המקודש ביותר מבין כלי המשכן ולאחר מכן בית המקדש, היה ארון הברית. בתוך הארון היו שברי לוחות הברית הראשונים והלוחות השלמים השניים, ומעליו הונחו הכרובים. הארון ניצב בקודש הקודשים, אליו נכנס רק הכהן הגדול ביום הכיפורים, עליו שרתה השכינה וממנו דיבר הקדוש ברוך הוא אל משה.
למעשה, לא היה זה ארון אחד אלא שלושה. מהפסוק "וצפית אותו זהב טהור, מבית ומחוץ תצפנו" למדו חז"ל: "שלוש [כך] ארונות עשה בצלאל - אמצעי של עץ, תשעה [טפחים גובהו]; פנימי של זהב, שמונה [טפחים גובהו]; חיצון, עשרה ומשהו [טפחים גובהו]" (מסכת יומא, דף ע"ב, עמוד ב'). כלומר: הציפוי לא נעשה בצמוד לארון העץ, אלא בצורה של ארון זהב מחוצה לו וארון זהב בתוכו.
זוהי צורת עשייה מיוחדת במינה. שאר הכלים המצופים שבמשכן ובמקדש - המזבחות והשולחן - היו עשויים עץ שעליו הוצמד ציפוי המתכת. לא היה להם ציפוי פנימי, והציפוי החיצוני לא היה נפרד מהם אלא חלק מהם. ודאי שאין זה הבדל מקרי.
באותו מקום במסכת יומא, למדו חז"ל מוסר לדורות ממבנה ייחודי זה של ארון הברית, המסמל את התורה לנוכח לוחות הברית שהיו נתונים בו. רבא אומר: "כל תלמיד חכם שאין תוכו כְּבָרוֹ, אינו תלמיד חכם. אמר אביי, ואיתימא [ויש הגורסים שאמר זאת] רבה בר עולא: [אדם כזה] נקרא 'נתעב', שנאמר: 'אף כי נתעב ונאלח איש שותה כמים עוולה' (איוב ט"ו)".
כמו שארון הברית הוא זהב מבפנים ומבחוץ, כך תלמיד חכם חייב להיות זהה בחיצוניותו ובפנימיותו; אם אתם רואים ידען גדול בתורה שהוא צבוע, אין הוא ראוי להיקרא "תלמיד חכם". כי תלמיד חכם אינו רק תואר של ידע, אלא גם של הליכות והתנהגות. ואת דברי אביי מסביר רש"י: תלמיד חכם צבוע אומנם שותה תורה כמו מים, אבל הוא עושה עוולות - ולכן הוא קרוי "נתעב".
המהרש"א מרחיב רעיון זה. לדבריו, העץ שבארון הברית רומז על האדם, כפי שנאמר: "כי האדם עץ השדה". ואילו הזהב שמבפנים ומבחוץ רומז לתורה, והוא בא לומר שהאדם חייב להיות עטוף בתורה מכל צדדיו. "דהיינו שהתורה הנמשלת לזהב תהא ניכרת בו יפה, תוכו כברו".
על נקודה שנייה עמד ר' יוסף בכור-שור, מחכמי צרפת בימי הביניים, ואת דבריו מביא החזקוני. לכאורה, יש כאן שאלה הנשאלת מאליה: אם הארון הוא הכלי המקודש ביותר, מדוע אינו עשוי כולו זהב? מדוע המנורה, העומדת בקודש, נעשתה זהב טהור - ואילו הארון שבקודש הקדשים חלקו זהב וחלקו עץ? והתשובה: "ראוי היה הארון להיות כולו של זהב, אלא שלא יהא כבד לנושאו, ודינו להינשא בכתף".
