הרקע המצרי הג'יהאד מוזכר בקוראן מספר פעמים רב, והמוסלמים נקראים לצאת לג'יהאד למען אללה "ברכושם ובנפשותם", כלומר לוותר אפילו על היקר מכל, על-מנת לקדם את מטרות האיסלאם ולהשליטו על הכופרים "כדי שדבר אללה יהיה על העליונה, ודבר הכופרים יהיה על התחתונה".
הג'יהאד נועד להגן על האיסלאם מפני הזרים החורשים נגדו מזימות, אך הוא גם פעולה התקפית למען הפצת האיסלאם וכפייתו בחרב על כל מי שאינו מתאסלם מרצונו. מוחמד מצוטט כאומר: "קיבלתי מצווה להילחם נגד האנשים עד אשר יעידו שאין אלוה מבלעדי אללה ושמחמד הוא שליחו, יתפללו ויתנו צדקה, ואם יעשו כך יצילו ממני את דמם ורכושם". לאחר מות מחמד פרשו חלק מהשבטים מקהילת האיסלאם, והח'ליפים הראשונים ניהלו נגדם קרבות מרים כדי לכפות עליהם לשוב אל חיק האיסלאם. בהמשך פרצו צבאות הבדואים מן המדבר אל עבר ארצות הלוונט הפוריות והעשירות, כבשו אותן בסערה וכפו את האיסלאם בחרב על מיליוני אנשים.
עם חלוף השנים ואחרי התבססות האימפריה האיסלאמית בשטחים הכבושים מאינדונזיה במזרח עד מרוקו במערב, עבר הדגש מכיבוש לניהול המדינה, מכפיית האיסלאם לניהול כלכלה. המוסלמים נזקקו לשירותיהם של בני דתות אחרות - פרסים, יהודים, נוצרים - כמתרגמים וכמדענים: אסטרונומים, כלכלנים, כימאים. זוהי הסיבה שחדלו מהג'יהאד נגדם והעדיפו להשאירם.
הג'יהאד המודרני המהפכה האיסלאמית של שנת 1979 באירן השיעית ניערה גם בעולם הסוני את רעיון המאבק נגד הכפירה. ב-1980 פרסם מצרי בשם מחמד עבד אלסלאם פרג' את הספר "אלפרידה אלע'אא'בה", "המצווה הנחבאת", זו שכולם מתחמקים מביצועה, בהתכוונו למצוות הג'יהאד. בספרו הקצר אך המונומנטלי, מוכיח המחבר, בהסתמכו על המקורות האיסלאמיים, כי על כל מוסלמי מוטלת מצווה אישית לחיות במצב תמידי של ג'יהאד נגד הכופרים, אך לא רק נגדם, אלא גם נגד מוסלמים המשרתים במעשיהם ואף בדבריהם את הכופרים. שנה אחרי פרסום הספר נרצח נשיא מצרים, אנוור אלסאדאת, והתביעה ייחסה לפרג' חלק משמעותי בהסתה לרציחת הנשיא. ב-1982 הוא הועמד לדין על הסתה לרצח סאדאת, הורשע והוצא להורג.
השלטון במצרים אומנם חיסל את פרג', אך לא הצליח לחסל את רעיון הג'יהאד התמידי, הנצחי, שבו חייב המוסלמי לחיות. הג'יהאד הוא מהפכה קבועה ומתמדת נגד השקיעה לתוך השגרה, נגד הכניעה לצרכי היומיום, נגד הוויתור, ולו זמני, על המטרה. מנהיגו של ארגון הג'יהאד המצרי שקם כדי לקיים את הרעיון הזה, הוא איימן אלזוואהירי, סגנו ומחליפו של
אוסאמה בן-לאדן. הם העלו את רעיון הג'יהאד הבלתי נגמר לרמה עולמית.
