בצעירותו התוודע למחלוקת על הרב קוק. אחרי שנים רבות, כשקיבל את תואר יקיר ירושלים סיפר בראיון לאחד העיתונים, כיצד החלה אצלו השנאה לקנאות: "פעם ישבנו ולמדנו בביתו של הרב חרל"פ. פתאום בא ילד ונתן מכתב לרב. הרב פתח המעטפה, עיין בה ולפתע סמרו שערותיו ממש כמו חוטי ברזל. הוא נזדעזע והתמלא חיל ורעדה. לפתע אמר כי 'אני מוכרח ללכת אל הרב ולעמוד על ידו'. הרב חרל"פ יצא מהחדר בחופזה אך השאיר את המכתב. ראיתי אותו. היה זה חרם שהטילו הקנאים על הרב קוק ועל הרב חרל"פ. לעולם לא אשכח את השנאה לקנאות שהייתה בי אותה שעה".
במכתב מלא חיבה והערכה כתב הרב מוריה לרב צבי יהודה קוק("הרה"צ גאון וקדוש, לב מלא אהבה ויראת ה' אהבת ישראל רבינו ר' צבי יהודה הכהן קוק שליט"א", כך כתב) כי הייתה לו הזכות לברך את הרב קוק בעת הכתרתו בחורבת יהודה החסיד בשם עדת החסידים ובשם ישיבת עולם.
עם דבקותו בתורה הגואלת של הרב קוק החלו גם הבוז וההקנטות מצד הקנאים. היו מכנים אותו "הרב הציוני", "הרבי המשורר", "הרבי האצלני"ק" ו-"האדמו"ר במחתרת". העניין הוא שהיה בכינויים האלה משהו מן האמת. הוא היה, כמו שאומר בנו חיים מוריה (שחי היום בבני ברק והראה לי את כתביו ושיריו המופלאים של אביו האדמו"ר) "מאה אחוז חרדי ומאה אחוז ציוני". את האצ"ל הוא אהב אהבת נפש. בניו ובנותיו היו לוחמים באצ"ל וגם הבריטים ידעו לסמן את "הרב הציוני" כממריד, מסית ומדיח.
כל יום ראשון, במהלך תקופת המנדט, היה מתחיל בחקירת מצ"ח בריטית על הנאום שהיה הרב מוריה דורש בשבת. הבריטים טענו כי האדמו"ר החסידי ממריד את הציבור היהודי בארץ וקורא לסילוק הבריטים מאדמת ארץ ישראל. אין ספק שהרב היה אשם בדבר.
שניים מתשעת ילדיו, שלמה ומשה, היו לוחמי אצ"ל מפורסמים. שלמה "בילה" כמה שנים טובות באריתריאה ומשה הכיר מקרוב את מחנות המעצר בלטרון ובעכו. אבל הבריטים לא יכלו לשקוט כל עוד הבת רבקה הולכת לה חופשייה. רבקה הייתה לוחמת אצ"ל שהבריטים מעולם לא הצליחו לתפוס. העובדה הזאת הטריפה אותם ופגעה בכבוד הבריטי והם היו מרבים לעשות חיפושים בביתו של האדמו"ר. חיים מספר כי הדו-שיח בין הקצין הבריטי לאדמו"ר היה מתנהל בצורה הזאת: הקצין היה מתפרץ לחדרו של הרב וצועק "איפה מתחבאת רבקה, הרב ברנדווין?" והרב היה עונה בחזרה "אני יודע איפה היא נמצאת, אבל אני לא אגיד לך". וכך מדי פעם הבריטים היו מתפרצים לביתו של האדמו"ר מתוסכלים מאי-יעילותם לתפוס את רבקה החמקנית. התסכול גרם ליתר אלימות. פעם אחת הנחית קצין בריטי סתירה מצלצלת לחיים הקטן בגלל שאמר כי הוא אינו יודע איפה רבקה.
הימים הם ימי "הסזון" ורבקה הבת נלחמה על חייה. היא ישנה בשדות וביערות ואפילו נישואיה (לרב יצחק רבלסקי ראש ישיבת קישינב) נערכו במחתרת. כשהיא הייתה בהריון הבריטים דרשו לקבל תמונה של רבקה כדי שיוכלו לעבור בין בתי החולים ולמצוא את הנמלטת. הרב מוריה תמה "מה אתם לא יודעים שמגיע לי מזל טוב? רבקה שלי כבר ילדה את נכדי למזל טוב". ומיד שם בידו של הקצין תמונה שעל גבה כתוב "רבקה" רק שזו הייתה התמונה של הדודה הזקנה כפי שהיא נראתה בצעירותה, הוא איחל לבריטים חיפוש נעים.
גם אשתו של הרב לא יכלה לעמוד מנגד, וגם היא השתתפה במאמץ המחתרתי. "מרד השופרות" הנודע בוצע בהצלחה בזכות ההברחה של השופר על-ידי הרבנית פריידה מוריה. הבריטים היו עושים חיפוש מדוקדק על הגברים, אבל את הנשים הם לא הקפידו כל כך לבדוק. פריידה עטפה את השופר בטלית והחזיקה אותו צמוד אליה. במחסום הבריטי האחרון היא נשאלה מה היא אוחזת בחיקה והיא ענתה "זו רק טלית לבני". השופר הועבר לפעיל האצ"ל שמואל לונדון, ובסוף תפילת נעילה נשמעה תקיעת שופר ברחבת הכותל. הבריטים לא ידעו את נפשם מרוב כעס ואילו הרב מוריה ושאר משפחתו הלוחמת החלו את מצוות בניית הסוכה בשמחה עצומה.