אינס בילבטואה (דמות, שהמציאו התסריטאים, ונותנת לסרט מנה של עירום, כנדרש, באמצעות נטלי פורטמן הישראלית לשעבר), בתו היפהפיה של סוחר עשיר, משמשת השראה לציוריו של פרנסיסקו גויה (סטלן סקארסגאד) - גדול ציירי ספרד בכל הזמנים. האח לורנסו קסמרס (דמות בדיונית, שמגלם חאווייר בארדם), נזיר ופעיל מרכזי באינקוויזיציה הספרדית, מנסה להפליל את אינס בכפירה ובניסיון לחתור תחת הכנסייה.
לורנסו קסמרס מקבל רשות לחקור את אינס, שנשברת תחת העינויים, ומודה בכך שהיא מצאצאי היהודים. אחר כך הנזיר מקיים עמה יחסי מין, כשהיא בכלא האינקוויזיציה, והיא הרה לו.
בינתיים, מכין תומאס, אביה של אינס (חוסה לואיס גומס), אחד מעשירי מדריד, מלכודת לנזיר השאפתן. הוא מוכיח לו, שכל אחד יודה בכל מה שנדרש תחת עינויים - כלומר, שהכנסייה טעתה כשאישרה לחקור נאשמים בעינויים. האב ובניו חוטפים את לורנצו, שהוזמן לקבל בביתם תרומה נדיבה לכנסייה. באלימות, הם כופים עליו לחתום על תצהיר, שהוא בנו של קוף. תצהירו המגוחך - חושב האב - יגרום לאינקוויזיציה לחזור בה מהפללתה של בתו.
האב טעה לחלוטין. כמו כמה בני אנוש, הכנסייה והאינקוויזיציה אינן יכולות להודות בטעויותיהן. אינס יוצאת מדעתה בכלא, ולורנסו מנודה ונמלט לצרפת. שם הוא מתפכח, וחוזר בראש צבאות נפוליאון לארצו.
כניסת צבאות צרפת לצרפת מחוללת מהפכה, שבראשה עומד לורנסו קסמרס, שהתפקר, ומטיף עתה למען המהפכה באותו הלהט, שהטיף קודם למען הכנסייה. בתי-הכלא של האינקוויזיציה נפתחים, ואסיריהם יוצאים לחופשי, שבורים ומטורפים. בתי-דין מהפכניים שופטים את ראשי המשטר הישן. כשהספרדים מורדים בשלטון הצרפתי, בסיוע הבריטים, הם מגרשים את הצרפתים, ומחזירים לשלטון את המלך הספרדי ואת האינקוויזיציה. ספרד שוקעת לים של ניוון ושל חשיכה, שנחלצה ממנו רק בסופה של המאה העשרים.
גויה מצליח לגלות את אינס, ולפדותה מסרסורה המעסיקה אותה בזנות. אך קסמרס מתנכר לאינס ולאבהותו על ילדה, שנעלם בכלא האינקוויזיציה. קסמרס אינו רוצה שתטריד את מנוחתו ואת שלוות משפחתו, ושולח אותה לאשפוז בבית-חולים לחולי-רוח - עוד מוסד טוטליטרי, המוצג בסרט בצורה גרוטסקית (עיינו בערך קן הקוקייה). גם ממנו פודה אותה גויה, והיא תלווה את קסמרס בדרכו האחרונה.
היסטוריה לכאורה - כמשל זה סיפור פשוט של סרט לכאורה היסטורי על הצייר הגאון, שהכעיס רבים מפני שהציג את העלית של ארצו באור לאו דווקא חיובי. את התסריט כתבו מילוש פורמן וז'אן-קלוד קארייר (הפקה: סאול זאנץ, צילום: חוויאר אגירסארוב, מוזיקה: חוזה ניטו, וראן אורצסטרוביץ באוור, עריכה: אדם בום).
פורמן, בימאי צ'כי, שברח לארצות-הברית כשברית-המועצות כבשה את ארצו בסוף שנות השישים, הוא הבטחה שמומשה. סרטיו הצ'כיים (כמו אהבותיה של בלונדינית ונשף מכבי האש) הקנו לו מוניטין כיוצר חדשני ומורד, ושניים מסרטיו האמריקניים - אמדאוס וקן הקוקייה - זיכו אותו בפרסי אוסקר.