כל חלקי המשכן - הקרשים, הבדים, היריעות - נישאו במדבר בעגלות. ואולם, כלי הקודש נישאו על כתפיהם של בני קהת מפאת חשיבותם. אילו היה הארון עשוי כולו זהב - שהיא מתכת כבדה במיוחד - היה משקלו כבד מנשוא, פשוטו כמשמעו. הרי שהקדוש ברוך הוא ויתר כביכול על משהו מכבודו, על-מנת להקל על בני האדם. והרי זה לקח חשוב לבני האדם, העומדים לעיתים על קוצו של יו"ד בכבודם ותוך כדי כך פוגעים בחבריהם.
נקודה זו ניתנת להדגשה נוספת. חז"ל אומרים, שארון הברית "נשא את נושאיו" (מסכת סוטה, דף ל"ה, עמוד א'). כלומר: בני קהת אומנם הטעינו את הארון על כתפיהם, אך בפועל לא הרגישו משקל כלשהו. תחושתם הייתה כאילו הארון הוא שנושא אותם, ולא להפך. אך אם כך, מדוע היה צורך להקל במשקלו של הארון ולא לעשות את כולו זהב? אם משקלו ממילא אינו מהווה גורם, למה לא לעשותו בצורה המכובדת ביותר?
על כך עונה החזקוני באומרו, ש"ארון נושא את נושאיו" היה רק בעת שבני ישראל הלכו במדבר. ברגע בו התיישבו בארץ ולא היה צריך לשאת את הארון בנדודים, פסק הנס. לכך יש ראיות שהחזקוני אינו מציין, שכן בפעמים רבות בהמשך קורות עם ישראל מסופר שהארון הובל בעגלה - והרי שלא נשא את נושאיו, אלא היה צורך למצוא דרך נוחה יחסית לטלטלו.
תשובה אחרת לשאלה זו היא, שאין סומכים על הנס. זהו כלל יסוד ביהדות. חובתו של האדם לצאת למלאכתו, לדאוג לבריאותו, לאכול ולשתות, לישון ולרחוץ - בקיצור: לפעול בדרך הטבע. אסור לו לומר: הקדוש ברוך הוא ישמור עלי. אם בדרך הטבע היוצא החוצה ביום קר בלבוש דק צפוי להצטנן, כך יקרה לו; לא יתרחש נס שימנע זאת. כך בכל תחומי החיים, וכך גם בנוגע לארון הברית. ה' כמובן ידע שהארון עתיד לשאת את נושאיו, אך הוא הורה לעשותו בצורה בה ניתן יהיה לשאתו גם בדרך הטבע.
תשובה שלישית מביאה אותנו לעיקרון יסוד נוסף, הפעם - בנוגע לתפקידם של המשכן והמקדש. ניתן לטעון, ששני אלו נועדו לבני האדם בלבד. הרי כבודו של הקדוש ברוך הוא מלא עולם, וכפי שאמר שלמה בעת חנוכת המקדש: השמים ושמי השמים אינם מספיקים להכילו, קל וחומר - בניין שבנו בני אדם. לפי תפיסה זו, שהיא ודאי נכונה לחלוטין, המשכן והמקדש נועדו לסמל לבני האדם את היות השכינה שורה בתוך ישראל. אלו הם מקומות סמליים, המהווים מוקד לפולחן היהודי.
לצד גישה זו, נראה שיש לומר שלמשכן ולמקדש אכן יש מהות מבחינת השכינה, גם אם בשכל האנושי המוגבל שלנו איננו יכולים להבין זאת. אם המקדש וכל אשר בו מיועדים רק לבני האדם, אין שום צורך בארון הזהב הפנימי שבתוך ארון הברית. הרי איש אינו רואה אותו לעולם. אלא שהקדוש ברוך הוא יודע שארון הזהב הפנימי נמצא שם, ומבחינתו יש לכך משמעות וחשיבות. כלומר: יש משהו נשגב ביותר בארון הברית, משהו הקשור לאלוקות הרחוק מתפיסתנו. ארון הזהב הפנימי אומר לנו: נכון, המשכן והמקדש מיועדים בעיקר לבני האדם - אך יש להם גם חשיבות כלפי מעלה.