בישראל לא התקיים דיון אמיתי על ההשלכות המסוכנות של שיטת משאל העם, למרות שמחקרים, הן של הכנסת עצמה והן של האקדמיה, מעידים שהסכנות הן מרובות. חוק משאל העם שעבר השבוע בכנסת עלול להחליש את הפרדת הרשויות במדינה, לחזק את מגמות הפגיעה במיעוטים, ובעיקר לחזק מגמות פופוליסטיות, הן בחקיקה בישראל והן בהתנהלות של הממשלה. הדמוקרטיה בישראל היא דמוקרטיה ייצוגית צעירה, שהבסיס שלה הוא הפקעת הכוח מהעם ומסירתו לנציגים, ולכן משאל עם סותר באופן עקרוני את המשטר של מדינת ישראל. מעבר לכך, בגלל שישראל היא דמוקרטיה צעירה שאין בה חוקה, ובגלל שהיא סובלת ממגוון של בעיות קיומיות, שמהן לא סובלות מדינות אחרות, שיטה זו יכולה להפוך כאן לכלי שמחזק מגמות של עריצות, בדומה למתרחש בדרום אמריקה.
הסכנה המרכזית בשימוש במשאלי עם היא שמשאלים מסוג זה מרוקנים מתוכן את התהליך הדמוקרטי, מאחר שהם מאפשרים לרשות המבצעת לעקוף את סמכות הכנסת. במשטרים לא-דמוקרטיים כדוגמת דרום אמריקה, השימוש בשיטת משאל העם היא שכיחה מאוד, מאחר שעריצים כל הזמן עושים בה שימוש מניפולטיבי כדי לחזק את הלגיטימיות שלהם, ולהיאבק במגמות דמוקרטיות שעשויות להגביל את הפעילות שלהם. הניצול של כלי משאל העם למען מטרות אנטי-דמוקרטיות, יכול להיווצר גם בישראל, כאשר באותו האופן שהחוק בכנסת מחייב את המנהיג לעשות משאל עם על פינוי שטחים, כך גם הרשות המבצעת יכולה להחליט לעשות משאל עם בכל נושא אחר, כדי לעקוף מגבלות של הכנסת. התוצאה עלולה להיות הרסנית, כי בחסות העם המנהיגות יכולה לרסק את המנגנון הבסיסי של הדמוקרטיה הליברלית, מערכת האיזונים ובלמים בין הרשויות.
משאל עם גם מחזק את החקיקה הפופוליסטית, שגם כך בגלל ההיחלשות של המנהיגות הולכת ומשתלטת על הממשלה והכנסת. חקיקה פופוליסטית מעקרת מיסודה את תפישת המנהיגות, כאשר במקום לסמוך על הנהגה שיש לה גם את המידע ואת היכולת לקבל החלטות טובות יותר, ההכרעה בנושאים מהותיים עוברת לציבור, שלרוב אינו מתעניין וגם אינו חשוף למידע הנחוץ כדי לקבל החלטה. הרצון של העם לשלוט בגורלו הוא מובן, אבל צריך לזכור ששלטון העם רק יחריף את משבר המנהיגות שיש בישראל עכשיו. שימוש במשאלי עם יוביל לתהליך קבלת החלטות רע, שיסתמך על סיסמאות וכותרות בעיתונות, במקום על דיון מעמיק, שיכול להתקיים רק בקבוצות קטנות של אנשים. תהליך זה גם יאפשר לבעלי ההון להשתלט על מערכת החקיקה בישראל, מאחר שהשליטה שלהם על אמצעי התקשורת והמידע שעובר לאזרחים, היא גדולה יותר.
ההשפעה של פרקטיקת משאל העם תוביל גם לפגיעה בזכויות האדם של מיעוטים, שייפגעו כתוצאה מהחלטות הרוב. בדמוקרטיה הייצוגית המיעוט זוכה לייצוג ומצליח להשיג פשרות, ואילו בדמוקרטיה ישרה אין פשרות והחלטות העם הן החלטות מוחלטות, שעלולות להיות פוגעניות. דוגמה להשפעה הקיצונית של משאלי עם על זכויות מיעוטים היא מדינת אורגון בארה"ב, שהעבירה במשאל עם עשרות חוקים דרקוניים נגד הקהילה ההומוסקסואלית ונגד מהגרים לא-חוקיים. משאלי העם במדינה זאת גרמו להקצנה ביחס למיעוטים, ובכך פגעו בערך העליון של דמוקרטיה, שהוא שוויון בפני החוק.
מעבר לבעיות הגדולות והקשות האלו, הדמוקרטיה הייצוגית גם פוגעת בכלכלה, מאחר שהיא מקדמת מדיניות פופוליסטית חסרת אחריות. מדינת אורגון, למשל, נכנסה לגרעון כלכלי עצום בגלל משאלי עם פופוליסטיים, שגרמו להורדת המיסים, להגדלת הבזבוז ולשימוש לא אחראי במשאבים של המדינה. בישראל צפויה אותה התנהלות, כאשר ביוזמת בעלי ההון מצד אחד יכול להיווצר מצב דומה שבו העם ידרוש הורדת מיסים מצד אחד, אבל מצד שני תעלה דרישה להגדיל את תקציבי הרווחה כשאין תקציב בקופה.
על כן, חוק משאל העם על שטחים כבושים צריך להיבחן שוב, יותר לאור ההשפעה העקרונית שלו על הדמוקרטיה הישראלית, ופחות לאור האספקט הפוליטי-מדיני שלו.