התגובה הפבלובית על ביקור הח"כים בקבר יוסף כללה כצפוי את ההתחכמויות הפסידו נאורות מבית מדרשה המט לנפול של
שולמית אלוני: "כל איש מדע רציני יודע שזה לא קבר ולא יוסף ולא מקום ולא קדוש, ותפסיקו לגרור את מדינת
ישראל לכל חשכה פרימיטיבית של עובדי מתים. היהדות מעולם לא קידשה קברים". אז קודם כול צריך לומר שלחלוטין לא רלוונטי לענייננו הוויכוח בין אנשי מדע ומחקר על השאלה עד כמה נכון הזיהוי של המקום הזה כקברו של יוסף הצדיק, ואם בכלל יש הוכחה היסטורית לעצם קיומם של אישי וסיפורי התנ"ך.
אנשי מדע מפקפקים, להבדיל, גם באותנטיות של כנסיית הקבר כמקום קבורתו של ישו הנוצרי, ואין איש מדע בעולם המקבל כאמת היסטורית את סיפור עלייתו של מוחמד מהר הבית לשמיים על גבי סוסו הפלאי אל-בוראק. ואף על-פי כן איש לא מעלה את הטיעון המחקרי כרלוונטי לשאלת זכות הגישה החופשית של נוצרים ומוסלמים למקומות הקדושים להם. כולם מבינים שכשם שהמחקר המדעי אינו כפוף למסורות דתיות, כך המסורות הדתיות אינן כפופות למחקר המדעי. ואם יש איזושהי שאלה מחקרית אובייקטיבית שרלוונטית למעמדם של מקומות מקודשים, השאלה היא רק באיזו מידה אכן קיימת לגבי המקום מסורת אותנטית עתיקת יומין. מבחינה זו זיהויו של קבר יוסף מבוסס על מסורת מתועדת בת מאות שנים, שמועברת מדור לדור גם בקרב יהודים וגם בקרב ערבים המכנים את המקום יוסוף א-צדיק. וברור לגמרי שזה שם שהערבים למדו מיהודים שקדמו להם שם, ולא כינוי שהם הדביקו לאיזה קבר שייח', אחרת היו קוראים למקום נבי יוסוף (ואגב, יש להם גם נבי יוסוף בחברון, מה ששוב מעיד שקבר יוסף בשכם הוא מסורת יהודית ולא מוסלמית) אבל לא בזה העניין. העניין הוא בהרגל המכוער של היהודי הנאור לכבד כל מסורת דתית בעולם מלבד את שלו.