הגורם הרביעי להרס מקורות המים הוא המלחתם על-ידי המוביל הארצי.
הכינרת היא גוף מים הצף מעל שכבת מים מלוחים. חלק ממילוי הכינרת במים נעשה בזרימה תת-קרקעית, הסוחפת איתה מים מלוחים. חלק מהם נלכד במוביל המלוח ומנוקז לירדן התחתון. כמות המלחים (מלחים ולא רק כלור) המועברת למרבית מקורות מי התהום במדינה היא כ-150 אלף טון בשנה. לטענת פרופ' משה גופן, שעסק שנים רבות במצב המים בכינרת, המספר הנכון הוא 180 אלף טון.
יש אפשרות להיפטר מכמות זו בדרכים שעלותן עומדת על שישית מן ההוצאה הנהוגה כיום, ושניתן להפיק מהן יתרונות רבים נוספים. אלא שראש המועצה האזורית תמר קבע כי זהו רעיון הזוי, ואילו יועצים של ראש רשות המים דוחים אותו, אולי משום שאינו שלהם. ההפסד הצפוי למדינה מאי-מימוש דרכים אלה לפתרון בעיית המליחות של המוביל הארצי עומד על מיליארד דולר בשנה ומעלה.
בכל הקשור לזיהום מי התהום, ערימות הפסולת מתחרות בקולחים.
על-פי הערכה, ערימות אלה פולטות כ-5 ק"ג ניטראטים לכל טונה של פסולת, וכיום מצויות אצלנו כ-6 מיליון טונות של פסולת עירונית. אבל מלבד ניטראטים, יש בפסולת מגוון גדול של חומרים מזיקים, כמו תרופות, הורמונים, ממיסים אורגניים, רעלים, מתכות כבדות וחומרים מסרטנים. מחקר שנערך בטכניון מלמד כיצד יש לאטום את קרקעית אתר ההרחקה ולאסוף את התשטיף – מי נגר השוטפים את המזהמים – שעובר דרך ערימת הפסולת. בר-סמכא ממשרד התשתיות טוען כי המשרד אכן ביצע את הנדרש, אלא שהתשטיף לא נאסף ולא הורחק, אלא פשוט חלחל למי התהום.
החברה החיפאית "חץ אקולוגיה", פיתחה טכנולוגיה למיִִחזור ארבעה סוגי חומרים המצויים בפסולת ולהתססה אנארובית שלה, לשם קבלת ביו-גז שכ-70 אחוז ממנו הוא גז מתאן, אשר בעזרתו ניתן להפיק כ-10 אחוז מצריכת החשמל במשק ואולי גם להפעיל תאי דלק.
לשם כך הוקם בחירייה מפעל הדגמה לטיפול ב-100 אלף טון פסולת לשנה. במחצית 2008 הופעל מפעל דומה בסידני לטיפול ב-200 אלף טון לשנה. אולם בגלל המחיר הבלתי הריאלי של פינוי אשפה בארץ, חברת "חץ אקולוגיה" התייאשה מן הסיכוי להגשים כאן את השיטה וכך להפחית גם כרבע מכלל גזי החממה.
לאלה יש להוסיף זיהום עקב פליטות תעשייתיות. בעניין זה המשרד לאיכות הסביבה מגדיל למעשה את התפשטות הזיהום, שכן אנשיו מבקשים לחפור את החלק המזוהם, למלא את המקום בעפר מיובא ולהעביר את הזיהום יחד עם הקרקע המזוהמת שנחפרה למקום אחר.
יתר על כן, המשרד להגנת הסביבה צייר מפה ובה קבע באופן תמוה שטחים שבהם מותר לזהם. פעולה כזו מתאימה אולי לארגון התעשיינים, אך בוודאי לא למי שמופקד על הגנת הסביבה.
נציבות המים מצידה הייתה עד כה מרוצה מהשתתפותה במחקרים שמסקנתם היחידה היא כי יש לערוך מחקרים נוספים. בנוסף על כל אלה גם, לזיהום על-ידי כימיקלים לחקלאות ולפליטות דלק יש חלק בזיהום מקורות המים.
אמנת ברצלונה אוסרת על הרחקת פסולת לים התיכון – איסור שאין בו היגיון רב. נפח המים בים התיכון הוא גדול פי מאות מאלה שבאקוויפרים הסובבים אותו, וזאת בנוסף לעובדה שמימיו מתערבבים בהדרגה עם מי האוקיאנוס האטלנטי. זאת ועוד, כל טיפת זיהום הנשפכת ביבשה ממילא תגיע לים במוקדם או במאוחר, וכך, האיסור על הרחקת פסולת לים התיכון אינו מקטין בממוצע את הזיהום בים, והמיהול של המזהמים בו עומד על 1 ל-2,000. אבל לעומת זאת, אנו נאלצים להכניס את הקולחים למי השתייה שלנו בריכוז העומד על 1 ל-4 בקירוב. לרוע מזלנו, למשרד להגנת הסביבה יש הרבה פקחים חרוצים הממונים על מניעת העברתם של המזהמים לים אך אין אפילו פקח אחד למניעת הזיהום של מי השתייה.
לסיכום, למי התהום כמה יתרונות שאין להם תחליף: הם אינם עולים כסף, נפחם מכסה חלק ניכר מאוד מן האספקה הנדרשת, ובנוסף על כך, הם משמשים מחסן אגירה חד-פעמי ענק, המאפשר להתגבר על תקופות של מחסור. אך אנו משמידים בהדרגה את מקורות המים הטבעיים הללו. חיסלנו כבר כ-20 אחוז ממקורות מי התהום, כלומר קרוב ל-300 מיליון מ"ק לשנה – בערך פי שניים מנפח ההתפלה של מי ים עד כה. אין ספק שזהו הישג יחיד במינו למשק המים הישראלי.