ארגון אמנסטי אינטרנשיונל פרסם בתחילת חודש יוני 2007 דוח תחת הכותרת "תחת עול הכיבוש - פלשתינים במצור בגדה המערבית" (סימוכין MDE 11/033/2007). קריאה מדוקדקת של הדוח מלמדת על גישה חד-צדדית של אמנסטי והצגה מסולפת מיסודה של העובדות. הדוח מטיל ספק גדול במהימנות דיווחי אמנסטי ומעלה שאלות כבדות באשר למניעי הארגון.
טענת אמנסטי: גדר הביטחון והסגרים אינם מועילים לביטחון "הרשויות הישראליות טוענות כי משטר הסגרים וההגבלות הכרחי על-מנת למנוע מפלשתינים להיכנס לישראל ולבצע בה פיגועי התאבדות והתקפות מסוגים שונים. אולם כמעט כל המחסומים, השערים, הדרכים החסומות ורוב הגדר/חומה ממוקמים בתוך הגדה המערבית ולא בין ישראל לגדה המערבית. אלה מגבילים מאוד או מונעים את התנועה בין ערים וכפרים פלשתינים, מפצלים קהילות פלשתיניות, מפרידים פלשתינים מאדמותיהם החקלאיות, מונעים גישה למקומות עבודה, לבתי ספר, לשירותי בריאות ולקרובי משפחה והורסים את הכלכלה הפלשתינית. הגדר/חומה עצמה הממוקמת בתוך השטח הכבוש הינה בלתי חוקית על-פי בית הדין הבינלאומי לצדק".
הערות אמנסטי ממעיט בערך חוות הדעת של גורמי הביטחון הישראלים ומהעובדה שישראל נאלצה להשקיע מאות מיליוני ש"ח בתחזוק מערך הביטחון בגדה המערבית (גדר, מחסומים, סיורים) רק לאחר שהרשות הפלשתינית פתחה במתקפת טרור בספטמבר 2000, במהלכה בוצעו עשרות אלפי(!) פיגועי טרור. עובדה היא, ואמנסטי מתעלם ממנה, כי ישראל לא פעלה באופן דומה בשנים קודם לאינתיפאדת אל-אקצה, כיוון שהאיומים הביטחוניים היו שונים והיקף הטרור היה מוגבל.
יתירה מכך, ניכר כי חוקרי אמנסטי נוהגים ברשלנות ובשרלטנות. לו היו טורחים לבחון את התייחסות ארגוני הטרור הפלשתינים לצעדי הביטחון הישראלים בגדה המערבית הם היו נוכחים לדעת, כי דווקא הם - ארגוני הטרור הפלשתינים - מעריכים את האפקטיביות הביטחונית של הגדר.
מוסא אבו מרזוק, סגן מנהיג החמאס, מודה (אתר האחים המוסלמים במצרים, 6 ביוני 2007), כי גדר הביטחון שהקימה ישראל בגדה מקשה על ביצוע פיגועי התאבדות. גם מנהיג הג'יהאד האיסלאמי בפלשתין, עבדאללה רמדאן שלח, הודה בראיון טלוויזיוני (11 בנובמבר, 2006), כי גדר הביטחון שבנתה ישראל מהווה מכשול בפני ארגוני הטרור ולולא קיומה היה המצב השונה לגמרי.
אבו אחמד, פעיל בכיר בזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי, אומר בראיון עמו לאתר הרשמי של הארגון (פברואר 2007), כי לג'יהאד האיסלאמי מתנדבים רבים הנכונים לבצע פיגועי התאבדות, ואולם הסגר שמטילה ישראל מקשה על שליחתם לפיגועים. "בכנות, הגדר משפיעה בצורה משמעותית על ההתנגדות הפלשתינית, אבל לא באופן מוחלט. מה שמשפיע עוד יותר מכך ובפרט בגדה הן פעולות החיסול והמעצרים המתמשכים. כאשר אחד המנהיגים מתבלט שם (בגדה) הוא מחוסל או נעצר וחוזר חלילה כאשר מנהיג אחר עולה במקומו".
