פרטי הפרשה חדשים, התופעה עצמה אינה חדשה. מדי כמה שנים נוצר מתח גלוי בין מצרים לאירן, כאשר בדרך כלל מצרים היא המאשימה את המשטר האירני ושלוחיו בהפעלת טרור ומעשי חתרנות בשטחה ובמדינות ערביות אחרות, ובאיום על היציבות באזור. הרקע ליחסים המשובשים בין מצרים לאירן הוא אופיו ומהותו של המשטר הפונדמנטליסטי בטהרן, שיזם בשעתו את הקרע עם מצרים: מיד לאחר המהפכה ביטל המשטר החדש את יחסי הקרבה ששררו בין משטר השאה למצרים. אירן אף ניתקה את היחסים הדיפלומטים עם מצרים, וזאת בתגובה לחתימת הסכם השלום בינה לבין ישראל ולאירוחו של השאה הגולה בקהיר לאחר שעזב את אירן. בשלושים השנים שעברו מאז נעשו ניסיונות רבים לחדש ולשפר את היחסים בין שתי המדינות, בדרך כלל ביוזמת אירן, אך מצרים סירבה עד היום לחדש את היחסים הדיפלומטיים עם המשטר האירני, כל עוד זה לא יפסיק את מעורבותו בענייניהן הפנימיים של מדינות ערביות.
מאז ואילך, נוצרו כמה מוקדי מתח ועימות בין מצרים לאירן:
- לשתי המדינות יש מעגל אינטרסים רחב, והן חותרות לבנות את עצמן כמדינות מובילות ומשפיעות במזרח התיכון ומעבר לו. חתירה זו להגמוניה יוצרת מטבעה חיכוכים, מחלוקות ועוינות בין שני המשטרים.
- מצרים מאמינה שהמשטר האירני מבקש לייצא את המהפכה האיסלאמית למדינות מוסלמיות, כולל אליה, ולשם כך הוא מפעיל בהן אמצעים חתרניים. מצרים האשימה בשעתו בגלוי את אירן בסיוע לגל הטרור האיסלאמי שעבר על מצרים בשנות ה-90.
- המצרים הודאגו בייחוד מהחדירה האירנית לסודאן, אשר בעקבות ההפיכה הצבאית שאירעה בה ב-1989, שילבה בהנהגתה אנשי דת מוסלמים. שיתוף הפעולה הרחב שהתפתח בין אירן לסודאן בשנות ה-90 הפך אותה לבסיס אירני משמעותי בחצרה האחורית של מצרים. שיתוף פעולה זה אומנם הצטמצם מסוף שנות ה-90, בעקבות לחץ אמריקני ומצרי על סודאן, ואולם המצב הפנימי הרופף בה עדיין הותיר כר נרחב לפעילותם של גורמים אירנים וגורמי טרור.
- מצרים ואירן נחלקו לגבי מרכיבים מרכזיים של מדיניותן האזורית: מצרים תמכה בעירק במהלך מלחמתה באירן בשנות ה-80, ואילו אירן מתנגדת לקרבתה של מצרים לארצות-הברית וליחסי השלום שלה עם ישראל.
בעשור האחרון החמיר האיום האירני בתפיסתו של המשטר המצרי, מסיבה כפולה. מצד אחד, חתירתה של אירן לנשק גרעיני נתפסת כאיום חמור בעיני המצרים. בראייה המצרית, נשק גרעיני בידי אירן יחזק את מעמדה כמעצמה אזורית מובילה וכעמוד התווך של המחנה הרדיקאלי, יעודד אותה למדיניות אגרסיבית, יגביר את הלחץ על מדינות ערביות להתיישר לפי הקו האירני, יוביל את מצרים לצומת החלטה בעייתית בסוגיית הגרעין ויפגע במעמדה האזורי. בו בזמן, התחזקות הציר השיעי-רדיקאלי בשנים האחרונות, עקב עליית משקלם של השיעים בעירק ובלבנון, החדירה האירנית לזירה הפלשתינית, וחיזוק השפעתה האזורית של אירן על-רקע חולשתה של ארצות-הברית מדאיגה אף היא את מצרים. המקרה של קטר - מדינה מתונה בדרך כלל, שגם קשרה קשרים עם ישראל - שבחרה לאחרונה לחבור לאירן ולמחנה הרדיקאלי, מטרידה אף היא את מצרים, כתקדים למה שעלול לקרות אצל מדינות המפרץ עקב הלחץ האירני. אין פלא ששר ההגנה המצרי הגדיר, עוד ב-1992, את האיום האירני כחמור יותר מהאיום הישראלי. מאז, האיום האירני החמיר עוד יותר בעיני מצרים.