השכפול הפלשתיני ארגון "הג'יהאד האיסלאמי" הפלשתיני הוקם ב-1980, שנה אחרי המהפכה באירן ושבע שנים לפני שקם ארגון חמאס, כדי לקיים את רעיונו של פרג' בפלשתין. המאבק הוא נגד ישראל, ללא קשר לגבולותיה, שכן על-פי תפיסת הארגון אין למדינת היהודים זכות קיום כלל וכלל. מטרתו הסופית של הארגון היא להקים מדינת הלכה איסלאמית על חורבותיה של ישראל, ועמה לחסל גם את כל הארגונים האחרים, ובראשם אש"ף, שחדלו להיאבק בישראל ועברו לשאת ולתת עמה.
גם עם חמאס יש ל"ג'יהאד" מחלוקת אידיאולוגית, שכן חמאס רואה את ייעודו לא רק בג'יהאד הפעיל נגד ישראל אלא בחזית רחבה של פעולות: בניית חברה איסלאמית, חינוך, רווחה, איסלום המרחב הציבורי, הקמת מוסדות שלטון עד להקמת מדינה, בעוד שהג'יהאד הפעיל נגד ישראל והמשת"פים שלה יכול - על-פי חמאס - להמתין אם יש צורך בכך. בניגוד לו, "הג'יהאד" אינו מוכן לקבל את "בניית המדינה" בעזה כסיבה להשעיית המאבק, וכאן נקודת ההתנגשות שלו עם תנועת חמאס, השוקלת את המאבק בישראל במאזני האילוצים הנובעים מהיותו תנועה שלטונית, החל מיוני 2007, עת השתלטה על הרצועה בכוח הזרוע.
גם בעניין הפוליטי חולק "הג'יהאד" על חמאס: על-פי גישתו, כיוון שהסכמי אוסלו, המהווים הכרה בישראל, נולדו בחטא נגד האיסלאם, אין לגיטימציה איסלאמית לקיומן של הרשות הפלשתינית ומוסדותיה, ולכן הוא מתנגד לכל פעילות במסגרתה, כולל ההתמודדות על מושבים במועצה המחוקקת שלה. לעומתה, מנהיגי חמאס החליטו בשנת 2005, לאחר פינוי גוש קטיף, שהגיע הזמן לקטוף את הפירות הפוליטיים של מאבקם, בצורת מושבים במועצה המחוקקת, ולכן רצו לבחירות בינואר 2006, זכו ברוב המושבים והשתלטו על המרחב הפלשתיני.
חמאס שוקל את עיתוי המאבק בישראל במאזני האינטרס המשתנה: אם בתקופה מסוימת חשוב להשיג רגיעה עם ישראל כדי לבסס את השלטון בעזה, אזי המאבק בישראל יכול להמתין קמעא. "הג'יהאד" אינו מוכן לשקול שיקולים אלה, שכן בראייתו, המאבק הוא מהותי, מוחלט, קיומי ומתמיד, וגובר על כל שאר העניינים.
הארגון נולד באוניברסיטה את ארגון "הג'יהאד האיסלאמי" הפלשתיני הקים ד"ר פתחי שקאקי ב-1980 בהשראתם של ארגון "הג'יהאד" המצרי ושל מהפכת ח'ומייני באירן. ההתחלה הייתה במצרים, באוניברסיטה של העיר זקאזיק, המהווה מוקד לפעילות איסלאמיסטית קיצונית. המייסד, ד"ר שקאקי, וידידו ולימים מחליפו - ד"ר רמדאן עבדאללה שלח - היו אז סטודנטים לרפואה. חשוב להדגיש כי הם לא היו עניים, לא בורים ולא מובטלים, ולכן לא ניתן לייחס לעוני, לבורות ולאבטלה את ייסוד הארגון ואת הדבקות ברעיון הג'יהאד. להפך: בראשות ארגוני מאבק איסלאמיים בולטת נוכחות משכילים, ובמיוחד רופאים: איימן אלזוואהירי מארגון הג'יהאד המצרי, עבד אלעזיז רנתיסי ומחמוד אלזהאר מנהיגי חמאס - כולם רופאים, משכילים, לא בורים ולא עניים.
