דיווחים עדכניים על עשרות ג'יהאדיסטים מכווית, העושים את דרכם להשתתף בלחימה בסוריה, מדגישים ביתר שאת את אחיזתם החזקה של ארגונים איסלאמיים רדיקאלים בה. מאז ינואר 2012, הפכה סוריה לשדה קרב עיקרי של עולם הג'יהאד, שבו הפציעו כמה ארגונים ג'יהאדיסטים זרים וסוריים, הלוקחים חלק בסכסוך.
התפתחות זו מציבה איום חמור לא רק על הממשלה הסורית הנוכחית או על כל ממשלה עתידית, אלא מאיימת גם על האופוזיציה החמושה בסוריה, בראשותו של הצבאי הסורי החופשי (FSA).
בעת הזאת, לפחות עשרה ארגונים זרים וסוריים מוכרים, המחזיקים באידיאולוגיות שונות, מנהלים ג'יהאד מיליטנטי בסוריה. חרף הבדלים אידיאולוגיים אלה, יהא זה מועיל להבחין ולהשוות בין דרכי הפעולה של כל אחד מן הארגונים, המתחלקות לשלושה סוגים: 1) ארגוני "תמיכה" העוסקים בעיקר בסיוע להזרמת תחמושת ולוחמים לסוריה; 2) ארגוני "גרילה" המבצעים התקפות בהיקף קטן, אך קבוע נגד כוחות הביטחון, 3;( ארגוני "טרור" המוציאים אל הפועל פיגועים בפרופיל גבוה מחוץ לאזורי הלחימה הרגילים. הבחנה זו מלמדת כי ארגוני "טרור" תרמו את התרומה המשמעותית ביותר לסכסוך בסוריה.
ארגונים אלה ביצעו לפחות תריסר התקפות משמעותיות מאז חודש ינואר 2012, לרבות פיגועי התאבדות באמצעות מכוניות תופת בדמשק, באלפו ובאידליב. בנוסף לתרומתן להסלמת האלימות בסוריה, הנחיתו התקפות אלה מכה פסיכולוגית קשה על המשטר הסורי, בכך שהדגישו את חולשתו של מנגנון הביטחון הסורי. ההתקפות בוצעו בעיקר בידי שני ארגונים סוריים סלפיים, ג'בהת אל-נוסרה ופלג הארגון קטא'איב אחרר אל-שאם, הפועל מבסיסו שבאידליב, ארגוני טרור ששאבו השראה וסיוע מארגון אל-קאעדה בעירק והפכו לשניים מהארגונים הסוריים הבולטים ביותר הפועלים כיום בסכסוך. למרות זאת, ארגוני טרור בסוריה אינם זוכים בה לתמיכה רחבה וכן הם לא ניסו לבסס קשרים עם הצבא הסורי החופשי. אולם מחוץ לסוריה צברו ארגונים אלה תמיכה רחבה, לרבות בדמות קבלת מספר קטן של לוחמים סלפיים זרים מעירק, מירדן, ממצרים, ולאחרונה גם מכווית.
תמיכה חיצונית זו הוענקה גם לכמה ארגוני גרילה, הפועלים בסכסוך הסורי, וניתן לקשרה עם האלימות המוגברת סביב חומס, וכן עם העלייה בשיעור של 134 אחוזים בהתקפות באמצעות מטעני חבלה מאולתרים נגד כוחות הביטחון הסוריים מאז חודש ינואר 2012. חרף הבדלים אידיאולוגיים, רבים מהארגונים הסוריים והזרים בקטגוריה זו ביססו קשרים רופפים עם הצבא הסורי החופשי, (למשל, הארגון הסורי דו אל-נורין וארגון פתח אל-איסלאם שבסיסו בלבנון) והם מסייעים לו במלחמה נגד מנגנון הביטחון הסורי, באמצעות שימוש בטקטיקות של לוחמת גרילה, המבוססות על ניסיון שהצטבר בזירות ג'יהאד אחרות. ארגוני התמיכה השונים מהווים חוליית מפתח באספקת נשק ולוחמים לסוריה לאורך נתיבי הברחה קיימים, בעיקר מעירק ולבנון,ואף על-פי שארגונים אלה נותרו בשוליים, מיוחסת להם תרומה חשובה בסיוע בהזנת הסכסוך בסוריה. יתר על כן, חלקם, דוגמת ארגון "צבא עירק החופשית", אף ציינו, כי הם עשויים להצטרף לסכסוך במועד מאוחר יותר.
