בית המשפט ממנה מומחה מטעמו כאשר יש פער ניכר בין חוות הדעת של מומחי הצדדים, מתוך תקווה כי המומחה שמטעם בית המשפט ייטיב לבאר ולפענח את המחלוקות המקצועיות ויאיר בחוות דעתו את עיני בית המשפט.
האחריות המוטלת על כתפי מומחה מטעם בית המשפט היא כבדה, דווקא בשל הסיבה שלפעמים השופט זונח במעט את תפקידו השיפוטי ומטיל ולו באופן חלקי - אחריות ואפילו מטלות על המומחה.
דוגמה א': בעת דיון בבית המשפט, אמר השופט כי בדרך כלל הוא מקבל את דעתו של המומחה מטעמו וחריגה מחוות דעתו של המומחה הוא מעשה נדיר. הדברים נאמרו בהקשר לביקורת קשה שמתח צד לדיון על חוות דעתו של מומחה מטעם בית המשפט. באותו אירוע בית המשפט העביר לאותו צד לדיון מסר מדכא, מייאש ומבטל כל יוזמה, שכן בניגוד לדברי השופט, תפקידו של בית המשפט הוא לבקר ולבחון את חוות הדעת של המומחה מטעמו, גם כשאין נגדה ביקורת. בעניין זה להלן שני ציטוטים מפסקי דין חשובים בתחום:
ע"א 4218/90
חפציבה בע"מ נ' כרמן ואלכסנדר להנר בית המשפט העליון, הנשיא מ' שמגר (ביחד עם השופטים א' גולדברג וי' מלץ):
"המומחה אשר מונה על-ידי בית המשפט לא היה מומחה שמונה בהסכמה, ומשקלה של חוות הדעת היה כמשקל חוות הדעת של הצדדים". דברים אלו נאמרו כרקע להעדפת חוות דעתו של מומחה צד לדיון על פני חוות דעתו של המומחה המוסכם.
ת"א 25-38/90
אברהם אלברט ואח' נ' שיכון ופיתוח לישראל בע"מ ואח', בית המשפט המחוזי בחיפה, שופט: י' מרגלית (ביחד עם מ' סלוצקי וח' אריאל):
"למרבה הצער לא בדק שופט השלום את חוות הדעת האלה (של מומחה בית המשפט - אב"ע) בדיקה בקורתית וקיבלן על קרבן וכרעיהן ללא דיון כלשהו בפסקי דינו ואימצן למעשה כבסיס לפסקי דינו".
דברים אלו נאמרו כרקע לדחיית עיקר מסקנותיו של מומחה בית המשפט והעדפה גורפת של דעתו של מומחה התובעים, בניגוד לקביעת שופט השלום (א' קיטאי) שקיבל "כזה ראה וקדש" את ממצאי המומחה שמינה - המהנדס י' דימנט. המומחה מונה בתיק זה בהסכמת הצדדים לדיון ושימש כמומחה מוסכם. על פסק דין זה הוגש ערעור לבית המשפט העליון - רע"א 3186.92
שיכון ופיתוח לישראל בע"מ נ' אברהם אלברט ואח' שופט: הנשיא מ' שמגר. בקשת הרשות נדחתה. דוגמה לפעילות אקטיבית של מומחה המתמנה על-ידי בית המשפט ובתוקף מינויו - לשביעות רצונו המלאה של השופט שמינהו - ממדר ומצמצם את המידע הזורם אל בית המשפט, מצויה בבר"ע 1485/91 אולמן ואח' נ' רסקו חב' להתיישבות חקלאית ועירונית בע"מ, בית המשפט המחוזי בחיפה, שופט: נ' קליינברגר. תיק זה התנהל תחילה בבית משפט השלום בחיפה. בית המשפט מינה כמומחה את המהנדס י' דימנט אשר שלל את חוות הדעת של מומחה התביעה, וסרב לענות על שאלות הבהרה בגיבוי בית המשפט בטענה כי השאלות הן היפותטיות - שכן משקבע המומחה כי אין ליקוי, כל פרשנות אחרת היא השערה שדינה להתבטל. בית המשפט המחוזי סבר אחרת והורה למומחה לתת תשובות גם כשהשאלה כוללת בתוכה הנחה המנוגדת לדעתו של המומחה, וזאת כדי שבפני בית המשפט יונחו כל הגרסאות לרבות העלויות של התיקונים, ובית המשפט יוכל להכריע מהי הגרסה הנכונה. לו לא הייתה מוגשת הבר"ע - הייתה החסימה מצליחה, דבר שקורה בתיקים רבים גם כיום, למרות פסק הדין שבערעור המשמש אדן חשוב בתיקי ליקויי בנייה.