אמיר אורן, מבכירי הכתבים במישור הביטחוני, מפרסם ב"הארץ" (6 בנובמבר 2006) את הנחות העבודה של צה"ל כפי שהתגבשו לאחר סדרת דיונים במטה הכללי. עיקרי הנחות אלה הינן:
סבירות להתלקחות מלחמתית בזירה הצפונית - יוזמה של סוריה או חיזבאללה, בנפרד או במשותף ובתמיכת איראן, לפתוח במעשי איבה. סכנתה של יוזמה כזו צפויה בשנתיים הקרובות והיא עלולה להגיע לשיאה בחודשי אביב-קיץ 2007.
אפשרות להקמתה מחדש של החזית המזרחית - החלטה של ארה"ב להסיג את עיקר הכוח האמריקאי מעיראק, נקבע בהערכת המצב, תחייב מעקב אחר השתלבותה של עיראק בחזית מזרחית מחודשת עם סוריה ואיראן.
המטה הכללי של צה"ל רואה אפוא בטווח הנראה לעין היווצרות נסיבות מדיניות וצבאיות העלולות להציב איום קיומי למדינת ישראל, גם בתרחיש בו מצרים וירדן ממשיכות לדבוק בהסכם השלום ומצליחות לשמור על יציבות משטרן. הערכה זו מחייבת היערכות חירום מידית בתחום הביטחוני ושינוי סדרי העדיפויות בתחום הלאומי. צעדים ראשונים שכבר ננקטו כוללים: תימשך ההצטיידות בטנקי המרכבה, יפותח מענה לרקטות לטווח קצר ובינוני, תורחב תקופת האימונים של חיילי המילואים ובוטלה ההחלטה לקצר את שרות הסדיר.
על רקע ההערכה הביטחונית המחמירה ראוי לבחון אם הערכות המצב הקודמות של צה"ל חזו את התפתחות האיום האסטרטגי מבעוד מועד, על כל חומרתו, על מנת לתת התרעה בזמן לדרג המדיני. את נקודת ההתייחסות החשובה לעניין זה ניתן למצוא בכנס הרצליה (24-21 בינואר 2006) בו הציגה מערכת הביטחון בין שאר הגורמים את הערכת המצב הביטחונית ארוכת הטווח.
בנאומו בכנס הרצליה (22 בינואר 2006) הציג הרמטכ"ל, רא"ל דן חלוץ, את ההערכות הבאות:
א. "אני לא רואה איך החמאס ינצח (בבחירות לפרלמנט הפלשתיני) והפת"ח ייתן להם לקחת את השלטון".
ב. "אין אפשרות לקואליציה ערבית נגד ישראל, ואין אף מדינה באזור שיכולה לנצח את ישראל".
ג. "אין ספק שתחושת האיום הקיומי הולכת ודועכת".
ד. "אין ספק שיש לבחון מחדש את סדר העדיפויות הלאומי... יש להבין שאנחנו חלק גדול מהחברה ויש לנו אחריות לא רק לקבל אלא גם לתת, ולעשות עם פחות... צה"ל מצליח להתמודד בהצלחה עם האתגרים שמציבים הקיצוצים".
הרמטכ"ל לשעבר, רא"ל משה (בוגי) יעלון מסביר את הפער בהערכות המצב בקשר ההדוק מדי בין הצבא לפוליטיקה ובניסיון של ראשיו לחלות את פני הדרג המדיני. בראיון לארי שביט ב"הארץ" (14 בספטמבר 2006) הגדיר יעלון את הנאום האופטימי של חלוץ כ"הצגת לא אמת לתושבי ישראל" וכניסיון ליצור "תקווה מדומה שהתגלתה כאשליה". ובמילים קשות קבע יעלון: "הציבו בפני עם ישראל עגל זהב ועוד עגל זהב במקום לומר לו את האמת. צמרת צה"ל הייתה שותפה לכך".
דברי יעלון ובעיקר השוני הקיצוני בהערכות המצב של הרמטכ"ל בזמן כל כך קצר צריך לעורר שאלות נוקבות. האומנם מסוף ינואר 2006 ועד אוקטובר 2006 השתנו מגמות היסוד במזרח התיכון מקצה עד קצה? האם דווקא הניצחון הישראלי במערכה נגד חיזבאללה (האירוע הביטחוני המשמעותי של השנה) דווקא הוא הרע כל כך את מצבה האסטרטגי של ישראל? מדוע גורמי ההערכה והתכנון האסטרטגי לא התריעו בפני הרמטכ"ל (ואולי התריעו ודעתם לא התקבלה) על הצורך להיערך בדחיפות לתרחיש סביר של היווצרות חזית מזרחית אסלאמית? האם מערכת הביטחון ערכה תחקיר ובדק בית לבחון היכן שגתה ומי אמור לשאת באחריות לקריסתה של הקונספציה?
המערכת הפוליטית בישראל חולה ועל כך אין עוררין. אסור שתחלואיה יחלחלו לתוך הצבא ויטו האת הערכת המצב הלאומית משיקולים פוליטיים אד הוק. קיים אפוא הכרח להקים חיץ ברור באמצעות תקופת צינון ארוכה בין הצבא לפוליטיקה, ובכך להקטין ככל האפשר את התלות המסוכנת בפוליטיקאים המקשה על הבעת דעות עצמאיות ו"דעה אחרת" הקוראת תיגר על קונפורמיזם משתק.