הפעם הוא עוסק בסיפור דמיוני - אליגוריה על מה שחווה כילד תחת המשטר הנאצי בצ'כוסלובקיה וכאדם בוגר תחת המשטר הקומוניסטי, שהמשיך לדכא את ארצו. שני תאומי העריצות מיוצגים בסרט על-ידי האינקוויזיציה, שאינה מקבלת כל ביטוי אישי (בסרט - היא אינה מקבלת את אמירת הנחקרת, שאינה אוהבת בשר חזיר), ומטילה על ספרד מורא גדול - כמו הגסטאפו הנאצי ואחיו התאום הקג"ב הבולשוויקי - באמצעות מנגנון עלום של חקירות ושל בתי-כלא.
תחת השלטון הקומוניסטי רבים הודו - מסיבות שונות, כולל עינויים - בפשעים, שלא ביצעו מעולם - דברים מופרכים לחלוטין. אימה ופחד היו שם המשחק, ובאמצעותם שלטו הקומוניסטים בארצותיהם, דיכאו את תושביהן, והרסו אותן עד היסוד - עד שהשתחררו מעול הרודנות האדומה. כארבעים שנה שלטו הקומוניסטים בצ'כוסלובקיה - לאחר שארצות-הברית הפקירה אות תושביה לשלטונם - ורדו בה. לכן, אין פלא שפורמן אינו מגלה כל אהדה לטוטליטריות.
אורן לא הסכים לספר את האמת על המהפכה סיפור ידוע בזמנו היה של מרדכי אורן הישראלי, שליח של מפלגת מפ"ם בפראג, שנכלא באשמת בגידה וריגול בצ'כוסלובקיה בשנת 1952. אורן ושמעון אורנשטיין, עוד ישראלי (לשעבר נספח בשגרירות ישראל בפראג), נאסרו באותה ההזדמנות, והואשמו בריגול לטובת ישראל וארצות-הברית. שני הישראלים עונו, והפכו לעדי מדינה במשפטי הראווה נגד רודולף סלאנסקי ונגד עשרה אחרים - רובם יהודים, כמו סלאנסקי ("משפטי פראג"). אורנשטיין נשפט למאסר עולם, ושוחרר בשנת 1954. אורן נידון לעשרים שנות מאסר, ושוחרר בשנת 1956.
סלאנסקי, מזכיר המפלגה הקומוניסטית הצ'כית, ועשרה ממנהיגי המפלגה הקומוניסטית הצ'כית, שהופללו יחד עם אורן ועם אורנשטיין, הוצאו להורג לאחר שהודו באשמות השווא, כי היו חברים ב"קשר טרוצקיסטי - טיטואיסטי - ציוני בשירות האימפריאליזם האמריקני". כל האחד-עשר התוודו בלחץ העינויים על "פשעיהם", והיללו את המפלגה הקומוניסטית, את ברית-המועצות ואת סטאלין לפני שהוצאו להורג.
בשנת 1956 שוחרר אורן - מהפכן סוציאליסטי "שרוף" - וחזר לביתו בקיבוץ עין-שמר. שנים רבות הוא לא היה מסוגל להודות שהופלל באשמות שווא, והעיד עדות שקר נגד נאשמי פראג, שהוצאו להורג על לא עוול בכפם. הודאה כזו היתה, לגביו, בגידה במהפכה הקומוניסטית, שהאמין בה עד כלות נפשו, גם כשהפך לקרבנה. רק אחרי כעשרים שנה, הסכים אורן להודות בחצי פה, שבוצע נגדו פשע נורא.
אין מקום לאדישות מול הרוע הרוחות של גויה הוא סרט אלים במיוחד וקשה לצפייה (בארצות-הברית הוא מסווג R), הנוגע בהתנהגות האנושית. הוא מעלה ספקות רבים בכל הנוגע לטוהר המידות של כל משטר טוטליטרי (האינקוויזיציה) וגם של הלוחמים נגדו (לורנסו קסמרס אחר התפקרותו).
לכאורה, הצייר גויה - המצייר כמעט כל אחד מבכירי המלכות והכנסייה תמורת תשלום - חסר פניות. בסרט הוא מציג את רדיפת הבצע של הצייר באור גרוטסקי. גויה שואל את הנזיר קסמרס האם לצייר את ידיו, או לאו. ציור עם ידיים, אומר הצייר, יקר יותר.
פורמן וקארייר מציגים את גויה כאופורטוניסט, שכמעט אינו מעורב במתרחש בארצו - גם כשמישהו קרוב אליו נפגע. הוא אורח, שרואה כל פגע בארצו, אך נותר אדיש לעוולות, כל עוד מתירים לו לצייר כאוות-נפשו. גויה התחרש באותה התקופה (עובדה אמיתית), המחריפה את ניכור הצייר למציאות בארצו. הרוחות של גויה טוען, שאין מקום לאדישות מול הרוע - משום שלבסוף כוס התרעלה תפגע בכולנו.
