קו ישיר מחבר בין תנועת "האחים המוסלמים" לארגון "אל-קאעידה". סגנו של בן-לאדן, איימן זוואהירי, ועוד רבים מפעילי הארגון, החלו את דרכם בשורות ארגון "האחים המוסלמים". שני הארגונים חולקים את אותו חזון- מהפכה איסלאמית שתוביל להקמת ח'ליפות עולמית.
לאחר מתקפת הטרור של ה-11 בספטמבר, הקפידו "האחים המוסלמים" כלפי חוץ, להבדיל עצמם מארגון "אל-קאעידה" ואף גינו בהקשר לכך כל פגיעה בחפים מפשע. ואולם, מסתבר כי יחסם של "האחים המוסלמים" לפיגועי ה-11 בספטמבר ולשאר פיגועי הטרור של "אל-קאעידה" באירופה, אינו חד-משמעי וקיים קשר בין התנועות.
בראיון לאתר האינטרנט "איסלאם אל-יום" ב-14 בנובמבר 2007, נשאל מנהיג "האחים המוסלמים", מהדי עאכף, שאלה ישירה בנושא: "מדוע האחים המוסלמים אינם מפנים קריאה למנהיג ארגון 'אל-קאעידה', אוסאמה בן-לאדן, על-מנת שיחדל מלבצע פעולות אלימות המעוותות את דימוי האיסלאם?". תשובתו של עאכף הייתה מפתיעה. "לא. איננו מפנים קריאות לאיש, משום שאנו מאמינים שבן-לאדן וארגון 'אל-קאעידה' כולו, מתחילתו ועד סופו, הוא מעשה ידי ארצות הברית. אין דבר כזה ארגון 'אל-קאעידה'. לאמריקנים יש מטרות אותן הם מיישמים באמתלה שיש איומים של ארגון אל-קאעידה ובן-לאדן, וכל אלה הן טענות שקריות. לכן, לא אפנה דברי לשווא".
התייחסות נוספת מעניינת של עאכף לאל-קאעידה ולפיגועי ה- 11 בספטמבר תועדה ב-12 ביולי 2007. באיגרת שבועית לאחים המוסלמים, טען עאכף כי הממשל האמריקני "הזדרז להאשים את אל-קאעידה בעמידה מאחורי מתקפת ספטמבר 2001 ללא חקירה וללא הוכחה וללא משפט עד עתה! תמוהה העובדה שמנהיגי אל-קאעידה מזדרזים לסייע לבוש בהצהרות אשר לא נפסקות".
מנהיג האחים המוסלמים, שהכחיש את קיומה של שואת יהודי אירופה, מכחיש עתה גם את האחריות של מוסלמים קיצונים לפיגועים בניו-יורק ובוושינגטון, וזאת שש שנים לאחר פיגועי הטרור של אל-קאעידה ולאחר שפורסמו הודאות המחבלים המתאבדים, הודעות נטילת האחריות רשמית ומסקנות הוועדה האמריקנית לחקר הפיגועים. עובדות אלה אינן משכנעות את עאכף, הטוען כי ארגון אל-קאעידה אינו אלא מזימה אמריקנית שנועדה לקדם את היעדים האימפריאליסטיים האמריקניים בחסות הפיגועים בארצות הברית ובאירופה.
מופרך כמובן לחלוטין, אם כי לא חסר היגיון, הגיונה של תנועת האחים המוסלמים, החותרת מחד, למצוא חן בעיני המערב על-מנת לנצלו להרחבת המהפכה האיסלאמית, ומאידך, לנהל מערכת ג'יהאד נגד המערב הנתפס כ"אויב הראשון במעלה". הגינוי של האחים המוסלמים לפיגועי הטרור של אל-קאעידה נאמר רק כמס שפתיים.
המרצע יצא מן השק. מנהיג האחים המוסלמים מגנה את ראשי אל-קאעידה על טעותם בנטילת אחריות רשמית לפיגועים ובכך שסייעו לממשל האמריקני למצוא את האשמים. לא עצם פיגועי הטרור, בהם נרצחו כשלושת אלפי אמריקנים, מטרידים את עאכף, אלא "הטעות" של אל-קאעידה שהודיעה על אחריותה לפיגועים.
