רצועת עזה תחת שלטון החמאס הפכה לחממה לארגוני הטרור הפלשתינים ובסיס לשלוחת אל-קאעידה תחת השם "צבא האיסלאם". ראש ממשלת החמאס, איסמאעיל הניה, בדומה למנהיגים אחרים בחמאס, מנסה להוליך שולל את התקשורת במערב בהכחשות חוזרות ונשנות, לפיהן אין תנועת החמאס מסייעת במישרין או בעקיפין לארגון אל-קאעידה. "כולם יודעים, כי לארגון אל-קאעידה אין נוכחות ברצועת עזה", אמר איסמעיל הניה לסוכנות הידיעות רויטרס (15.7.07) וטען, כי הדיווחים בעניין זה נועדו להכשיר את הקרקע ל"תוקפנות נגד העם הפלשתיני ובפרט ברצועת עזה".
דבריו של הניה עומדים בניגוד מוחלט למציאות הקיימת ברצועת עזה. תנועת החמאס מודעת היטב להתחזקות שלוחת אל-קאעידה והיא מוטרדת מכך שלא מעטים בזרוע הצבאית של החמאס ואף בהנהגתה החלו מאמצים את תפיסת העולם של אל-קאעידה. נטילות אחריות על פיגועים נגד ישראל פורסמו בגלוי עוד לפני ההינתקות החד-צדדית של ישראל מרצועת עזה (אוגוסט 2005) ויתר על כן, ארגון "צבא האיסלאם" אף מתגאה בגלוי בקבלת ההוראות מהנהגת אל-קאעידה בחו"ל.
בראיון לאתר האינטרנט "אילאף" (17 ביולי 2007) הודה אבו עאשור, יד ימינו של מנהיג "צבא האיסלאם" מומתאז דורמוש, כי ארגון צבא האיסלאם "מאמץ את העקרונות בהם מאמינה אל-קאעידה" ודוגל בהקמת מדינה איסלאמית בעזה ובשחרור פלשתין. הוא ציין, כי אל-קאעידה שולחת כסף למימון הפעילות של צבא האיסלאם, וכן מעבירה הנחיות לפעולה. לדבריו, "ההחלטה על חטיפת אלן ג'ונסטון התקבלה ע"י אל-קאעידה 'בחוץ' וההחלטה על שחרורו הגיעה גם כן הגיעה מן 'החוץ' כדי למנוע שפיכות דמים".
אבו עאשור סיפר עוד, כי צבא האיסלאם הוקם ברצועת עזה לפני כשלוש שנים. לדבריו, "בתחילה הגיעו האפגאנים (לוחמים ערבים שלחמו באפגניסטן) כדי להפיץ את המודעות הדתית. כל האפגאנים שייכים לאל-קאעידה ואנו מכנים אותנו בשמות המחתרתיים. הקמנו את ועדות ההתנגדות העממית בגלל השחיתות בפתח... אח"כ מומתאז דורמוש הקים את צבא האיסלאם בעקבות חילוקי דעות בין ראשי הועדות".
אחד מאותם לוחמים "אפגאנים" הינו ח'טאב אל-מקדיסי, ושמו האמיתי אחמד אל-מזלום (אלמט'לום - בתעתיק ערבי) תושב שכונת אל-דרג' בעזה. הוא למד הלכה איסלאמית בפקיסטן, שהה באפגניסטן, נכח בארבעים הרצאות של אוסאמה בן-לאדן, לאחר מכן חזר לרצועת עזה להמשיך את הג'יהאד נגד ישראל. נטל חלק בפיגוע במעבר קרני בינואר 2005 (פיגוע משותף של חמאס, ועדות ההתנגדות ופלג של גדודי חללי אל-אקצה) ובחטיפת החייל הישראלי גלעד שליט ביוני 2006 (פיגוע משותף של חמאס, ועדות ההתנגדות וצבא האיסלאם). כמו כן, היה חלק מהקבוצה שהוציאה להורג את מוסא ערפאת מפקד מנגנון המודיעין הצבאי ברצועת עזה (ספטמבר 2005). כיום משמש אל-מקדיסי דובר צבא האיסלאם ואחד מבכירי הארגון.
על קשרי החמאס עם צבא האיסלאם ניתן ללמוד מההסכם בין שני הארגונים שהוביל לשחרור העיתונאי הבריטי החטוף אלן ג'ונסטון. בתמורה להסכמת צבא האיסלאם לשחרר את ג'ונסטון העבירה תנועת החמאס לצבא האיסלאם (כך על-פי גורמים המקורבים לצבא האיסלאם המצוטטים ב אל-קודס אל-ערבי, 5 ביולי 2007) 5 מיליון דולר ויותר ממיליון כדורי קלצ'ניקוב, צבא האיסלאם קיבל הכרה מהחמאס כארגון ג'יהאד לגיטימי וסוכם כי שני הארגונים לא יחשפו פעולות משותפות שביצעו בעבר.
את התוקף למדיניות זו של החמאס ביטא היטב מוסא אבו מרזוק, סגנו של מנהיג החמאס ח'אלד משעל, בשיחה עם כתב "אל-חיאת" בעקבות פגישתו עם נשיא אירן מחמוד אחמדינג'אד בדמשק (19 ביולי 2007). אבו מרזוק ציין, כי "כאשר חמאס נכנסה לשלטון הרשות הפכה כולה לרשות לוחמת במובן הזה שהלוחמים (מוקאווימון) אינם נתונים עוד למעצר או לחיסול, חמאס הפכה את ההתנגדות (המאבק המזוין) ללגיטימי". ובמילים אחרות, אבו מרזוק מאשר, כי רצועת עזה הפכה לחממה לטרור האיסלאמי הגלובלי. צבא האיסלאם, שלוחת אל-קאעידה ברצועת עזה, נהנה אפוא מחופש פעולה תחת שלטון החמאס.
