השקפת עולמם של אל-קאעדה ושותפיו לדרך, הג'יהאד העולמי, הייתה ונותרה אנטי-יהודית ואנטי-ישראלית במהותה, ואין היא שונה מזו של גורמי איסלאם קיצוני אחרים שקדמו להם. לתפיסתם היהודים הם חלק מקנוניה עולמית, שבה הם משתפים פעולה עם "הצלבנים" (כינויים של הנוצרים, בשפתם), ב"מזימה היהודו-נוצרית", שאליה הצטרפו במהלך השנים יריבים מקרב ה"כופרים" המוסלמים, בראשם השיעים, וכן "בוגדים" מקרב המוסלמים הסונים. כל המחנה הזה בכללו הוא אויב האיסלאם שיש להילחם בו עד חורמה.
על-פי תפיסה זו, מדינת ישראל היא ההתגלמות המדינית של המזימה, שהושתלה במכוון באזור כעצם התקועה בגרונו של העולם המוסלמי, ולכן חובה להילחם בה ולגרום לאובדנה ולסילוק היהודים מהאזור. הדרך לעשות זאת היא באמצעות פעולות טרור כואבות, ואלה יובילו, על-פי תפיסתם, להחלשת פטרוניה של המדינה היהודית ובראשם ארצות-הברית, ויוכיחו להמוני המוסלמים ולתומכיהם הפוטנציאלים, שבסופו של דבר זוהי מדינה חלשה ובת חלוף, בניגוד לדימויה כבלתי מנוצחת. הרטוריקה הארסית נגד ישראל והיהודים נותרה כמעט ללא ביטוי מעשי. רק מספר קטן של תקיפות על יהודים תוכננו, בעיקר בידי קבוצות ורשתות טרור נתמכות אל-קאעדה בארצות-הברית, באירופה ובמזרח התיכון, ורובן הגדול סוכל.
בשלהי שנת 1999 ובראשית 2000 החל להסתמן שינוי מגמה, שביטא החלטה ארגונית וגם שיפור ניכר בכשרות המבצעית של אל-קאעדה, להגביר את המאמץ נגד ישראל. אבל גם מאז לא נעשו יעדים אלה למרכזיים בעבור הארגון ושותפיו. עם זאת, ככל שחלף הזמן ומעורבותם של אל-קאעדה ושותפיו בטרור העולמי התרחבה וביטחונם העצמי גבר, הוגברו גם מאמציהם לפגוע בישראל וביעדים המזוהים איתה. שינוי הדרגתי זה נבע מהבנתם של מנהיגי אל-קאעדה, שפגיעה קשה בישראל וביעדים המזוהים איתה עשויה להעניק להם תמיכה גם ממי שמסתייג בדרך-כלל מפעולות טרור חסרות ההבחנה שהארגון מבצע נגד יעדים ערביים ומערביים, וודאי מפגיעתם ההולכת וגוברת במוסלמים.
הגברת הפעילות נגד ישראל והיהודים החלה עם ניסיונה של רשת טרור ירדנית, המזוהה עם הג'יהאד העולמי, לבצע מתקפת טרור על תיירים ישראלים ואמריקנים וצליינים בירדן ובמעברי הגבול בין ירדן לישראל, כחלק מ"פיגועי המילניום", ונמשכה בניסיונות לפגוע ביעדים של ישראל באוסטרליה בזמן האולימפיאדה בסידני (יוני 2000). באותה שנה גם נשלח לישראל פעיל בכיר באל-קאעדה, ריצ'רד קולווין ריד, בריטי בן לאב מהגר מג'מייקה, כדי לאסוף מידע על יעדים בישראל כחלק מבדיקת היתכנות לביצוע פיגועים בישראל בכלל ובתעופה הישראלית בפרט. לימים התברר שריד היה שותף לניסיון לבצע פיגוע התאבדות במטוס אמריקן איירליינס באמצעות נעלי נפץ בדצמבר 2001.
בה בעת נעשו ניסיונות לשגר פלשתינים (נביל עוכל וסעד הינדאווי) בתום אימוניהם באפגניסטן כדי להקים רשתות טרור ביהודה, בשומרון ובעזה (במחצית הראשונה של שנת 2000). כן נבחנה באל-קאעדה האפשרות לשגר טייס סעודי מתאבד כדי להפציץ את אילת. כל התוכניות הללו סוכלו או נשארו כתוכנית מגירה.
העדות המובהקת לכך שאל-קאעדה בפיקודו של בן-לאדן מבקש לפגוע בישראל במלוא העוצמה באה לידי ביטוי בפיגוע הכפול במומבסה בתיירים ישראלים שביקרו בקניה (נובמבר 2002). חוליית הטרור שנשלחה לקניה בידי מפקדת אל-קאעדה והסתייעה בתשתית מקומית, ירתה טילים לעבר מטוס נוסעים של חברת ארקיע במהלך המראתו אך החטיאה אותו. בד-בבד תקפו מתאבדים עם מכונית נפץ מלון ששהו בו תיירים ישראלים והרג 15 בני אדם ובהם שלושה ישראלים, ובהם שני ילדים, אחים. מנגנון פיגועי חו"ל של אל-קאעדה ביצע גם פיגוע באמצעות מתאבד בבית הכנסת היהודי בג'רבה שבתוניסיה (בשנת 2002), שנהרגו בו 14 בני אדם (איש מהם לא נמנה עם יהודי הקהילה), וכן את מתקפת המתאבדים בשני בתי כנסת באיסטנבול (בשנת 2003), שנהרגו בהם 27 בני אדם ובהם שישה יהודים.
