בפסק דין שניתן ביום 11.12.06 קבע נשיא בית המשפט המחוזי בנצרת, השופט אהרון אמינוף, כי ראש המועצה האזורית גליל תחתון, מוטי דותן, עבר על פקודת הרשויות המקומיות בכך שהעסיק במשך שנה וארבעה חודשים את שבתאי זכריה כסגן בשכר, למרות שלפי התקנות אין להעסיק סגן בשכר במועצות קטנות שמספר תושביהן פחות מ-10,0000.
השופט הדגיש שהעסקת הסגן בשכר מהווה "הפרה בוטה של כללי המינהל התקין", וקבע כי דותן והמועצה התעלמו ביודעין מהכללים. "הדבר אף חמור שבעתיים כאשר המועצה התעלמה במשך שנה וארבעה חודשים ולא מילאה אחר דרישתו המפורשת של מר אברהם אמונה מנהל תחום תנאי שירות במשרד הפנים לבטל את השכר, והתנאים הנלווים שאושרו לסגן מאז בחירתו לכהונת סגן ראש מועצה", כתב השופט אמינוף וחייב את דותן ואת כל המעורבים בהעסקה הלא-חוקית - הסגן שבתאי זכריה, המועצה האזורית, הגזבר והמנכ"ל ומשרד הפנים - לשלם 5000 שקל הוצאות משפט לכל אחד מחברי המועצה, שעתרו בנושא לבית המשפט (עופר גרוץ, בינו מועלם, שמואל ברח"ד ועציון אושרי).
השופט הטיל על משרד הפנים לפעול כדי שכל הכספים ששולמו לסגן שלא כדין יוחזרו לקופת המועצה. בנוסף ציווה על משרד הפנים להעביר לעותרים את מלוא המידע הנוגע לתשלומים הללו.
עד היום, משרד הפנים לא גבה את הכספים ששולמו שלא כדין לסגן, ולמרות סדרה של מכתבים שנשלחו אליו על-ידי העותרים, לא מסר את המידע על הכספים ששולמו שלא כדין. בא כוחם של העותרים טוען כי בהתנהלותו זו, מבזה משרד הפנים את צו השופט אמינוף.
בית המשפט הורה לבטל את המכרזים קודם לפרשת העסקת הסגן בשכר, חשפו חברי המועצה עופר גרוץ, שמואל ברח"ד ובועז מועלם חשדות לעבירות שבוצעו על-ידי ראש המועצה האזורית, מוטי דותן. גם בפרשה זו הם עתרו לבית המשפט, ולמרות ששני המכרזים בוטלו לפני העתירה, החליט סגן נשיא בית המשפט בנצרת, נסים ממן (בתאריך 26.1.06) לצוות על ביטול המכרזים מחשש שאם לא יעשה כן, ימצאו דותן ואנשי המועצה האזורית גליל תחתון דרך להכשירם מחדש. "חוששני שאם לא תינתן גושפנקא של בית המשפט לאי-חוקיות המכרזים תימצא דרך 'להכשירם' על-ידי התעלמות נוספת מהחוק ומהמלצות היועץ המשפטי" - כתב השופט ממן.
משרד הפנים עודד עבריינות מנהלית חברי המועצה שעתרו לבית המשפט בשני המקרים מדגישים, כי הם עתרו לבית המשפט לאחר שפניותיהם החוזרות ונשנות לשר הפנים היוצא, רוני בר-און, בדבר עבירות מנהליות המתבצעות על-ידי ראש המועצה דותן, לא נענו. בין העבירות עליהן התלוננו חברי המועצה לפני השר היוצא, בר-און: התעלמות מדוחות ביקורת של משרד הפנים, שינויי סעיפים בספרי תקציב המועצה ללא קבלת אישור מליאת המועצה, ביצוע תשלומים חורגים של מאות אלפי שקלים (במקרה אחד קיבל היועץ המשפטי של המועצה 900,000 שקל, עבור טיפול בתיק אחד), שימוש במענק שר הפנים במלחמת לבנון השנייה לכיסוי גרעון המועצה ולא למטרה שלשמה ניתן, הקמת מבנה משרדים למועצה הדתית בניגוד להנחיות ולנהלים, התנהלות בלתי נאותה בחלוקת תרומות, גביית היטל ניקוז לא חוקי ועוד.
לטענת חברי המועצה, התנהלות משרד הפנים, שעד היום לא מימש את צו בית המשפט בעניין סגנו של דותן, מלבד הביזוי שיש בו כלפי בית המשפט, מהווה עידוד לביצוע עבירות מנהליות.
"הסוגיה נמצאת בהליכי טיפול מתקדמים מול מר זכריה [סגנו של דותן א.פ] ונערכו הפעולות הנדרשות לבחינת הסוגיה על היבטיה השונים. להבהיר, מדובר בסוגיה מורכבת המחייבת בדיקה מקיפה וזהירה בטרם תתקבלנה החלטות מכריעות. אי-לכך, הקביעה כי משרד הפנים מבזה את החלטת בית המשפט אינה תואמת את המציאות ומכפישה את המשרד לחינם. המשרד פועל על-פי החלטת בית המשפט אשר אמר את דברו ובמקביל העביר הטיפול המעשי למשרד הפנים".