על-רקע הלחץ של הסכסוך הפנימי, שכבר פוגע בסמכותה של הממשלה הסורית הנוכחית, ארגונים איסלאמיים רדיקליים אלה רק מגבירים את הלחץ על הממשל. גודלם הקטן של ארגונים אלה, שרירותיות התקפותיהם, ויכולתם ההולכת וגוברת ללבות תסיסה, מקשה על כוחות הביטחון הסוריים להילחם בהם ביעילות כמו גם בצבא הסורי החופשי. בטווח הארוך, לחץ ממושך זה מסייע בהמשך החלשתה של הממשלה הסורית. עבור חלקה הגדול של האופוזיציה הסורית, הגורמים האיסלאמיים הרדיקליים מהווים כיום שותף חיוני אך בעייתי במלחמתם נגד הממשלה הסורית: באמצעות שמירת מרחק מארגונים איסלאמיים רדיקליים אלה, ביסוס בריתות עם מקצתם, והוקעתם של חלקם (בפרט אל-קאעדה), הם מקווים לנצל את יכולת הלחימה של ארגונים אלה מבלי לפגוע באמינותם בעיני העם הסורי והקהילה הבינלאומית. אולם בטווח הארוך, לכשיצברו ארגונים איסלאמיים רדיקליים אלה תמיכה ויכולת רבים יותר, יחסים בעייתיים אלה עלולים להתערער, והאופוזיציה, בפרט הצבא הסורי החופשי, עלולה להיווכח כי עליה להתמודד עם אתגר נוסף בדרך לעלייתה לשלטון בסוריה. יכולתה של כל ממשלה סורית עתידית לנטרל את השפעתם של ארגונים איסלאמיים רדיקליים אלה היא שאלת מפתח, לנוכח אפשרות הישנותם של האירועים בעירק לאחר הפלישה האמריקנית בשנת 2003. כך למשל, במקרה של עירק, נצלו הגורמים האיסלאמיים הרדיקליים את הוואקום השלטוני שנוצר כתוצאה מהתפוררות מנגנון הביטחון, ובססו נוכחות חזקה שמורגשת גם כיום.
גורמים איסלאמיים רדיקליים בסוריה עלולים להשפיע בטווח הארוך על שני שחקנים אזוריים: חיזבאללה וישראל. במצב שבו הסכסוך כבר פוגע בתמיכה החיונית ארוכת הטווח שמקבל החיזבאללה מסוריה ומאירן, הופעתם של ארגונים סונים רדיקליים עוינים על סף דלתו בסוריה מערערת את הדומיננטיות הבלעדית שאפיינה את החיזבאללה בעבר. מבחינתה של ישראל, הסכסוך בסוריה היווה בעיקר יתרון, בכך שסייע בערעור יציבותה של ממשלת סוריה, וכפועל יוצא מכך, את יציבות בעלות בריתה העיקריות, אירן וחיזבאללה. עם זאת, לנוכח הופעתם של כמה ארגונים איסלאמיים רדיקליים בסוריה, העוינים מאוד את ישראל, גבולה הצפוני של ישראל עתיד להוות יעד להתקפות מצד ארגונים אלה בעתיד. עם הפיכתו של המצב בסוריה כיתתי וכאוטי יותר, הארגונים האיסלאמיים הרדיקליים בה צפויים להפיק רווחים, אך אין זה ברור באיזו מידה.
