סיבה גלויה אחת לניתוק יחסים זה היא הטענה שאירן מפיצה את האיסלאם השיעי במרוקו באמצעות השגרירות האירנית ברבאט, בירת מרוקו. סיבה גלויה אחרת היא, הכרזת אחד ממנהיגי המהפכה האירנית, נאטק נורי, בדבר היותו של האי בחריין, הסמוך לחוף הסעודי, "האזור הארבעה-עשר של אירן". הכרזה זו העבירה רעד בגבם של ערבים רבים, שכן היא הזכירה להם הכרזה דומה מפי סדאם חוסיין. זה טען במשך שנים רבות כי כווית היא האזור התשעה-עשר של עירק, עד שאמר ועשה: בשנת 1990 התחוללה פלישה עירקית לכווית, אשר הביאה בשנת 1991 למלחמה עקובה מדם, שבה סייעו מדינות ערביות (מצרים, סעודיה וסוריה) לארה"ב ולקואליציה הבינלאומית להילחם במדינה ערבית (עירק) כדי לסלקה מכווית. היום, הכרזה אירנית דומה על בחריין מעוררת בערבים זיכרונות לא-נעימים מהתקופה ההיא, אך חוץ מכמה ביקורי תמיכה שערכו מובארק ומנהיגים ערבים נוספים בבחריין, כלל לא ברור אם ארה"ב תיחלץ להציל את בחריין במקרה שאירן תכבוש אותה, ואם מדינות ערב יעשו משהו בעניין.
לעומת כל האחרים, מלך מרוקו התייחס אל ההכרזה האירנית ברצינות, וניצל את ההזדמנות של ניתוק היחסים הדיפלומטיים עם אירן, כדי לסגור את השגרירות האירנית ברבאט ובכך לשים קץ לפעילות הפצת האיסלאם השיעי הנעשית מתוך השגרירות. במסגרת הפעילות להפצה השיעה במרוקו, מימנה השגרירות האירנית עיתון, שהוציא לאור מרוקני שיעי בשם אידריס האני. בהודעה המרוקנית שפורסמה בעקבות סגירת השגרירות נטען כי "אנשיה [של אירן] מתערבים בעניינים הפנימיים של מרוקו ופועלים בניגוד לכללי ההתנהגות הדיפלומטית".
הרגישות המרוקנית לפעילות השיעית נובעת מהאמונה שבית המלוכה המרוקני הוא המשך ישיר של שושלת מוחמד, מייסד האיסלאם, בעוד השיעה טוענת גם היא שהיא מתייחסת על משפחת הנביא. כך ניצב בית המלוכה המרוקני בעימות ישיר עם השיעה בשאלה מיהו הצאצא האמיתי של מוחמד. זאת ועוד, כדי להשיג לגיטימציה היסטורית-איסלאמית לשלטונם, מכנים מלכי מרוקו את עצמם "אמיר המאמינים", בדיוק אותו תואר שאותו נשאו החליפים לדורותיהם, אולם הפעילות השיעית מקעקעת את הלגיטימיות הזו של בית המלוכה המרוקני.
מעניין שבסכסוך המרוקני-אירני יש גם נקודה יהודית: בשנות השמונים נרצח בבלגיה יהודי יוצא מרוקו, ומרוקו חושדת שהרצח בוצע על-ידי ארגון מוסלמי קיצוני של גולים מרוקנים שפעלו בהשראת אירן, ואולי אף במימונה ובעידודה.
היחסים בין מרוקו ואירן החלו להידרדר עוד בתחילת דרכה של המהפכה האיסלאמית של ח'ומייני, שכן מרוקו נתנה מקלט לתקופה מסוימת לשאה של אירן, לאחר שברח מארצו.
בינתיים מרחיבה ממשלת מרוקו את פעילותה נגד אירן, והשבוע הכריזה על טיהור הספריות הציבוריות בכל רחבי מרוקו מספרות העוסקת בשיעה, באירן ובחיזבאללה בלבנון, וזאת כדי שאנשים לא יקראו עליהם ולא יחשבו לנטות אחריהם. עניין זה הוא המשך להאשמותיה של ממשלת מרוקו כלפי עבדאללה אלסריתי, נציג ערוץ התקשורת "אלמנאר" השייך לחיזבאללה, בדבר פעילות נגד הממשל המרוקני, כנראה בשל דיווחים שלו אשר לא החמיאו לשלטונות המקומיים. כתב זה עצור בידי שלטונות מרוקו מזה כשנה.
סיבה גלויה נוספת לניתוק היחסים בין מרוקו לאירן היא הסיוע שהגישה שגרירות אירן ברבאט לשתי תנועות איסלאמיות קיצוניות, מעין אל-קאעדה של מרוקו, הנחשדות על-ידי השלטון באחריות לסדרת פיגועי תופת שבוצעו בשנים האחרונות ברחובות קזבלנקה.
אולם, להחלטה המרוקנית לנתק את היחסים עם אירן יש גם סיבה שכמעט אין מדברים עליה: תמיכתה של אירן בחזית הפוליסריו, ארגון גרילה הפועל נגד מרוקו בשטח הסהרה המערבית למען השגת עצמאות לאזור זה, שבעבר שלטה בו ספרד. מרוקו חושדת שאירן מחמשת את הארגון, מאמנת את לוחמיו ומממנת את פעולותיו, כפי שהיא תומכת בחיזבאללה בלבנון ובחמאס בעזה. החשדות המרוקניים מתבססים על מסמכים שנתפסו בסהרה המערבית ועל עדויותיהם של כמה מלוחמי הפוליסריו שנפלו בידי שלטונות מרוקו, בדבר המעורבות האירנית באזור מדברי זה, העשיר במחצבים.