מר ביטחון

פעילותו הביטחונית של שמעון פרס החלה עוד לפני הקמת המדינה, כאשר שימש בתפקידים שונים בארגון ההגנה. עם הקמת המדינה, עסק בענייני כוח אדם ורכש במשרד הביטחון. לאחר המלחמה מונה לראש המשלחת של משרד הביטחון לארה"ב, ורכש ביחד עם ידידו אל שווימר ציוד ותחמושת לחיל-האוויר. בבעלותו של שווימר היה האנגר לטיפול במטוסים, ופרס שכנע אותו לעלות לישראל ולהקים האנגר דומה. האנגר זה הפך ברבות הימים לתעשיה האוירית. לאורך השנים, התעשיה האוירית הפכה ממפעל קטן לאחת מתעשיות התעופה הגדולות והידועות בעולם, עם נציגויות במדינות רבות ביניהן אוסטרליה, ארה"ב, רוסיה, צרפת, הודו וקוריאה הדרומית. לתעשיה מספר חטיבות, העוסקות בפיתוח טילים, מערכות נשק, שיגור לווינים, ייצור רכיבים אלקטרוניים, פיתוח וייצור כלי טיס בלתי מאוישים, מערכות תצפית וגם ייצור והרכבת מטוסי מנהלים ורכיביהם. בשנת 2015 עמדו הכנסות החברה על 3.7 מיליארד דולר.

במסגרת תפקידו של פרס כמנכ"ל משרד הביטחון, הוא פעל לפיתוח והעמקת שיתוף הפעולה הצבאי בין ישראל לצרפת. בשנת 1954 הפכה צרפת לספקית הנשק הרשמית של ישראל. כדי לדאוג לאספקת נשק מצרפת לישראל, היה על פרס ואנשיו להתגבר על מכשולים רבים. מכירת הנשק הייתה בפיקוח צרפתי, בריטי ואמריקני, כאשר האחרונים הפעילו את השפעתם למניעת מכירת נשק לישראל. כמו-כן, היה על פרס להתגבר על איבת אנשי משרד החוץ הצרפתי וחילופי הממשלות התדירים שהיו באותה תקופה בצרפת. במהלך שהותו במדינה, פרס רקם קשרי ידידות עם בכירים רבים, ובסופו של דבר הביא לרכש של ציוד צבאי במיליוני דולרים. רכש זה עמד בבסיס כוחו של צה"ל במבצע קדש ובמלחמת ששת הימים. התרומה הגדולה ביותר שנבעה מקשרי ישראל-צרפת, היא הקמתו של הכור הגרעיני בדימונה. בראשית 1956 התחלף השלטון בצרפת, והשלטון החדש גילה אהדה רבה כלפי ישראל. הברית המשולשת בין צרפת, בריטניה וישראל נגד מצרים, הביאה את צרפת לספק לישראל הכור הגרעיני בדימונה כעירבון למבצע קדש. הכור הגרעיני חיזק לאין שיעור את כוח ההרתעה של ישראל, והוא עומד בבסיס כוח זה עד היום.

ביולי 1976, בעת חטיפת מטוס אייר פראנס והטסתו לאנטבה, היה שמעון פרס שר הביטחון בממשלתו של יצחק רבין. בין השניים פרצה מחלוקת לגבי הפעולה הרצויה, כאשר פרס תמך בפעולה צבאית ורבין שקל אפשרויות אחרות. למרות תמיכתו בפעולה הצבאית, כאשר הציגו לו את המבצע שאושר לבסוף, אמר פרס למפקד חיל-האוויר דאז, בני פלד, שמדובר תוכנית שרלטנית, מסוכנת ופזיזה, בלי סיכוי להצלחה. המבצע נחל הצלחה אדירה, זכה לתשבחות רבים והעלה את קרנה של ישראל ברחבי העולם. מעבר לכך, במבצע השתתפו אישים רבים שלאחר מכן היו ראשי מערכת הביטחון, ביניהם רמטכ"לים עתידיים (דן שומרון, אהוד ברק, שאול מופז, גבי אשכנזי) אלופים עתידיים (בין היתר מתן וילנאי, נחמיה תמרי, דורון אלמוג) וראש מוסד עתידי (תמיר פרדו).

בזמן ביצוע מבצע אופרה להפצצת הכור העירקי, היה שמעון פרס ראש האופוזיציה ומנחם בגין היה ראש הממשלה. ההיערכות להפצצת הכור בעירק הייתה בעיצומה, ובגין החליט להכניס את פרס בסוד העניינים, והלה לא התנגד באותה עת. מספר חודשים לאחר מכן נודע לפרס, כי המבצע יתבצע בקרוב, והוא שלח לבגין מכתב, בו דחק בו לבטל את המבצע, מאחר שאת החומרים ניתן יהיה להחליף וישראל תיפגע מהמהלך במישור הבינלאומי. למרות זאת, בגין הורה להפציץ את הכור. המבצע התקיים בתחילת יוני 1981, כאשר הבחירות נקבעו לסוף החודש. הדבר העלה טענה לפיה הפעולה בוצע כ"תעלול בחירות", ופרס אף אמר זאת בנאומיו. בגין הגיב ואמר שאנשי המערך צריכים להתבייש שהם בכלל חושבים זאת: "אני אשלח בחורים יהודים לסכנת מוות, או לשבי שהוא גרוע ממוות משום שהברברים היו מעלים את בחורינו עינויי תופת, למען בחירות?! אני אשלח בחורים שלנו?!" הפצצת הכור הובילה לגינוי הפעולה וביקורת חריפה כלפי ישראל. שבועיים אחריה, אישרה מליאת האומות המאוחדות ומועצת הביטחון החלטת גינוי חריפה ביותר נגד ישראל. בניגוד לעבר, ארה"ב תמכה בהחלטה, והמבצע הביא להקפאה זמנית של משלוחי ציוד צבאי אמריקני לישראל. אולם כאשר כוחות הקואליציה פלשו לעירק בשנת 1991, שלח שר ההגנה האמריקני דאז, דיק צ'ייני, לדוד עברי, שהיה שגריר ישראל בארה"ב ומפקד חיל-האוויר במהלך הפצצת הכור, תמונת לווין של הכור המופצץ וכתב "בתודה ובהערכה, הקלתם על משימותינו בסופה במדבר".

בקיץ 2005 היה פרס היו"ר הזמני של מפלגת העבודה הזמני לאחר פרישתו של עמרם מצנע. בעקבות הקרע שהיה בליכוד לאור ההכנה לביצוע תוכנית ההינתקות, הוביל פרס את מפלגת העבודה להצטרף לממשלתו של שרון ולאישור התוכנית. זו כללה, כידוע, פינוי חד-צדדית של כל היישובים היהודיים מרצועת עזה וארבע התנחלויות מבודדות בצפון השומרון. בנימין נתניהו טען, שמימוש התוכנית יביא לירי רקטות על אשקלון. פרס ענה ואמר שלא יעזור לו להבהיל את העם, כי העם לא מאמין לו והוא מדבר שטויות. ההמשך ידוע: הרשות הפלשתינית לא הצליחה להשיג שליטה אפקטיבית ברצועה לאחר ההינתקות, והחמאס השתלט עליה בבחירות שנערכו בינואר 2006. ביולי אותה שנה, פגעה רקטה ראשונה בעיר אשקלון.