הטיפול האנטי נגיפי הקיים היום, מביא לדיכוי בשכפול של הנגיף, אך איננו מביא להיעלמות מוחלטת שלו, וזאת עקב יכולתו של הנגיף לעבור אינטגרציה לגנום של המארח ומציאותו באיברים אחרים שמחוץ לכבד (מח עצם). המטרה העיקרית והחשובה בטיפול היא להביא לדיכוי מתמשך של הנגיף בדם לרמות נמוכות ביותר עם העדפה להגיע לרמות שלא ניתן למדוד אותן ב-PCR.
עיקר החידוש בטיפול התרופתי בזיהום כרוני בנגיף ההפטיטיס B הוא, שיש היום מספר רב של אפשרויות טיפוליות אנטי-נגיפיות חדשות ויעילות ביותר, והן כוללות שש תרופות עיקריות הנחלקות לשתי קבוצות:
1. פג-אינטרפרון הניתן בזריקה תת-עורית אחת לשבוע למשך שנה. משך הטיפול קצוב ואיננו כרוך בהתפתחות של זנים עמידים. אולם, לאינטרפרון הניתן בזריקה יש תופעות לוואי מרובות;
2. תרופות הניתנות דרך הפה: למיבודין (זפיקס), אדפוביר (הפסרה), טלבווידין (סביבו), אנטקביר (ברקלוד) וטנופוביר. לכולן פעילות אנטי וירלית משמעותית. הפוטנטיות ביותר הן האנטקביר, טנופוביר והטלבווידין, ללמיבודין פעילות בינונית ולאדפוביר פעילות נמוכה. תרופות אלה מדכאות את שכפול הנגיף וניתנות לאורך שנים. אין להם תופעות לוואי קשות, הן נסבלות היטב, אך הטיפול בתרופות אלה כרוך בהתפתחות של זנים עמידים.
משרד הבריאות בארץ אישר ב-2009 את הכנסת התרופות טלבווידין (סביבו) ואנטקביר (ברקלוד) לסל התרופות, זאת בנוסף על האישור הקיים כבר עבור התרופות למיבודין (זפיקס), אדפוביר (הפסרה) והפג-אינטרפרון. הטנופוביר לא הוכנס עדיין לסל התרופות.
פגאינטרפרון, אנטקביר, טלבווידין וטנופוביר, יכולות לשמש כקו ראשון לטיפול בזיהום כרוני בנגיף ההפטיטיס B אדפוביר וזפיקס אינן משמשות יותר לטיפול כקו ראשון עקב התפתחות של זנים עמידים באחוזים גבוהים.