החל מאלכסנדר מוקדון, דרשו המלכים ההלניסטים מנתיניהם כבוד אלים. תושבי הפוליס הקימו לכבודם מזבחות והעמידו כוהנים לטפח את הפולחן החדש. את ההשפעה על מנהגי ישראל אנו מוצאים למשל בטקס העלאת הביכורים לבית המקדש, צורת תהלוכה יוונית שאין להם זכר בתורה: "והשור הולך לפניהם וקרנותיו מצופות זהב, ועטרה של זית בראשו", הכל לפי מנהגי יוון.
קרוב לסוף שלטון התלמיים ביהודה, השתלטה על חיי הציבור בירושלים משפחת בני טוביה. יוסף בן טוביה יצא ליישב סכסוך עם תלמי מלך מצרים ושיכנע אותו למסור לידיו בחכירה את גביית מס המלך בסוריה וישראל. הוא הנהיג את נימוסי יוון והניח את היסודות לתנועת המתייוונים שהשפעתם הלכה וגברה בציבור. המתייוונים הטיפו לטמיעה בתרבות יוון והקיצונים שביניהם לא נרתעו מפולחן אלילי יוון בעיר הקודש. ראשי הכהונה היו מהמתייוונים הבולטים. בימים ההם היו הכוהנים ממונים על אוצר האומה בבית המקדש. שם נצטברו תרומות מחצית השקל, מתנות למקדש, ונכסי יתומים ואלמנות, והם הפכו ל"בנקאים".
אנטיוכוס השלישי כבש את ארץ ישראל בשנת 198 לפה"ס, והעניק ליהודים אוטונומיה מסוימת, היינו הזכות לקיים "חוקי אבותיהם". כעבור 23 שנים עלה על כס המלוכה בסוריה מלך חדש, אנטיוכוס אפיפנס, שהתייצב לצד המתייוונים בירושלים. חוניו הכוהן הגדול שמר אמונים לבית תלמי המצרי, והמתייוונים גמרו אומר לסלקו מכהונתו, ובמקומו נבחר אחיו ישוע, שהסב את שמו לשם יווני "יאסון". הוא נסע לאנטיוכיה וקנה מאת המלך את משרת הכהן הגדול. צעד זה הביא לקיצו את המנהג העתיק של ירושת משרת הכוהנה הגדולה, שעברה מאב לבן. מעתה הכוהן הגדול בבית המקדש הפך להיות פקיד של המלך הנוכרי.
בתיווכו של יאסון העניק אנטיוכוס לירושלים מעמד של פוליס (עיר יוונית) והיא הפכה לאנטיוכיה. יאסון הקים בה גמנסיון ובו השתתף הנוער היהודי במשחקים הנהוגים ביוון, כשהם חובשים כובעים עם סימלו של האליל היווני הרמס. יאסון החזיק בכהונה שלוש שנים ומאחר שהיה נאמן למסורת ישראל לא היה מקובל על המתייוונים הקיצוניים. אלה בחרו במנלאוס, מתייוון קיצוני. יאסון לא ויתר ושוב הפך הסכסוך למלחמת אחים כשבני טוביה תומכים במנלאוס ורוב העם עם יאסון המתון. לבסוף נאלץ יאסון להימלט לעבר הירדן.
גזירות השמד מנלאוס, שתפס את הכהונה הגדולה, רדה בעם בעריצות. כשלא שילמו את מיכסת המיסים למלך, הוציא מנלאוס מבית המקדש כלי זהב, אותם העביר לאנטיוכוס. בירושלים פרצו מהומות, שכירי חרב גויסו לדכא את ההמון העם נלחם בהם והמהומות הביאו ל"גזירות השמד" של אנטיוכוס.
בשנת 169 לפה"ס יצא אנטיוכוס למלחמה על מצרים, הרומאים התערבו במלחמה והביסו את חיל אנטיוכוס. כששב זה לארצו עבר דרך ירושלים ולקח את מזבח הזהב מבית המקדש, את מנורת המאור, ורוקן את אוצר המקדש שהכיל תרומות ופקדונות יחידים שהפקידו הונם בבית המקדש. מיד פרצו מהומות נגד ראשי הכהונה המתייוונים שמסרו את האוצרות לשליט הסורי. בעיני המלך היו המהומות, מרד כנגד מלכותו והוא ציווה להשמיד את יהודי ירושלים. רבים הומתו, ואלפים נמכרו לעבדות.
עם צאת הצבא הסורי מירושלים פרצו התקוממיות ביתר שאת, שוב הגיע צבא סורי לדכא את המרד. אפולניוס מפקד הצבא הסורי ביצר את עיר דוד בחומה ומגדלים והפך אותו חלק של העיר למבצר ה"חקרה" שנעשה למרכז הפוליס. הקמת החקרה הציתה את אש המרד, אלפים הקימו קבוצות לוחמי גרילה.
בית המקדש נקרא כעת על שם זאוס, הקרבת קורבנות נאסרה, בחוצות ירושלים הוצבו מזבחות, שעליהם הקריבו הנוכרים חזירים ובהמות טמאות אחרות, נשרפו ספרי תורה, ונאסרו מצות שמירת השבת ומילה, כשפקידי המלך מפקחים שהגזירות יתבצעו. נוכח החילול הנורא, יצאו החסידים, הסופרים שומרי המצוות במלחמה גלויה נגד גזירות השמד.
