ממשלת רבין הנהיגה את ה"נהלים המיוחדים", במטרה להעניק לישראלים ביש"ע יחס נוקשה במיוחד באמצעות הקמת מפקדה משותפת לפרקליטות, לצבא, למשטרה ולשב"כ. ה"מאסטרו" המנהל ומתאם את הפעולות הללו הוא האדם העומד בראש המחלקה לתפקידים מיוחדים בפרקליטות. ראש המחלקה הראשון הייתה טליה ששון, שיאנית עולם בשנאת מתנחלים, שהוחלפה ע"י שי ניצן, שאינו מפגר אחריה בניהול משטר של אפליה, דיכוי ורדיפה נגד מתנחלים.
כך נרגמים יום יום יהודים בכבישים כמעט ללא תגובה, בעוד שבמקרים הפוכים המערכת משתוללת. נשק מוחרם מיהודים ללא הרף, השב"כ מעורב ללא פרופורציה, אין סגירת תיקים נגד יהודים ללא בדיקה מחמירה, לעומת פתיחתם הנעשית בסיטונות. שימוש נרחב נעשה בצווי הרחקה והגבלה. הפעילות הזאת הפכה לעיקר משימתו של מחוז ש"י.
ההגדרה "ישראלים ביש"ע" היא הטעיה. את נחת זרועו של החוק מרגישים רק המתנחלים ולא האנרכיסטים המבעירים את השטח; כלפיהם אין שום נהלים. הן האלימות השיטתית שבגינה נהרג שוטר מג"ב ונפצעו מעל 80, והן ההסתה הקיצונית, דוגמת זו של אחד ממנהיגיהם, יונתן פולק, שאמר:
"אנחנו לא לטובת האויב, אנחנו האויב" (הארץ, 14.8.08), מדגימות זאת.
ניצב שחר איילון הורה לשוטריו להסיר את תגי הזיהוי לפני ההרס האלים של חוות גלעד ולהבטיח, לקול צחוקם, את "מעיכת התיקים" במח"ש. בפוגרום בעמונה הוכו מכות רצח מאות בני נוער וחלקם אף הוטרדו מינית. אף קלגס לא נענש ביוזמת המערכת! שוטרים הרשו לעצמם לבצע מארבים נגד מתנחלים תוך ביום של פרובוקציות מתואמות עם ערבים בשומרון. בנות הופשטו במשטרת בנימין כדי "לחפש סמים".
בכל המקרים האלה ועשרות דומיהם, שי ניצן, רודף החוק והצדק, לא עשה מאומה. מעבר לכך מנוהלת פעילות הטרדה משפטית קטנה, קטנונית ויומיומית נגד הימין, כאשר כל זיכוי של מתנחל הוא 'תאונה' המובילה לשרשרת ערעורים. בנוסף נעשו ניסיונות שערורייתיים להשפיע על שופטים כמו במקרה של זאב בראודה מחברון, כשנציג הפרקליטות ניגש בתום הדיון אל השופטת אביב ואמר לה כי "לא ייתכן שבתיק בעל הדים כה גדולים בתקשורת, כולל התקשורת הבינלאומית, תינתן החלטה מבלי שתישקל שוב". השופטת נחמה נצר כתבה כששיחררה לפני כשבועיים עצורי שווא ב'צעדה לגוש קטיף':
"השימוש בכוח השררה והמעצר של רשויות האכיפה הוא לכל הפחות סתימת פיות, ומלמדת על הגעתם של ימים חשוכים למדינת ישראל". כשמתנהלת חבלה שיטתית ביבולים חקלאיים יהודיים ביו"ש - מערכת "אכיפת החוק" של שי ניצן מפהקת באדישות, לעומת אינספור הגבלות, מעצרי שווא וחקירות שב"כ (!) שהופעלו נגד מתנחלים במסגרת עלילת הדם בדבר חבלה רבתי בעצי הזית הערביים.
בכתבה ב'מקור ראשון' ("מרתפי הפרקליטות נפתחים", 27.3.09) נחשף טפח משערוריית האפליה בתחום הגשת אישומי הסתה. לאחר מאבק השיגה הסנגוריה הציבורית דוח סטטיסטי של אישומי ההסתה, והתוצאה היא 32:13 לטובת השמאל בשנים 7\2006. כתוצאה מהתנגדות נמרצת של הפרקליטות, פטר אותה בית המשפט מלספק את הנתון הקריטי – כמה תיקים נפתחו מיוזמת הפרקליטות ולא מתלונות הציבור. ברור בעליל שיוזמות הפרקליטות נגד הסתה מהשמאל שאפו לאפס. בית המשפט העליון אמור להכריע אם יאלץ ניצן למסור נתונים לגבי שנים נוספות. מיותר לציין כי הוא לא נלהב למסור אותם.
'המרכז המדיני לישראל' השיג לאחר מאבק את ההנחיות שניתנו לשוטרים לקראת הפעולה נגד המפגינים הכתומים. התברר כי שי ניצן, שעמד בראש הפעילות כלפי המחאה נגד הגירוש, הגדיר אותה כ"מכת מדינה", תוית שלא במהרה מוצמדת לעבירות פליליות חמורות, וזאת במגמה להחמיר באכיפה ובענישה.
ב'הארץ', 12.6.05, פורסם כי היועץ מזוז הינחה כי המדינה תפטור שוטרים מאחריות בפעילותם כלפי המפגינים נגד ההינתקות ותיקח אותה על עצמה. זהו כנראה ההסבר לאובדן הרסן. לא מזמן ביקשה הפרקליטות בבית משפט את השלמת מתן החסינות הזאת ע"י חסימת תביעות אזרחיות נגד שוטרים עבריינים. המערכת דורשת לא פחות מפטור מכפיפות לחוק כשמדובר בימין.
על כך הסתמכה המשטרה בתקופת הגירוש כשהורתה בחוברת שחילקה לאנשיה כי דרישת אזרח משוטר להזדהות היא "ניסיון לפגוע בשוטר", כך כשעצרו בנות שרק תלו שלטים, או כשעיכבו אוטובוס תמים והשוטר הסתמך על הנחיה לעצור כל אוטובוס המסיע חובשי כיפות.
מפקד משטרה שהוריד את המתח עם המתנחלים בגיזרתו והביא להפחתת הפרות הסדר, קיבל הערה מהפרקליטות על מיעוט התיקים שנפתחו. זו אחת הדוגמאות לכך כי "המחלקה לתפקידים מיוחדים" הפכה למנגנון טרור משפטי נגד הימין. ניצן לא המציא את השיטה, אך הוא השתלב בה באופן מושלם. חשיפת מעללי הפרקליטות גרמה לו להתראיין ('מקור ראשון' 8.4.09), להיתמם ולייחס בציניות את האג'נדה הפוליטית שלו לקוראי הימין.
ניצן ושותפיו אשמים לא פחות מהדרג הפוליטי בתוצאה העגומה - קרע בעם, פגיעה בדמוקרטיה, אי אמון נרחב ומרחיק לכת במערכת החוק ושנאת המדינה, עד לסף מרד, שאליו הגיעו חלקים מן הציבור הנאמן, המתנדב והמסור ביותר.
