המשנה האידיאולוגית של הארגונים "האחים המוסלמים" (חמאס הינו חלק אינטגראלי מהתנועה) ושל אל-קאעידה זהה במקורותיה האיסלאמיים וביעדיה האסטרטגיים. שני הארגונים חותרים במוצהר לשחרר את העולם הערבי והאיסלאמי מכל נוכחות זרה, להקים שלטון הלכה איסלאמי, לאחד את כל המדינות האיסלאמיות תחת ח'ליפות (מעין ארצות הברית מוסלמית) לקראת שלב היציאה לג'יהאד נגד המערב על-מנת להביא להשלטת האיסלאם בעולם כולו.
מטעמים של טקטיקה מדינית, ניסו האחים המוסלמים ליצור בידול, ולו למראית עין, בינם לבין אל-קאעידה כדי להצטייר בפני המערב כאופציה איסלאמית "מתונה". בראיון לאתר האינטרנט "אילאף" (22.5.2008), מסיר מנהיג הארגון, מוחמד מהדי עאכף, את המסכות באשר ליחסה של התנועה כלפי אל-קאעידה. משנשאל עאכף אם הוא רואה באוסאמה בין לאדן טרוריסט או לוחם ג'יהאד איסלאמי, השיב בזו הלשון: "ללא ספק לוחם ג'יהאד, ואין אני מטיל ספק בכנות מאבקו בכיבוש כחלק מההתקרבות לאללה... כן, אני תומך בפעילותו נגד הכובש, אך לא נגד העמים (הערבים)".
הנה כי כן, יצא המרצע מן השק. האחים המוסלמים תומכים בלב שלם בטרור של אל-קאעידה ובג'יהאד שהוא מנהל נגד המערב. חוט השני המחבר ביניהם שזור בזהות האידיאולוגית ובתמימות הדעים באשר לדרכי המאבק, הכוללים רצח המוני ללא אבחנה של אזרחים, שליחת מחבלים מתאבדים, ובכללם ילדים ונשים, רציחת שבויים ע"י כריתת ראשם ועוד. בנוסף, האחים המוסלמים מוכנים ליטול חלק פעיל במלחמת הג'יהאד נגד המערב. באותו ראיון, הבהיר עאכף כי "אם יתירו לנו (השלטונות המצרים), נשלח לוחמים להיאבק בכיבוש בעירק ובפלשתין".
עאכף שב וחשף את אסטרטגית האחים המוסלמים, החותרת לנצל את הדמוקרטיה על-מנת לתפוס את השלטון, לכונן שלטון איסלאמי ולבטל את הדמוקרטיה. הוא הדגיש, כי היעד הסופי הינו הקמת מדינת הלכה איסלאמית והוסיף פרשנות משלו ל"דמוקרטיה": "השורא (מועצת השלטון על-פי איסלאם) היא הדמוקרטיה במהותה והיא הדרגה הגבוהה ביותר של הדמוקרטיה". כאשר האחים המוסלמים וחמאס מדברים על דמוקרטיה, חשוב לזכור כי משמעות הדמוקרטיה הנהגית מגרונם שונה בתכלית מזו של הדמוקרטיה המערבית וכל תכליתה היא חיסול הדמוקרטיה המערבית והשלטת שלטון הלכה איסלאמי.
לסיכום, האחים המוסלמים מהווים את האתגר החמור ביותר עמו מתמודד המערב. אין מדובר בתנועה המייצגת את האיסלאם המתון, אלא בתנועה קיצונית, שתפיסת עולמה אינה שונה מזו של ארגון אל-קאעידה, ואשר תומכת ומעודדת את הטרור האיסלאמי. על סמך הודאות מנהיגיו של הארגון, ומידע רב אחר שהצטבר אצל גורמי המודיעין, הגיעה העת להכניס את התנועה ושלוחותיה בעולם לרשימת ארגוני הטרור.