חמש שנים לאחר שנהגה לראשונה, עדיין לא ניתן להימלט מן הביקורת הקשה המוטחת נגד המאגר מצד רבים וטובים במדינה. אלה מתעקשים להזהיר כל העת שהפעלתו עלולה לפגוע קשות בפרטיותו של האזרח הישראלי ולהביא לזליגתו של מידע לא רצוי לידיהם של מקורות מפוקפקים.
משפטנים לא מעטים, ובהם שופטים ומדענים בכירים בארץ, כבר הביעו סלידה מהנהגתו של מאגר שכזה. כך או אחרת מהווה המאגר הביומטרי סימפטום ברור לנוכחותו של "
האח הגדול" בחיינו, וחזונו של אורוול בשעתו על מה שיתחולל ב-1984 הוא כאיין וכאפס לעומת המציאות.
לכאורה אמור אומנם השבב האלקטרוני, שביסודו של המאגר, להתמודד עם מכת הזיופים הקשה של דרכונים ותעודות זהות, שהנוסחה לייצורם הבלתי חוקי פוצחה עוד לפני שנים אחדות. אלא שיעילותו של השבב עדיין לא הוכחה והספקות עולים על הבטיחות המובטחת כביכול.
דליפה כל בר בי רב מודע לעובדה שקיומו של מאגר ביומטרי לא רק עלול לפגוע בכבוד האדם ובפרטיות, אלא יש בו גם כדי לסכן את ביטחון המדינה ותושביה. אם חלילה ידלוף מאגר שכזה לידיה של מדינה עויינת, היא תוכל לזהות בקלות כל אזרח ישראלי שנכנס בשעריה בדרכון זר וזאת על-פי טביעת אצבעותיו.
למען הגילוי הנאות מן הראוי להודות שניתן לנפק תעודות חכמות גם ללא קיומו של מאגר ביומטרי. הדבר מתאפשר באמצעים טכנולוגיים זמינים, זולים, בטוחים יותר וחודרניים פחות, כמקובל בעולם המערבי של היום.
למותר לציין שבשום מדינה דמוקרטית בעולם של היום אין עדיין תקדים שכזה. כמה חבל שדווקא ישראל היא זו שנגררת לשיטות מעקב מפוקפקות, שרחוקות מלהיות כוס התה של משטרים נאורים בעולם, ושזכויותיו של האזרח הקטן הן קודש ונר לרגליהם.