בשנים האחרונות בוצעו בחו"ל כמה פיגועים נגד יעדים ישראלים, אך לא בידי אנשי אל-קאעדה אלא על-ידי שותפיו. ביולי 2004 ביצע ארגון הג'יהאד האיסלאמי האוזבקי פיגוע התאבדות נגד שגרירות ישראל בבאקו. בפיגוע נהרגו שומרים מקומיים ולא נפגעו ישראלים. הארגון שראשיו חלקו מחנות אימונים עם אנשי אל-קאעדה באפגניסטן ביצע את הפעולה כחלק מאימוץ מטרות אל-קאעדה.
בפיגוע אחר, בפברואר 2008, ירתה חוליה של אל-קאעדה במגרב האיסלאמי אל בניין שגרירות ישראל בנואקשוט (מאוריטניה). הפיגוע הסתיים בפציעתם של חמישה עובדים מקומיים ואזרחים, ללא פגיעה בישראלים. אל-קאעדה במגרב האיסלאמי, שהכריז בספטמבר 2007 על איחוד עם אל-קאעדה, קיבל אחריות פומבית לפעולה. פיגוע אחר נגד יעד המזוהה עם ישראל בוצע במומביי בידי ארגון "לשכר א-טייבה"("צבא הטהורים"), כחלק ממתקפה נרחבת על יעדים מקומיים של הודו ועל תיירים. אחד היעדים שהותקפו היה בית חב"ד, המוכר כבית של יהודים שמתארחים בו ישראלים. הפיגוע הרצחני הסתיים במותם של יותר מ-160 בני אדם, ובהם כשלושים אזרחים זרים, שישה מהם ישראלים ויהודים.
עד כה לא הוכחה מעורבות ישירה של אל-קאעדה בהתקפה, אך ידוע כי "לשכר א-טייבה" מקיים קשרים עם אל-קאעדה, וכי אנשיו העניקו בעבר סיוע לוגיסטי למבצע הפיגוע בבית הכנסת בתוניס. מלבד זה הרחיב הארגון בשנים האחרונות את פעילותו ושיפר את יעדיו בהתאם למטרות הג'יהאד העולמי. המגמה של הרחבת היעדים של ארגונים מקומיים השותפים לאל-קאעדה, שלא ראו בישראל וביהודים יעד קונקרטי לפעילותם, אך על-רקע הקשרים המתהדקים בין הארגונים וכחלק מאימוץ הדוקטרינה של הג'יהאד הגלובלי צירפו גם אותם לרשימת יריביהם, נרשמה גם בח'יגאז וגם באפריקה. לדוגמה, סעיד אל-שהרי, סגן מפקד אל-קאעדה בחיג'אז (איחוד של אל-קאעדה בסעודיה עם אל-קאעדה בתימן), קרא לתקיפת יעדים של ישראל ושל תומכיה בכל העולם, ובייחוד לחסימת גישתה של ישראל לים האדום.
גם מנהיג ארגון אל-שבאב הסומאלי הכריז ב-1 בנובמבר 2009, שארגונו הקים יחידה מיוחדת בשם "גדודי אל-אקצה", שתתמקד בפגיעה באינטרסים של ישראל באפריקה, ואף תעביר פעילים לשטחי ישראל ורצועת עזה כדי לסייע ב"הוצאת הישראלים מהמקומות הקדושים". יודגש מנגד, כי בשנים האחרונות הסתפקו בן-לאדן וסגנו איימן זוואהירי, דוברו הבולט של אל-קאעדה, בעיקר בהתקפות מילוליות חריפות הולכות וגוברות על ישראל ועל היהודים. התקפות אלו הושמעו כרגיל על-רקע היותם חלק מה"ברית הצלבנית-יהודית" נגד המוסלמים, אך הדגש הושם במדיניותה התוקפנית של ישראל כלפי הפלשתינים.
הואיל ובעיני אל-קאעדה קיומה של ישראל תלוי לחלוטין בארצות-הברית, הארגון רואה בהחלשת ארצות-הברית ובסילוקה מהמזרח התיכון מהלכים שיובילו בהכרח להיעלמותה של הישות הציונית מהעולם. זהו עוד הסבר אפשרי למקומה הנמוך יחסית של ישראל בסדר העדיפות של פעילות הטרור שהארגון מבצע. מנגד, באל-קאעדה מבינים היטב, שכל פיגוע טרור שיבצעו נגד ישראל יקנה להם רווח תעמולתי ניכר בדעת הקהל הערבית והמוסלמית, שבתמיכתה הם מעוניינים. תמיכה כזאת חשובה להם בייחוד בעקבות הביקורת הגוברת המופנית כלפיהם עקב התקיפות חסרות ההבחנה על יעדים אזרחיים, מערביים וערביים כאחד, ומספרם הגדל והולך של קורבנות מוסלמים בפעולות הללו.
