תרופות ממשפחת 5-ASA כדוגמת פנטאסה, רפאסאל, אסאקול, נמצאו כמעלות באופן מועט את הסיכון היחסי ללידה מוקדמת וללידת עובר קטן במשקלו, אך אינן מעלות סיכון למומים מולדים, ועל כן מותרות בשימוש בהריון.
סטרואידים (פרדניזון, בודזון, הידרוקורטיזון) מעלים במעט את הסיכון לחיך שסוע בתינוק, אם נלקחו בשליש ראשון להריון. עם זאת, מחלת מעי פעילה הינה מסוכנת עוד יותר לעובר ולהריון, ולכן סטרואידים נחשבים מותרים בהריון למחלה פעילה שמצריכה אותם.
לגבי פורינים (אימורן, אזופי, פורינטול) הרי שבמספר מחקרים קטן הם נמצאו כקשורים בסיכון מוגבר למומים מולדים, אך במרבית המחקרים נמצאו תוצאות הפוכות ולפיהן תרופות אלו בטוחות בהריון, ואינן מעלות את הסיכון לסיבוכי הריון או מומים מולדים. עקב כך, ומתוך מחשבה על הסיכון המשמעותי להריון בהתלקחות של המחלה, מרבית רופאי הגסטרו ממליצים להמשיך את התרופות הללו בעת ההריון.
לעומתן, מתוטרקסאט הוכחה כגורמת מומים מולדים, וכנראה גם אם נלקחה על-ידי הגבר המפרה. עקב כך, חולות המתכננות הריון, או חולים המעוניינים בהריון עם בת-זוגם, צריכים להפסיק את התרופה לפחות 3 חודשים לפני התחלת ניסיונות הכניסה להריון.
לגבי נוגדנים נגד TNF כגון רמיקייד או יומירה - המידע עדיין מוגבל לקצת מעבר ל-100 הריונות תחת התרופות ברחבי העולם. בהריונות אלו לא נצפתה עליה בשיעור של סיבוכי הריון או מומים מולדים, אך הועלה חשש לגבי השפעה אפשרית על מערכת החיסון בתינוק לאמא שקיבלה התרופה בשליש אחרון. בכל מקרה, מספרם המועט של ההריונות שדווחו תחת רמיקיד ויומירה, אינו מאפשר עדיין מסקנה ודאית לגבי בטיחותם.
לסיכום, פרט למתוטרקסט, יתר התרופות מותרות בשימוש בהריון, בפרט מאחר ומחלה פעילה מסכנת את ההריון יותר מסיכוני התרופות. עם זאת, כדאי לשקול עם הרופא המטפל בכל מקרה לגופו את היתרונות והחסרונות של המשך או הפסקת התרופה בעת ההריון, מכיוון שלעתים החלטה נכונה עבור חולה אחת אינה נכונה בעבור חולה אחרת.