מס הרכישה, החל על רוכש זכות במקרקעין, עבר מספר גלגולים בטרם הגיע לנוסחו הנוכחי. בעבר לא חל מס אלא אגרה בלבד בגין העברת מקרקעין בספרי האחוזה. עם חקיקת חוק מיסוי מקרקעין בשנת 1963 הוטלה "תוספת מס" ששולמה כאשר נמכרה זכות במקרקעין ונרשמה בפנקסי המקרקעין וגם במקרים בהם לא נרשמה אם וכל שהיעדר הרישום נבע מטעם התלוי בצדדים.
רק בשנת 1974, עם כניסתו של תיקון 5 לחוק מיסוי מקרקעין, הובהר כי החובה לשלם "תוספת מס" תקום בכל מקרה של עסקאות במקרקעין - בין אם נרשמו הזכויות ובין אם לאו (בדומה למס הרכישה כיום).
מקרה מעניין התעורר לאחרונה בפני ועדת הערר שליד ביה"מ המחוזי בת"א (וע' 1369/06 הרמן לפיד), במסגרתו נדונה סיטואציה בה נרכשו זכויות ע"י העוררת עוד בשנת 1962 (לפני תחילת החוק). הזכויות נרכשו מהמדינה ולא נרשמו ע"ש העוררת במשך שנים ארוכות - בתחילה עקב אילוצים תכנוניים, ומאוחר יותר מחוסר מודעות. רק בשנת 2004, שנים ארוכות לאחר שהעוררת כבר מכרה את זכויותיה, התעוררה הסוגיה כאשר הרוכשים ביקשו לרשום את הקרקע על שמם ולצורך קבלת אישורים לרישום נדרשה העוררת להמציא אישור ששילמה בשעתו מס רכישה. רשויות מיסוי מקרקעין התוודעו לעסקה, וכך - בשנת 2005 דרשו רשויות מיסוי מקרקעין מהעוררת תשלום מס רכישה בגין מקרקעין שנרכשו על ידה בשנת 1962. העוררת חלקה על הן על עצם החבות במס והן לגבי השווי שנקבע.
בכל הנוגע לחבות העקרונית במס, תיקון 5 האמור, קבע שהמס יחול גם ביחס למכירות שבוצעו קודם לתחילת תוקפו (18.10.74) אם וככל שהזכויות טרם נרשמו בפנקסי המקרקעין. בית המשפט דחה את טענת העוררת שלא קם מועד החיוב במס מאחר שמכרה את הזכויות עוד בטרם רישום כלשהו ובהיעדר הצהרה, וקבע כי עצם העובדה שהעוררת לא הצהירה אין בה כדי לזכות אותה באפשרות שלא לשלם את המס.
בכל הנוגע לשווי- קבע אותו מנהל מיסוי מקרקעין בהתאם למועד ההצהרה, דהיינו לפי השווי בשנת 2005 ולא בשנת 1962 אך בנטרול שווי מה שנבנה בינתיים על הקרקע אלא כקרקע פנויה עם זכויות בניה. השווי לשנת 2005 עמד על כ - 2.5 מיליון דולר לעומת שווי נמוך עשרות מונים בשנת 1962. בית המשפט קבע כי עקרונית נהג המנהל כדין. זאת, כיוון שבעת ההחלה הרטרואקטיבית קבע תיקון 5 שאם נמסרה הצהרה על רכישת זכות לאחר יותר משנתיים ממועד כניסתו לתוקף (כלומר החל מ - 18.10.76 ואילך) יחול המס לפי שיעור המס ושווי הזכות ביום מסירת ההצהרה (ולא ביום הרכישה). הוראות תיקון 5 "מענישות" איפוא את מי שהצהיר מאוחר מדי על זכויותיו.
עם זאת, קיבל בית המשפט את הטענה שאין להתחשב בזכויות בניה שנוספו למקרקעין לאחר הרכישה. כך לדוגמא אם ביום העסקה היה הייעוד חקלאי וביום ההצהרה בניה של מגדלי מגורים הטלת המס על השווי לפי הזכויות במועד ההצהרה תוביל למצב לא סביר בעליל. לאור האמור לעיל קבע בית המשפט כי יש להתחשב בזכויות שהיו ב - 1962 והפחית את השווי שקבע המנהל ל - 1.5 מיליון דולר. בית המשפט מכיר בכך שקביעתו יוצרת "אנדרוגינוס כלכלי" מאחר שהשווי נלקח למועד ההצהרה ואילו זכויות הבניה למועד הרכישה, ואולם לדעתו זוהי הפרשנות הראויה, ואינה חריגה בהכרח בדיני מיסוי מקרקעין. אנו סבורים שהנמקת הועדה היתה בהחלט נכונה, מה גם שבעבר ניתנה פסיקה ברוח זו ע"י ביה"מ העליון בעניין גרינהולץ (ע"א 357/87).
