ש"י עגנון מוכר לרוב הציבור דובר העברית בישראל מתוכנית הלימודים הרשמית של משרד החינוך המחייבת תלמידים, לעתים בהנחיית מורים מוכשרים יותר או פחות, לקרוא סיפורים שנכתבו במשלב לשוני שאינו טבעי לגמרי לקוראי העברית המודרנית. דומה כי למרות הבחירה של עגנון שלא להתאים את סגנון לשונו לנהוג בקרב בני דורו, ולמרות הציטוטים הישירים והעקיפים הרבים בכתביו מהספרות היהודית לדורותיה, המקשים על הבנה מלאה של יצירתו בקריאה ראשונה, ההתעניינות המחקרית ביצירתו - כמו זו של הציבור הרחב - אינה דועכת גם למעלה ממאה שנים לאחר שפרסם את סיפוריו הראשונים בעברית.
הקושי להבין את מלוא המשמעויות של הסיפור העגנוני בא לידי ביטוי גם בכל הקשור למשמעויות המיסטיות שיש לרבות מיצירותיו. מעטים מקוראיו של עגנון מודעים לרבדים המיסטיים המשולבים בהן, רבדים הנובעים מהתעניינותו הרבה של עגנון בספרות הקבלית ובספרות המיסטית היהודית שקדמה לה, מהלך רוחו ומהמורשת המיתית שנחל בילדותו.
בכדי להבין כמה חשוב הרובד היהודי-מיסטי לניתוח יצירותיו של עגנון מצד אחד, ואת הרצון הלא מודע לעתים להתעלם ממנו מהצד השני, אביא סיפור מעניין על דיאלוג שהתקיים בגרמניה, מעט אחרי מלחמת העולם הראשונה, בין ש"י עגנון ובין מי שעתיד להיות ידידו הקרוב במשך למעלה מיובל שנים וכן גדול חוקרי הקבלה בדורו, גרשם שלום.
עגנון פרסם באותה תקופה סיפור שהשאיר רושם רב מאוד על שלום, 'אגדת הסופר' שמו. הסיפור מתאר מערכת יחסים עדינה ומורכבת בין רפאל, סופר סת"ם הכותב ספרי תורה למען נשים עקרות כדי שיזכו לפרי בטן ולעילוי נשמתם של מתים מישראל, ובין אשתו מרים, שהיא עצמה עקרה ובמהלך הסיפור אף נפטרת בדמי ימיה. קודם פטירתה מבקשת מרים מרפאל, בדחילו וברחימו, שיכתוב ספר תורה שאולי יזכה אותה בבנים. במהלך כתיבת ספר התורה על-ידי רפאל נפטרת, כאמור, מרים, ורפאל ממשיך בגפו את כתיבת ספר התורה. עם סיום כתיבת הספר רוקד רפאל עם ספר התורה שכתב וחווה חוויה מיסטית שבה מעורבים זה בזה עד לבלי הכר אשתו וספר התורה שכתב. בסיומו של אותו ריקוד, מתוך מראה של אש הממלא את חלל החדר, נופל רפאל הסופר על הארץ ומעיל ספר התורה שעשוי היה משמלת חופתה של אשתו מכסה את פניו. במילים אלו מסיים עגנון את הסיפור:
- "הקדוש ברוך הוא פשט טליתו של אורה והעולם עומד בתפילת לחש של ערבית. העששית דעכה והפתילה שקעה בתוך השמן. פתאום קפצה לשון של אש והאירה את החדר. ואורה גלמה את פניו של רפאל הסופר שצנח עם ספרו. ושמלת חופתה של אשתו פרושה עליו ועל ספרו." ['אגדת הסופר', מתוך 'אלו ואלו', הוצאת שוקן, עמ' 145]
גרשם שלום קרא נפעם את הסיפור ושאל את עגנון האם רפאל הסופר מת בסיומו של אותו סיפור או שמא היה זה רק חזיון. הנה הדברים מובאים בלשונו של שלום:
- "הייתי במינכן וראיתי את עגנון אז הרבה מאוד. דיברנו על הסיפור ['אגדת הסופר', צ.ו.] שקראתי בקובץ של לחובר, ושאלתי את עגנון מה פשר הסיום. אמר לי עגנון: אתה לא הבינות? אתה לא הבינות את הסוף? לי לא היה ברור אם הסוף הוא, שהגיבור נפטר מתוך אקסטזה, או שהוא מתנסה במראה מיסטי. שאלתי: האם הוא נפטר? או זה רק וויזיון, חיזיון? ואז אמר לי עגנון: ודאי שהוא לא נפטר. אתה לא הבינות. אתה לא הבינות את הרמז. אני מתפלא על בחור שכמוך שלא הבין מה כתוב שם. שאלתי: מה כתוב שם? והוא השיב שרפאל רואה קרי. מתוך הנישואין המיסטיים וזיהוי התורה עם אשתו הוא רואה קרי, וזה רמוז במשפט האחרון של הסיפור - רמז לצנועים." [גרשם שלום, 'רציפות ומרד: גרשם שלום באומר ובשיח', בעריכת אברהם שפירא, הוצאת עם עובד, עמ' 82]
גרשם שלום, הרגיש כי לפניו סיפור מיסטי על רפאל הסופר שחווה חוויה אקסטטית במהלך הריקוד עם ספר התורה. אולם הוא לא העלה על דעתו את המשמעות המלאה של אותה חוויה שעגנון התייחס עליה, שעניינה איחוד מיסטי בעל אופי מיני עם ספר התורה-אשתו של רפאל הסופר, שניהם דימויים סימבוליים לשכינה. הדיאלוג שבין גרשם שלום ובין עגנון עשוי איפוא ללמד אותנו על המשמעויות המיסטיות מרחיקות הלכת הבאות לידי ביטוי בסיפוריו של עגנון, ועל קשייו של הקורא בן זמננו, גם אם הוא חוקר קבלה, להכיר בקיומם של מוטיבים אלו על מלוא משמעותם ונועזותם ביצירה שנחשבת להיות מודרנית.
