בספרו "עין איה" כותב הראי"ה קוק: "וזה יהיה גם כן כעין הרגל והדרכה לשלום הכללי הגדול, שירחש ישראל על-פי תורת ד' אשר דרכיה דרכי נעם ושלום לכל העמים. 'גר ותושב וחי עימך' אמרה תורה, גם ליחס בני נכר הגרים אתנו בארצנו, אנו רק מקפידים על הסרתו מדרך רעה ומזיקת, להיותו איש ישר כחובת בני נח. אומנם אם יש לו לבן הנכר אומה וארץ אבות יכול להיות לו עליהם געגועים וחיבה ובזה יהיה 'גר', אך בכל זאת תכירהו גם ל'תושב' לעניין קירוב הדעת וחופש וזכויות הראויות לאדם, ואל ייקחך ליבך להכחיד ממנו את רגשותיו הטבעיות לעמו ולארצו עד שיהיה רק תושב, כי אם 'גר ותושב וחי עמך'". דברי הראי"ה נכתבו טרם הקמת המדינה, ואין בהם התייחסות ליחס אל הנוכרי כאשר הארץ בשלטון ישראל.
התייחסות כזו מוצאים אנו בדברי בנו יחידו, הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל. הוא היה אומר: "צריך לדבר, להסביר, לשכנעו לפעול, כדי למעט השנאה בין יהודים ובין ערבים. להרבות ידידות והתקרבות ולבטל כל קיפוח. אבל קודם כל צריך להיות ברור שהארץ היא שלנו, על זה אין מה לדון. הארץ כולה היא של הקב"ה, הוא נתנה לעם ישראל ואין לאיש מאתנו רשות לוותר על שום חלק ממנה. באופן פרטי הם יכולים להישאר פה כמיעוטים. ואם הם לא יגרמו לנו צרות ולא ימרדו בשלטוננו, אלא יקבלו את ממשלתנו על הארץ הזאת, לא נפגע בהם".
להיפגש כדי למעט את השנאה עוד מספר הרב צבי יהודה זצ"ל: "פעם ניגשה אלי גברת אחת בשם דינה דינור ובפיה רעיון גדול: להפגיש אנשי דת ואנשי ספרות, יהודים וערבים יחד. השבתי לה: מדוע לא? אדרבא, ניפגש. התייחסתי לדבר בחיוב, ונפגשנו פעם-פעמיים, אחר-כך אמרתי לגברת דינור: הלא את נפגשת הרבה עם עסקנים לאומיים ערביים, אנא בטובך, תבררי איתם אם נהיר להם, שלא לקחנו מהערבים שום ממשלה, כיוון שהם אף פעם לא שלטו כאן. היה פה שלטון טורקי והאנגלים לקחו אותו מהם, ואנחנו קיבלנו אותו מן האנגלים. אבל לא היה כאן מעולם שלטון ערבי, חוץ מאשר תקופה קצרה מאוד לפני מאות שנים. אם הם מודים בכך, נמשיך להיפגש, ואם לא - עם שקרנים אין לי שום עסק".
היו שהסתייגו בכלל מפגישות אלו, בטענה שהמשתתפים הערבים הם מרצחים מוסווים. "אבל אני" - אומר הרב צבי יהודה זצ"ל - "אמרתי שחשוב מאוד להיפגש ב'חוגי בית' אלו, אשר מטרתם למעט את השנאה. צריך לדאוג שלא לקפח את זכויות המיעוט באופן פרטי, אבל מבחינה פוליטית, ממלכתית, אי-אפשר להתכחש לאמת שאנו לא חייבים לערבים כל ממשלה בארץ ישראל".
עמדתו זו, שלא לקפח את זכויות הפרט של הנכרי, לא הייתה תיאורטית בלבד. רבו העובדות בהן עמד על המשמר שלא לפגוע בזכויות אנוש של הנוכרי, ואציין כמה מהן.
"נצטערתי ונתביישתי למראה עיני" ליד ישיבת "מרכז הרב" הישנה ברחוב הרב קוק, שוכן בית-ספר ע"ש סוקולוב. באחד הימים ראה הרב צבי יהודה זצ"ל ילדים יוצאים מבית הספר ופוגעים "פגיעה שבגוף והתגרות גסה בערבים רוכלי רחוב". מתוך מרוצת הילדים והשתובבותם לא עלה בידו להשיגם ולהעירם, ובאותו יום (ה' בניסן תש"ז) הוא משגר מכתב אל מנהל ביה"ס וחבר המורים:
"נצטערתי ונתביישתי מאוד למראה עיני זה. איני יודע מי הם הילדים האלה, מי הוריהם ומוריהם, יודע אני רק זה, שהם היו יוצאי בית הספר. לא כולם עסקו באותה פגיעת-התגרות מגונה, וכמדומני שגם מי מהם מחה נגד זה, אף על-פי כן מציאות העובדה הזאת, שהכאבתני והעלבתני, כאמור, מחייבת אותי להעירכם על הצורך בשימת לב חינוכית יתירה ומיוחדת לביטול אפשרויות שכאלה, גם מצד עצמה של תורת היהדות ומוסרה וגם מצד הערך המעשי היישובי והמדיני, של משמרת דרכי שלום ויחסי שכנים".
"יש להוקיע זאת ולהתבייש בזה" בשנת תש"כ התפרסמה באחד העיתונים כתבה המספרת על התעללות בערבי בדרך לאילת על-ידי גניבת נעליו. על פרסום זה מגיב רבנו זצ"ל במכתב למערכת: "מחויבני להביע את צערי על פרסום הרשימה המכאיבה: 'סכסוך הנעליים בדרך לאילת'. אם לצערנו קרה מקרה מחפיר כזה, של סידור עלבון וצער כזה, מתוך התלוצצות פרועה ומושחתת זו, ע"י אנשים מתוכנו, אל בן אדם משכנינו הגרים ויושבים בתוכנו, הרי יש להוקיע זאת ולהתבייש בזה, ולחפש דרכים כיצד לפייס באמת את הנעלב, המזדמן לתומו בינינו, ולתקן את המכשלה הזאת, שלא יישנו חלילה עוד מקרים נוראים כאלה אצלנו ולסלק את חילול השם, העוון הזה מעלינו - ולא לפרסם את זה בתור 'חוכמה מעניינת'".
גם אחרי שחרור יהודה ושומרון במלחמת ששת הימים - בעלייה הראשונה של גרעין "אלון מורה" ליד שכם, בה השתתף הרב צבי יהודה זצ"ל, בהיותו על שטח ההתנחלות - היה שואל, פעמים אין מספר, כל גורם חדש שהגיע האם הקרקע היא פרטית או ציבורית. ורק משנאמר לו כי הקרקע היא אדמת מדינה, נחה דעתו.
מכל האמור מבואר, שעם כל דבוקתנו בנחלת אבותינו בלא פקפוק וללא פשרה, אין לנו בדברי רבותינו ז"ל כל רמז של היתר לקפח את זכויות הפרט של האוכלוסיה הנוכרית בארץ ישראל, כל עוד אותם פרטים אינם מסכנים את קיומנו ושלומנו.