לאחר סיום לימודיו, חזר שקאקי לעזה, והחל להקים את הארגון על-מנת ליישם את רעיון הג'יהאד. איש הדת שהעניק לארגון את החותם ההלכתי היה אז שייח' עבד אלעזיז עודה ממחנה הפליטים ג'באליה. חשוב לציין כי בתחילת שנות ה-80' חמאס עדיין לא היה קיים כתנועת מאבק. בעזה היה מערך של אגודות צדקה איסלאמיות, "אלמג'מע אלאיסלאמי", שפעלו בקרב באוכלוסיה בסגנון "האחים המוסלמים" לשם בניית חברה מוסלמית "מלמטה למעלה". אלא שבעיני "הג'יהאד" מדובר בבזבוז זמן ומשאבים, שכן על כל הכוחות להיות מיועדים ומכוונים למטרה אחת ויחידה: המאבק המתמיד והבלתי מתפשר בישראל, ואילו כל מטרה אחרת, חשובה ככל שתיראה, כמו חינוך ורווחה - אינה אלא הסטת המאמצים והמשאבים לכיוון הלא נכון.
עם פרוץ האינתיפאדה הראשונה בדצמבר 1987 הציבו פעילי הג'יהאד את עצמם בחזית האירועים. אנשי "אלמג'מע" הצטרפו אליהם אחרי כמה ימים והקימו את "תנועת ההתנגדות האיסלאמית - חמאס". עד היום רואים אנשי "הג'יהאד" בחמאס ארגון אופורטוניסטי ש"לקח טרמפ" על האינתיפאדה שיצרו אנשי הג'יהאד, והשתלט עליה.
ב-1988 גורש שקאקי ללבנון, ואז החל את הקשר שלו עם המעטפת הערבית והאיסלאמית - סוריה ואירן - באמצעות חיזבאללה שהתבסס באותן שנים בלבנון תוך מאבק בכוחות הישראלים שהיו פרוסים אז בדרום המדינה.
"הג'יהאד" העתיק את דגם פעולות ההתאבדות שפיתח חיזבאללה, ויישם אותן בעזה, ביהודה ובשומרון. פעולתו הבולטת ביותר הייתה הפיגוע הכפול בצומת השרון בינואר 1995 שבו נהרגו 21 חיילים ואזרח אחד. ד"ר שקאקי חוסל במאלטה 9 חודשים אחרי הפיגוע, והלשונות הרעות טוענות כי ישראל הייתה מאחורי החיסול. מחליפו הוא ד"ר רמדאן עבדאללה שלח, הממעיט להסתובב בעולם ומעדיף את המקלט הדמשקאי.
במהלך האינתיפאדה השנייה ביצע הארגון למעלה מ-400 פעולות טרור שהפילו יותר מ-140 חללים ישראלים וכמה מאות פצועים. המעוז העיקרי של הארגון היה בג'נין, שפעל ללא הפרעה עד מבצע "חומת מגן" באפריל 2002. הפעילים העיקריים בשומרון היו איאד חרדאן, ואיל עסאף, אסעד דכה, מחמד טלבה, ת'אבת מרדאווי ועלי אלצפורי. הפיגוע הבולט ביותר של תשתית הג'יהאד בשומרון היה זה שביצעה הנאדי ג'רדאת במסעדת מקסים בכניסה לחיפה, שבו נהרגו 21 אנשים, נשים וילדים.
לארגון הייתה גם נוכחות באזור חברון, בהנהגתם של מוחמד סידר ודיאב שוויכי ששיגרו פיגועי התאבדות בעיקר למרחב ירושלים. הפיגוע בציר המתפללים בחברון, שבו נהרג גם מח"ט יהודה אל"מ דרור וינברג (נובמבר 2002), בוצע בהשראת מחמד סידר.
מעורבות בינלאומית ארגון "הג'יהאד האיסלאמי הפלשתיני" משך את תשומת לבם של הקיצונים שבשונאי ישראל, ובראשם האירנים. הם ניצלו את העובדה שלארגון אין אג'נדה חברתית או מטרות שלטוניות, והשתמשו בו בעיקר כדי לערעור הסדר שניסה אש"ף להשליט בשטחי הרשות הפלשתינית כדי לבסס את שלטון הרשות. כיום עושה אירן אותו דבר, אבל נגד חמאס, שהפך בשנים האחרונות - מאז שהשתלט על עזה ב-2007 - לארגון שלטוני שהניח למצוות הג'יהאד, כדי לבסס את המערכות של המדינה שהקימה ברצועת עזה.
