עד להדחתו של מובארכ הייתה מצרים, שראתה במהפכה האיסלאמית איום על משטרה, מרכיב מרכזי בציר המדינות הערביות' המתנגדות לאירן. מצרים של סאדאת הייתה מוכנה לתת מקלט לשאה המודח והרפובליקה האיסלאמית של אירן, הנציחה את שמו של רוצחו ברחוב בטהרן. המצב של יחסי עוינות והיעדר יחסים דיפלומאטיים אפיין את התקופה של יותר מ-30 השנים שמאז מהפיכת חומייני. לאחר שנפל מובארכ נשמעו התבטאויות של גורמים פוליטיים שונים במצרים החדשה, ששיקפו תפיסה לפיה יחסי העוינות עם אירן אינם טבעיים והם היו ביטוי של נכונות מובארכ ומשטרו לכפוף את האינטרסים של מצרים, כדי לשרת את ארצות הברית וישראל. לפיכך, מצרים צריכה לחדש את היחסים עם אירן ולקיים עמה קשרים קרובים. לכאורה היה ביטוי מעשי לשינוי הלך הרוח כלפי אירן כאשר מצרים התירה מעבר כלי שייט צבאיים אירניים דרך תעלת סואץ לים התיכון. אירן קיבלה בברכה התפתחויות אלו, ומאז, נעשו ניסיונות, בעיקר ביוזמת אירן, לחדש את היחסים אך לשווא, וכנראה שלא במקרה.
כאשר החל "האביב הערבי" אירן ראתה בכך הזדמנות לשנות את מאזן הכוחות במזרח התיכון ולשפר את מעמדה. נפילת אחד מאויביה הגדולים, מובארכ, הייתה בראייתה הזדמנות גדולה. היא הייתה אחת המדינות הראשונות שבירכו את
מוחמד מורסי על ניצחונו בבחירות לנשיאות מצרים. "זהו השלב הסופי של ההתעוררות האיסלאמית", הגדיר שר החוץ של אירן, עלי אכבר סאלחי, את הודעת ועדת הבחירות המרכזית בקהיר. "תנועת המהפכה של העם המצרי הובילה לעידן חדש ולשינוי במזרח התיכון כולו", אמר. סוכנות הידיעות האירנית פארס אף טענה כי מורסי אמר בראיון עמה, כי הוא מעוניין בקשרים טובים עם אירן, כדי "לייצר מאזן של כוחות באזור". דברים אלו הוכחשו מאוחר יותר על-ידי דוברו של מורסי. השאלה היא, אפוא, האם הנטייה לנהל מדיניות הפוכה לזו של משטר מובארכ בתוספת הקִרבה האידיאולוגית האפשרית בין האחים המוסלמים והמשטר האיסלאמי אכן תביא לשינוי במיצובה של מצרים במאבק האיתנים בין הציר של אירן והגורמים הקרובים לה לבין המדינות הערביות הסוניות, הרואות באירן איום, ובמרכזן מדינות המפרץ. מאבק זה מחייב אף מדינות שבעבר ניסו לנהל מדיניות ניטרלית להצהיר לצד מי הן עומדות, וכך למשל, קטר שניסתה בעבר לתמרן בין המחנות התייצבה בברור בצד המתנגד לאירן.
גם מהבחינה האידיאולוגית עליית האחים המוסלמים במצרים אינה מבטיחה בהכרח "ירח דבש" ביחסים עם אירן ולו בשל העובדה כי אין תמימות דעים בקרב "האחים" באשר ליחס האידיאולוגי כלפי אירן. בכירים אחדים בהנהגת האחים המוסלמים במצרים רואים בחיוב את תפקידה של אירן כמי שמובילה את מחנה ה"התנגדות". מנגד, היותה ארגון סוני מובהק, מחייב אותה, במידה מסוימת, למסורות בסונה שהן בעלות יחס שלילי לזרם השיעי. מייצג עמדה זו הוא שיח יוסף אל-קרדאוי, אשר נחשב בעיני רבים כסמכות הדתית והאידיאולוגית העליונה של האחים המוסלמים, אשר הביע כמה פעמים את חששו מפני סכנת "ייצוא המהפכה" האיסלאמית ותהליך "השיעיזציה" של האוכלוסיה הסונית במדינות ערב. סביר, כי יחסיה של מצרים עם אירן בעידן מורסי יוכתבו על-ידי כמה שיקולים מרכזיים: ראיית המשטר החדש את האינטרסים הלאומיים של מצרים ובכלל זה מעמדה האזורי; מאזן הכוחות של הנשיאות והפרלמנט הנבחרים עם הצבא, והצורך בשימור היחסים עם שחקנים אזוריים וגלובאליים מרכזיים.
מרכיב מרכזי בזהותה של מצרים הוא ראייתה את עצמה כמדינה הערבית המרכזית ומנהיגת העולם הערבי. בהקשר זה ראוי לציין מאמר דעה פרי עטו של מורסי, שבו הטיח בקורת על היעלמותה של מצרים מהבמה העולמית, שיצרה חלל מסוכן, לדבריו, וסיכנה את היציבות האזורית. "יעודה של מצרים הוא להוביל. אם אבחר אוודא שמצרים ממלאת יעוד זה", כתב. זה יוצר התנגשות של אינטרסים בין מצרים לבין אירן, החותרת להרחיב את השפעתה במזרח התיכון הערבי. מסיבה זו מצרים אינה מתלהבת מההשפעה הגוברת של טורקיה, אף על-פי שהמודל האיסלאמי של טורקיה אולי תואם יותר את השאיפות המצריות.