לכך מתקשר יחסה של מצרים להתחזקותם של חיזבאללה וחמאס בשנים האחרונות. מצרים רואה בשני הארגונים האיסלאמיים הללו מאחזים אירנים בחופי הים התיכון. חיזבאללה נתפס בעיני המצרים כאיום מכמה סיבות: היותו ארגון חזית אירני לכל דבר ועושה דברה של טהרן; יכולותיו הצבאיות, גישתו המיליטנטית ושלוחותיו הפעילות במדינות שונות; הסיכון שהוא יוצר למערכת הלבנונית; והפופולריות של נצראללה ברחוב הערבי, הנתפסת כאנטי-תזה לגישה הערבית המתונה. החמאס מציב בפני מצרים סיכונים נוספים, בחלקם חמורים יותר: יש לו זיקה ל"אחים המוסלמים"; הוא יוצר מאחז הנתון להשפעה אירנית על גבול מצרים, ובאזור שבו קיים חלל ביטחוני; הוא מקשה מאד על קידום תהליך השלום הישראלי-פלשתיני, והעימותים האלימים בינו לבין ישראל עלולים לעודד תסיסה במצרים מתוך אהדה לפלשתינים. מסיבות אלה, המשטר המצרי תקף את שני הארגונים במהלך העימותים בינם לבין ישראל - במלחמת לבנון השנייה ובמבצע "עופרת יצוקה" - והאשים אותם באחריות להידרדרות. בין השיטין ניתן היה להבין, שלמצרים היה עניין בכך שישראל תנחית מכה על הארגונים ותחליש אותם.
חשיפת ההתארגנות של חיזבאללה במצרים, וכן פרשת הברחות הנשק דרך סודאן וסיני לרצועת עזה, המחישו למשטר המצרי את הסיכונים הטמונים לביטחונו במשולש אירן - חיזבאללה - חמאס. ההתארגנות פוגעת בריבונות המצרית ובכבודו של המשטר המצרי, ומאיימת לפגוע בשלטון המרכזי וליצור חללים בשליטתו. כבר כיום קיים חלל כזה בסיני, בקרבה מסוכנת לרצועת עזה, ובעבר היו חללים כאלה במצרים עילית ובשכונות העוני של קהיר, שהיוו חממה לארגוני טרור איסלאמיים קיצוניים. המשטר המצרי חושש כנראה, כי התארגנות מסוג זו שנחשפה תעורר ותפעיל תאי טרור במצרים, כאשר גורמים הקשורים באירן פעילים מצפון ומדרום לה - ברצועת עזה ובסודאן. למצרים היה נוח לתקוף את אירן ושלוחותיה בעיתוי הנוכחי, כאשר המתח בין אירן למדינות המפרץ גבר לאחרונה, בעקבות התבטאותו של בכיר אירני שבחריין היא מחוז אירני, ולאחר שמרוקו ניתקה את יחסיה הדיפלומטים עם אירן.
מבחינתה של ישראל, יש בעמדה המצרית חשיבות כפולה. לישראל חשוב שמצרים תנקוט צעדים משמעותיים נגד גורמי טרור, המבקשים לפגוע בראש וראשונה בישראל - הן בתחומי מצרים והן מרצועת עזה. לישראל גם חשוב שגורם ערבי מרכזי יצא בגלוי - לא לראשונה - נגד המשולש הרדיקאלי אירן, חיזבאללה והחמאס והציג אותו כיריב למחנה הערבי המתון וכאיום עליו. יחד עם זאת, למרות האינטרס המשותף לישראל ולמצרים לבלום את המשולש הרדיקאלי, קשה לצפות לשיתוף פעולה גלוי ביניהן נגדו. מותר להניח שמצרים תהיה מוכנה להיעזר בפעילותה נגדו בסיוע מודיעיני מישראל, שאינו ניכר לעין, אך תעדיף לפעול לבדה, או במסגרת בין-ערבית, וזאת עקב רגישותה לשיתוף פעולה עם ישראל שיעורר עליה ביקורת פנימית ובין-ערבית.