אף שהכינוי "מכבים" שגור כל-כך בפינו, הוא אינו מופיע לא בתלמוד, לא במדרשים וגם לא בתפילה. התפשטותו היא על-פי השם היווני לספרי החשמונאים בלבד, והשתרשותו נעוצה בהיותו כינויו של יהודה, הדומיננטי שבין בניו של מתתיהו המכבי.
ספר "יוסיפון" טבע את פירושו של "מכבי" כנוטריקון: ראשי-תיבות של הפסוק "מי כמוך באלים ה'", המופיע ב"שירת הים" (שמות ט"ו, י"א). אחרי ככלות הכל הפך הפסוק הזה לסיסמתם של המכבים במלחמתם ביוונים.
אלא שמרבית החוקרים סבורים שאין לדרשה זו על מה לסמוך. לטענתם, שורשו של השם הוא "כבה": יהודה המכבה והמשמיד את אויביו. השערה זו הופרכה על-ידי החוקר אברהם כהנא בפירושו לספר המקבים. השערה אחרת, של אהרון קמינקא, קובעת ששמו של יהודה היה, בעצם, "מכבני", כשמו של אחד מגיבורי דוד ("דברי הימים א', י"ב-י"ג). מסתבר שאת השם הזה נתן מתתיהו לאחד מבניו, על-רקע ההתעוררות הלאומית. זו החלה נותנת את אותותיה בשכבות הנאמנות של העם עוד עשרות שנים לפני פרוץ המרד. לפי כל הסימנים טעו היוונים בתרגום השם הזה ובפירושו, ויצא להם "מכבי" בלי נון.
החוקר אברהם כהנא, שתרגם את ספר החשמונאים בשם "ספר המקבים", סבור שאומנם היה זה כינויו האמיתי של יהודה "המקבי" - מן המילה "מקבת", שאינה אלא פטיש גדול. מסתבר שהתואר הזה, המכה בפטיש על ראש האויב, מתאים מאוד ליהודה. אסמכתא מעניינת לפירושו הוא מוצא בכך ששמו של גיבור הפרנקים היה שארל מארטל, הוא קרלוס הפטיש, על שהציל את אירופה מן המוסלמים בשנת 732.
הפרשן הרטום נוטה, אומנם, להשערתו של כהנא, אבל לדעתו ניתן ליהודה השם "מקבי" בשעת היוולדו. לפי סברה זו מורה השם על צורת ראשו של הילד, שהייתה דומה לצורת קרדום, שראשו משוך לפניו ולא לאחריו, על יסוד הוראות השם "מקבן" בלשון חז"ל (בכורות ז', משנה א').