קרבה אידיאולוגית לא ברור כיצד יתפתח המאבק בין מורסי למועצה הצבאית העליונה, ואם סמכויותיו של הנשיא יאפשרו לו לשנות את מדיניות החוץ והביטחון של מצרים באופן מהותי. ב-17 ביוני 2012, דקות ספורות אחרי סגירת הקלפיות, יצאה הודעה מאת המועצה הצבאית העליונה לפיה הנשיא לא יוכל להכריז על מלחמה אלא לאחר שקִבל את אישור המועצה. במצב בו תתפתחנה מהומות פנימיות במדינה יוכל הנשיא להיעזר בצבא כדי להשליט סדר רק באישור המועצה. יתר על כן, לפי הודעת המועצה הצבאית יוותרו בידיה סמכויות גם בניסוח חוקתה החדשה של מצרים ומאחר שהיא הגורם המרכזי בקביעת חבריו של הגוף שיכונן חוקה זו, מובטחת, לפחות בעת הזו, למועצה שליטה על הפרקים הראשיים בחוקה. הנהגת הצבא לא שינתה את תפיסותיה לגבי מדיניות החוץ והביטחון של מצרים ונראה, כי אירן ושלוחיה באזור עדיין יתפסו בעיניה כנוגדים את האינטרס הלאומי המצרי, ולכן בפועל, מצרים ממשיכה במדיניותה הקודמת מול אירן ובכלל זה אף במאמץ לבלימת הברחות הנשק לרצועת עזה, המגיעות ברובן מאירן, גם אם ישראל אינה מרוצה מהאפקטיביות של מאמץ זה. יש להניח שממשלה של האחים המוסלמים תשנה את גישתה לחמאס המקורב אידיאולוגית לתנועה, אבל זה לא יחייב בהכרח שינוי הגישה לאירן.
מורסי מבין את החשש בסעודיה לנוכח האפשרות, כי מצרים ואירן יתקרבו ולא ירצה לפגוע ביחסים החשובים עם המדינה הערבית העשירה ביותר בעת בה הכלכלה המצרית שרויה במשבר. להערכתנו הצרכים היומיומיים במצרים יגברו על האידיאולוגיה. לראיה, ביקורו הראשון של מורסי מחוץ למצרים צפוי להיות לסעודיה, מסר ברור באיזה מחנה נמצאת כעת מצרים. למרות ברכתו (המהוססת) של עבדאללה לנשיא הנבחר, סעודיה לא רווה נחת מניצחונם של "האחים". דווקא בשל הקרבה האידיאולוגית בין שתי התנועות האיסלאמיות, האסכולה הווהאבית ותנועת האחים המוסלמים, קיימים יחסי תחרות ומתח רב ביניהם המתבטאים בהתקפות הדדיות. ראשי המשטר הסעודי נותרו מסויגים מ"האחים" (לא התירו להם להקים סניף בממלכה) והרבו, במיוחד בשנים שלאחר פיגועי ה-11 בספטמבר בארצות הברית (משום הביקורת האמריקנית כי הממלכה מטפחת קיצוניות), להתבטא בפומבי ובחריפות נגדם.
ספק גם עם מצרים מוכנה לשלם את המחיר שבחימום היחסים עם אירן, לא רק מול מדינות המפרץ אלא גם מול ארצות הברית והמערב בכללו שלא יראו בחיוב מהלך כזה. אפשרי שאירן ומצרים יחממו את יחסיהן ולו כדי לבדל בין המשטר הנוכחי למשטרו של מובארכ וכחלק ממדיניות חוץ חדשה של מצרים שלאחר המהפכה לקיום יחסים תקינים עם כל שכנותיה. עם זאת קשה להניח שמצרים תקיים קשרים חמים וקרובים עם אירן. מהלך כזה עלול לבודד את מצרים בזירה הערבית והגלובאלית; לפגוע במעמדה הבכיר באזור ובאינטרסים של מצרים במדינות המפרץ ולשלול ממנה סיוע פיננסי חיוני. יותר סביר להניח שמצרים תבין, כמו שטורקיה הבינה לאחר פרוץ האביב הערבי, שעליה לקחת צד, והמקום שהוא יותר טבעי לה הוא בין המתנגדות לאירן והמתחרות בה.
לישראל אינטרס כפול: אופרטיבית - שמצרים תפעל בסיני נגד הברחות אמצעי הלחימה לעזה ואסטרטגית - שתמשיך לשמש שותף מרכזי בציר הערבי המתנגד לאירן. אין לישראל יכולת להשפיע על החלטתה של מצרים, אבל ייתכן, כי מערכת היחסים שתתגבש בין ישראל למצרים החדשה תהיה מרכיב בהחלטה המצרית ביחס לאירן.
