אבל, גם לאחר שהודבר, סוף-סוף, הטפיל הנורא, עדיין לא הגיעה הישועה לירקון. הזרמת השפכים הרעילים אומנם הייתה זו שהצליחה להדביר אותו, אבל יחד עימה נותר הזיהום הקשה בעינו. ואם לא די בכך, גם ידע הירקון אסונות של ממש. בשלהי המאה החולפת הוא הספיק לקטול את ספורטאי המכבייה מאוסטרליה, שנפלו למימיו, לאחר קריסתו של הגשר שעליו ניצבו. לפני שנתיים טבעה במהלך שיט בו יסמין פיינגולד, בתו של טייס השלום, אייבי נתן, ואלופת-ישראל בחתירה, וחייה ניצלו אך בנס תודות לתושייתו של מצילה.
מאז האסונות הוחל בשיקום נחל הירקון מזוהמתו. במשך שנתיים נוקה הנחל, ועם סיום עבודות השיקום בו ירדו עליו גם גשמי-ברכה, שהזרימו אליו מים רבים. לשיפור איכות המים תרמה גם מערכת של "אגנים ירוקים", שהוקמה רק באחרונה.
השר לאיכות הסביבה,
גלעד ארדן, שראה כי טוב, מינה צוות שיכשיר את הקרקע לשחייה בנחל כבימים עברו. הדגימות שערכה רשות הנחל הצביעו על כך שמבחינה בריאותית לא נשקפת עוד סכנה בריאותית מהירקון וכי ניתן, בהחלט, לטבול ולשחות בו ללא חשש. בד-בבד יותר בירקון גם השיט, כמו בימיו הטובים, כאשר סירות-מוטור הובילו בו מטיילים ונופשים מצפון תל אביב עד לאתר "שבע טחנות".