הניצוץ שהצית את להבת המרד הוצת בכפר מודיעין, לשם הגיעו חיילים סורים. משיצא אחד המתייוונים היהודים לסגוד לפני הפסל שהעמידו הסורים, הסתער מתתיהו הכוהן מבני יהויריב מירושלים, הרג את היהודי המתבולל ואת הסורי הממונה על החיילים. ולאחר מכן קרע את בגדיו, לבש שק ויתאבל מאוד, ויאמר: "אוי לי! למה יולדתי לחזות בשוד עמי ושוד עיר הקודש"!
כוח אדיר והוא ברח עם משפחתו ובניו אל ההרים ואלה שמות הבנים: יוחנן הגדי, שמעון התרסי, יהודה המקבי, אלעזר החורן, יונתן חפוש.ומאז עמדה המשפחה בראש המאבק המזוין. ראשית מעשה של יהודה בנו היה ביטול האיסור ללחום ביום השבת, כי הסורים נהגו לצאת לפעולות דווקא בשבת.
כדי לדכא את המרד ביהודה שלח אנטיוכוס את מצביאו אפולניוס. בקרב הראשון גבר יהודה ואפולניוס נפל במערכה. אחרי תבוסה זו נשלח סרון שר הצבא למלחמה בחשמונאים, וגם אותו הביס יהודה. עד כה שלחו הסורים לקרב אספסוף מתושבי הערים היווניות, לאחר שני הכשלונות, שלח ליסיאס המושל בכול הארץ עבר הירדן את ניקאנור שר הצבא המנוסה בראש חיל גדול. בקרב המכריע ליד אמאוס (לטרון של היום) נשבר הכוח האדיר של ניקאנור.
בשנת 164 לפה"ס החליט ליסיאס לצאת בעצמו לאחר הכשלונות הקודמים. הפעם ניסו הסורים לעקוף את קו ההגנה של החשמונאים ותקפו מדרום לירושלים. והנה גם הכוח העצום הזה הובס על-ידי אנשי יהודה המכבי. ליסיאס שב בבושת פנים לאנטיוכיה.
עתה כבש יהודה את כל ארץ ישראל. קודם הבקיע את חומות ירושלים, כבש את העיר, פרט למבצר ה"חקרה". בירושלים טיהר יהודה את בית המקדש מתועבות הגויים, וביום עשרים וחמשה בחודש כסלו לפה"ס חגגו את חנוכת המזבח שעל הר-הבית. חוצות העיר טוהרו משרידי עבודה זרה וחוקי התורה שבו כבראשונה.
קריאות לעזרה הגיעו מישובים יהודים שבערים היווניות, שם הותקפו היהודים על-ידי שכניהם הנוכרים. יהודה מיהר לבוא לעזרתם ועשה בהם שפטים. בראשית המאבק לשחרור הארץ מעול הסורים נקטו החשמונאים בשיטה של מלחמת גרילה נגד יחידות של האויב, כאשר נתקלו בכוחות גדולים היו מבקיעים בגבורה אל מפקד הגדוד, אחרי שחיסלו אותו, היו חיילי האויב נפוצים לכול עבר.
נחלת אבות אחרי הניצחון האחרון כרת יהודה ברית עם ממשלת רומי, המעצמה העולמית באותו זמן.
יהודה המקבי נפל בקרב בשנת 161 לפה"ס כשדמטריוס מלך סוריה והמצביא הסורי בקחידס, יצאו למלחמה נגדו ונגד הלוחמים שמנו כשמונה מאות חיילים.
אחרי מות הגיבור האגדי, התלכד העם סביב יונתן אחיו. יונתן מלך כתשע עשרה שנים ונרצח על-ידי אויבו טרפון מלך סוריה, שהזמינו לביקור בעכו ורצח אותו. אחריו עברה הכהונה הגדולה לשמעון אחיו שלאחר שבע שנים נרצח גם הוא עם שני בניו (בידי תלמי בן חבוב שהופקד על הצבא) במשתה ביריחו, אליו הוזמן על-ידי הסורים.
מלך סוריה סידטס האיר תחילה פנים לשמעון התרסי, אך לאחר מכן שינה טעמו ודרש דרישות שונות כגון את הערים יפו וגזר ואת המצודה אשר בירושלים.
שמעון סירב לו והשיב לשליח את האימרה המפורסמת: "לא ארץ נכרייה לקחנו ולא ברכוש נוכרים משלנו, כי אם נחלת אבותינו אשר בידי אויבינו, בעת מן העיתים בלא משפט נכבשה ואנחנו כאשר הייתה לנו עת, השיבונו את נחלת אבותינו".
תקופת החשמונאים (167-63) לפה"ס נמשכה כמאה שנים ובמהלכן חלו ביהודה שינויים רבים בתחום המדיני, הצבאי, הדתי, הלאומי והדמוגרפי. לאחר נפילת בית חשמונאי לא קמה עוד ישות יהודית עצמאית בארץ ישראל, למעט תקופות קצרות בימי המרד הגדול ומרד בר כוכבא.
