עברו הלא-נקי בלט לא פחות דווקא משכיהן כשר משפטים. אחת השערוריות, שבהן היה מעורב, היא פרשת בר-און-חברון. נטען אז כנגדו כי הטעה את ה
ממשלה ואת העומד בראשה,
בנימין נתניהו, בכל הקשור לעמדתו של נשיא בית המשפט העליון דאז,
אהרן ברק, באשר למינויו של בר-און. בסופו של דבר יצא הנגבי מן העניין בשן ועין. היה זה כאשר היועץ המשפטי לממשלה דאז,
אליקים רובינשטיין, החליט שלא להגיש נגדו כתב-אישום.
שערוריה נוספת קשורה בכהונתו כיו"ר ועדת הכלכלה של הכנסת, שעסקה בחקיקת חוקים במלחמה בתאונות הדרכים, ובו-זמנית גם כמנכ"ל בשכר של עמותת "דרך צלחה" שנלחמה בתאונות. בעוד שמצד אחד עסק הנגבי בקידום החוק, הרי שמצד שני הוא לא בחל לעמוד בראש עמותה, שהעניקה לו סכומים נכבדים על פעולותיו למענה. במקום למלא את שליחותו כנאמן-ציבור, הוא העדיף, במצב של ניגוד-עניינים, להשיג לעצמו רווח פוליטי ממעמדו הציבורי. בסופו של דבר הצליחה העמותה לגייס כ-375 אלף שקל, כשרוב הסכום מצא את דרכו לכיסיו של הנגבי, כמשכורת ובטובות-הנאה אחרות.