דרעי כיהן אומנם בכנסת רק לאורך שתי כנסות – ה-13 וה-14 (יוני 1992 – מאי 1999), אך הטביע חותמו על החיים הפוליטיים הרבה לפני כן, בתפקיד יושב-ראש שס, ובעיקר מאז החל לכהן כשר הפנים (עוד בטרם היה לח"כ), בדצמבר 1988.
איך הוא פעל בתקופה זו בעניינים הלאומיים? ניתן לבדוק זאת על-פי שלוש פרשיות בימי חייו הפוליטיים, המובאות להלן, עם כל הצניעות, מתוך ספרו של כותב השורות הללו: 'ש"ס, הרוח והכוח, איך ניצחה ש"ס את הפוליטיקה הישראלית', שראה אור בהוצאת 'אלפא', 1998.
הסיפור הראשון: תחמנותו של דרעי מאחורי הקלעים, על-מנת להפיל את ממשלת האחדות הליכוד-העבודה, בראשותם של
יצחק שמיר ו
שמעון פרס (ברוטציה), כדי להעביר את ראשות הממשלה באורח בלעדי לידי שמעון פרס, שנודע אז בלהיטותו ליישם את 'האופציה הירדנית' (מסירת השטחים והתושבים הפלשתינים לניהולה של ממלכת ירדן), ולשלוח את שמיר, שנודע אז בעיקשותו בכל הנוגע לתביעות הפלשתינים, למדבר האופוזיציה.
פרס המתוסכל מעיקשותו של שמיר רקם בחשאי יחד עם חבורה של צעירי העבודה בראשות
חיים רמון ויוסי ביילין, מאחורי גבו של ראש המפלגה
יצחק רבין, מזימה להפלת ממשלת האחדות לשם הכתרתו הוא כראש הממשלה החדשה. שס הייתה הציר המרכזי במהלך שלימים כונה בפי רבין 'התרגיל המסריח'. על חיים רמון, 'החבר של דרעי', כלשונו, הוטל לגייס למזימה את דרעי, כדי שיספק את האצבעות המכריעות להפלת ממשלת האחדות ולהמלכת פרס. בתמורה הובטח לדרעי אתנן שמן. ב-7 במרס 1990 נחתם הסכם סודי בין פרס לדרעי, בו הובטחו לשס כספים ייחודיים, רשת חינוך עצמאית, שלושה שרים בממשלת פרס, זכות הכרעה בבחירת הרבנים הראשיים לישראל, החלפת נציגים במועצות הדתיות בפעילי שס ועוד.
כששמע ראש הממשלה שמיר על מזימת פרס-רמון-דרעי ושות', הוא הגיב בזעם: פרס פוטר מממשלתו. יומיים לאחר מכן כינס פרס את הכנסת להצבעת אי-אמון, על בסיס הנחת העבודה שהממשלה תופל, בתמיכת ח"כי שס, שעדיין היו חברי הקואליציה. ואכן, חמישה מששת ח"כי שס, נמנעו מתמיכה בממשלה והעדיפו להיעדר מההצבעה המכרעת ואיפשרו בכך – לראשונה בפוליטיקה הישראלית – נפילת ממשלה בהצבעת אי-אמון.
"שר הפנים
אריה דרעי, היחיד בצמרת שאינו ח"כ, הגיע בסערה אל משכן הכנסת, כדי לקטוף את פירות הנצחון. הוא התחבק והתנשק עם שמעון פרס. אחר כך רץ לחדר סיעת העבודה, שם המתין לו ח"כ רפי אדרי, שהיה בין מבשלי התרגיל. לעיני כותב הדפים הללו נפלו השניים זה על צווארו של זה והתחבקו עד דמעות. 'איפה הצלמים?', נאנחה דליה, מזכירת הסיעה. 'ימים ולילות הם עמלו להפיל את הממשלה, וכשהגיע הרגע, אין מי שינציח את אושרם המשותף'" ('ש"ס, הרוח והכוח', עמ' 115).
בסופו של דבר כשל התרגיל. הרב אלעזר מנחם שך, ראש ישיבת פוניבז', לחץ על הרב עובדיה, שלא לכונן קואליציה עם פרס, אלא ללכת לממשלה חדשה בראשות שמיר. שס חזרה לממשלה עם זנב מקופל, תוך הותרת יקירה שמעון פרס על ספסלי האופוזיציה.