הנישום יכול להגיש השגה על השומה שקבע פקיד השומה או להגיע להסכם בתקופת שלב א'. אם לא הגיעו הצדדים להסכם, בתום שנה ממועד עריכת השומה בשלב ב' אפשר לפנות לבית המשפט המחוזי, ולאחר מכן - לערער לבית המשפט העליון.
כאן נכנסת לתמונה הוועדה לקבילות פנקסים. בשלב א' רשאי פקיד השומה לפסול את ספרי החשבונות. זהו מהלך דרמטי שמשפיע על כל ההמשך. אבל הנישום יכול להגיש ערר לוועדה לקבילות פנקסים - מהלך שעוצר את כל מהלך השומה עד להחלטת הוועדה. אפשר להגיע לשומות או להוכיח שספרי החשבונות קבילים. נטל ההוכחה הוא על הנישום, אלא אם כן ניהל ספרים קבילים. כל עוד פקיד השומה לא פסל אותם, נטל ההוכחה עובר עליו.
כיום פקידי השומה נוהגים לדלג על שלב הפסילה. הם אומרים "הספרים שלך נראים לי לא יפים", אך זוהי אמירה בלתי חוקית. כל עוד הספרים לא נפסלו, פקיד השומה צריך להגיש ראשון את הראיות והנישום יכול לראות אותן ולכלכל את צעדיו. ההחלטה של הוועדה היא סופית, אין עליה ערר ואין עליה ערעור; אפשר לתקוף אותה רק בבג"ץ בטענה שמשהו פסול בהחלטה עצמה.
לכן הוועדה חשובה מאוד. בשאלה האם ללכת לוועדה או לערער בסוף, השאלה היא האם הספרים קבילים. אם כן - ודאי שכדאי ללכת לוועדה. היתרון בערעור הוא שאפשר אחרי בית המשפט המחוזי לפנות לבית המשפט העליון.
העובדה שנטל ההוכחה הוא על פקיד השומה היא מרחיקת לכת כאשר מדובר בשומה על-פי מיטב השפיטה. הוא אינו יכול לעשות זאת אם הספרים קבילים, אלא אם התוצאה העסקית בלתי סבירה בעליל.