנבאים במחנה, מגיב משה: "המקנא אתה לי? ומי יתן כל עַם ה' נביאים כי יתן ה' את רוחו עליהם". גם כאשר נענשת מרים, משה נעתר ומתפלל לרפואתה בנפש חפצה. היכולת להכיל את צרכי הציבור תוך הבנה שמנהיגות אמיתית אינה חוששת מהעצמתם של המונהגים, היא כוחו של משה שעליו מעידים הפסוקים: "והאיש משה עניו מאוד מכל האדם אשר על האדמה".
בסוף הפרשה, ביחס לפסוק "ואביה ירוק ירק בפניה, הלא תיכלם שבעת ימים; תיסגר שבעת ימים מחוץ למחנה ואחר תיאסף" לומדים חכמים כלל תלמודי: "דיו לבוא מן הדין להיות כנידון". כלומר: למרות שלפי הקל וחומר שבפסוק היה ראוי שמרים תיסגר 14 יום (כפול מן הימים שהייתה נכלמת אם הייתה מעליבה את אביה), המקרה הנלמד מן הקל וחומר ("הנידון") איננו יכול להיות חמור יותר מן המקור ממנו נלמד ("הדין"), ולכן היא תיסגר רק שבעה ימים.
כלל זה, שמשמעותו המרכזית היא לצרכי לימוד קל וחומר בתלמוד, ניתן להידרש גם מבחינה מחשבתית. גם כל אותן "מרידות" של הציבור במנהיגותו של משה, בסופו של דבר, מכיוון שמקורן הוא בתורתו של משה, אינן יכולות לפרוץ את המסגרת ממנה הן באו. המקרה הנידון לעולם מקבל את יניקתו וכוחו מן הדין המקורי. על אותו משקל ניתן לומר, כי מנהיגות אמיתית, מקורית ומעצימה איננה חוששת מהכוחות התוססים בשטח. אדרבה: היא נותנת להם לזרום תוך אמון גדול בכך שהאמת העומדת ביסוד הדברים תדע להכיל גם את ה"חוצפה". מתוך אמון זה, הכוחות מתועלים אל עבר מחוזות חדשים בצורה של שרשרת ולא בניתוק.
