מדעני מדינה ישראלים טוענים כי קיים פער בין העקרונות האוניברסליים של זכויות האדם המאפיינים את הדמוקרטיה הליברלית לבין ההעדפה שנותן חוק השבות ליהודים בכל הנוגע לנתינת אזרחות. דוגמה לכך בתקשורת ההמונים בישראל היא בהתבטאותו של פרופ' אמיר חצרוני שאמר כי "אין חוק גזעני יותר מאשר חוק השבות".
בהקשר זה, נאמר כלפי ישראל כי היא מפעילה מדיניות של אפרטהייד. משמע, מדעני המדינה מהארץ ומחו"ל עדיין מחשיבים אותה כמדינת אפרטהייד מכיוון שקיים אצלה חוק השבות המפלה אנשים לא-יהודים מהאפשרות של קבלת אזרחות ישראלית. וזאת למרות כי הוסכם על-ידי מדעני המדינה שישראל משקיעה מאמצים כבירים כדי ליצור שוויון הזדמנויות וחירויות אזרחיות לכל האזרחים במדינה ללא הבדל של דת, גזע או מין.
על-פי כן, פרופסורים למדע המדינה ומשפטים מישראל המחזיקים בעמדה פרו-ציונית, חשבו על טיעון שיוכל להסביר את מהותו של חוק השבות ולנסות להסביר כי מהותו ורקעו הרעיוני לא נבע מתוך רצון ליצור אפליה בין קבוצה אתנית אחת לשנייה.
מארץ לארץ הטיעון העיקרי הינו כי חוק השבות לא מהווה אפליה לבני דתות אחרות, אלא מהווה אפליה מתקנת לעם היהודי. הטיעון משתמש בהסבר היסטורי הטוען כי בכל תולדותיו של העם היהודי בגולה אחרי חורבן בית שני, הוא נדד מארץ לארץ ללא בית והרבה פעמים כניסתו נדחתה לארצות מסוימות ו/או נכנס ואף גורש בהמוניו, בין אם גורש על-ידי מדיניות מכוונת של הממשל המקומי ובין אם גורש בעקבות פרעות שבוצעו בו.
ולכן, העובדה כי יש מדינה אשר מקבלת בזרועות פתוחות כל יהודי באשר הוא לתוך מדינה ונותנת לו עם הגעתו זכויות אזרחיות מלאות מעצם הווייתו כיהודי, מבטאת רצון לתקן עוול היסטורי שקרה לעם היהודי כולו בגולה שהתאפיין בחוסר מתן זכויות אזרחיות בסיסיות על-רקע אתני ודתי.
דוגמה לכך אפשר לראות במאמרו של פרופ' שלמה אבינרי בעיתון הארץ ב-25.10.2012:
"כשם שהאפליה המתקנת האמריקנית בתחום החינוך תיקנה עוולות היסטוריות נוראות כלפי השחורים, כך תיקן חוק השבות עוול מחריד, שהביא לרצח של מיליוני יהודים בתקופת השואה (גם של סבא וסבתא שלי), משום ששום מדינה לא הייתה מוכנה לקלוט אותם, וגם ארץ ישראל המנדטורית הייתה סגורה בפניהם".