הכסף, הנשק והטילים שצבר ארגון הג'יהאד מאפשרים לו להציב אתגר חמור לחמאס: מצד אחד הוא יכול להביא לערעור סדרי החיים בעזה על-ידי ירי בלתי מבוקר לעבר ישראל, ואילו שלטון חמאס יכול - אם רק ירצה - להכניע את "הג'יהאד" בפעולה נמרצת ומתמשכת, אלא שאז ייתפס כ"ארגון ביטחון ישראלי" ויהיה חשוף למתקפה תקשורתית דומה לזו שספג אש"ף, עקב חתימתו על הסכמי ביטחון עם ישראל. לכן מנסים מנהיגי חמאס להגיע להסכמות עם ראשי "הג'יהאד", באופן שמצד אחד אלה יאפשרו לחמאס לנהל מדינה, אך מצד שני ישמרו על חופש פעולה ולא יאשימו את חמאס בדיכוי "ההתנגדות".
אג'נדה חיצונית בימים אלה סוריה ואירן מחפשות נואשות אפשרויות למשוך את תשומת הלב העולמית מהטבח ההולך ומחמיר המתרחש בסוריה, ואין דבר טוב יותר מחזית עזה הידועה והמוכרת. בחודשים האחרונים התערערו היחסים בין אירן ובין חמאס, על-רקע סירובו של חמאס לתמוך פומבית בשלטון הסורי הנלחם על חייו נגד אזרחיו. המעורבות המצרית בעסקת שליט דחקה החוצה את הגורמים האזוריים שבחשו בקלחת - אירן וטורקיה - וחמאס הוכיח את יכולתו לשחרר יותר מ-1000 אסירים פלשתינים וקצר תשואות רבות על חשבון כל הגורמים האחרים, כולל אש"ף ו"הג'יהאד".
מבוקשם של ראשי חמאס לעזוב את דמשק ולעבור לקהיר הציב את "הג'יהאד האיסלאמי" כארגון הכמעט יחיד שעדיין נותר לקואליציה אירן-חיזבאללה-סוריה במרחב הפלשתיני. לכן חימום החזית עם ישראל, כדי שזו תפגע בחמאס, נתפס כתסריט הרצוי ביותר לאירן ולגרורותיה. כך תביא אירן לפגיעה בחמאס, מבלי שאף אחד יוכל להאשים את האייתוללות ואת חברם "הקצב מדמשק".
במשוואה זו, על ישראל לנהוג בחוכמה: נכון שחמאס אינם ציונים נלהבים, אבל בקונסטלציה שבה "הג'יהאד" המוּנָע על-ידי הסורים והאירנים מנסה לגרור את ישראל לתגובות קשות שיפגעו בחמאס, על ישראל להשקיע כל מאמץ לפגוע דווקא בג'יהאד, ולאפשר לחמאס להקים את המדינה האיסלאמית שלו בעזה. אין בדברים משום ניסיון להעניק לחמאס "תעודת כשרות", אבל עלינו לראות תמיד את האלטרנטיבה: עדיף לישראל שלטון בעזה של ארגון המסוגל להטיל סדר ומשטר, גם אם אינו נחמד, מאשר לאפשר לגורמים שאירן וסוריה שולטת בהם להרוג יהודים באשקלון, בשדרות ובעוטף עזה, רק כדי שהעולם לא יראה את ההרוגים בחומס, בחמאה, בלטקיה ובדרעא.
הברירה הניצבת בפנינו אינה בין הטובים ובין הרעים, אלא בין הרעים ובין הרעים יותר. זוהי ברירה לא פשוטה, אבל אלה הם פני הדברים במזרח התיכון: עלינו להתאים את ציפיותינו לנתונים העלובים של אזור המצוקה שבו אנו מנסים לקיים מדינה סבירה והגונה.
