עיקר פרסומו של ספר יונה הינו בשל העובדה כי חז"ל קבעו אותו כהפטרה לתפילת מנחה של יום הכיפורים. קריאת ההפטרה בתפילת מנחה, היא דבר נדיר המתרחש רק בתפילת מנחה של יום הכיפורים ותשעה באב. יש עדות הנוהגות להפטיר במנחה בשאר ימי תענית ציבור. כל שאר ההפטרות נאמרות רק בתפילת השחרית בשבתות וימים טובים. בדרך כלל יש קשר בין תכנה של ההפטרה לפרשת השבוע. אולם כאשר חל חג או ראש חודש בשבת, או כאשר חל ראש חודש ביום ראשון מדלגים על סדר ההפטרות, ומפטירים מעניינו של ראש החודש או החג.
הספר אינו מביא את נבואותיו של יונה אלא עוסק בסיפורו של יונה במסעו לנינווה. מה כל כך מיוחד בספר יונה שחז"ל קבעו שיקרא באחד מרגעי תפילת יום הכיפורים? אלא אומרת הגמרא: "ובמנחה קורין בעריות ומפטירין ביונה" (מגילה ל"א ,ב').
חכמינו לא פירשו את הטעם לקריאת ההפטרה. גם גדול הפרשנים רש"י אינו נותן טעם לדבר, ואולם ר' שמחה בן שמואל תלמידו של רש"י מנמק את קריאת ספר יונה במנחה של יום הכיפורים נוכח רעיון התשובה המתבטא בעיון בספר: "והשלישי מפטיר ביונה משום תשובת אנשי נינווה" (מחזור ויטרי מהדורת ש. הורוויץ, ברלין, תרנ"ג עמ' 293). אכן זהו הטעם הרווח אצל חלק מהפרשנים: "לפי שיש בו כוח התשובה" (טור או"ח בית יוסף תרכ"ב הלכות יום כיפור). בספר אבודרהם מוזכר טעם נוסף: "ללמד לבני העולם שאין אדם יכול לברוח מפני השם" (אבודרהם השלם, ירושלים תשי"ט, עמ' רפ"ז). או במילים אחרות ספר יונה בא לשמש כספר הדרכה והנחיה בהתנהגותו והליכותיו של האדם בישראל.
השיבה אל אלוהים מעניין הדבר שמהותה ותכליתה של התשובה ניכרת היטב שאם נעיין בספר יונה ובמסעו לנינווה נגלה שבכל פרק מפרקי הספר כל דמות הנפגשת עם יונה הנביא סופה שתשוב אל ה'.
בפרק א' פוגש יונה באוניה את יורדי הים. אלו שהחברה האנושית הרגילה ועולמה המוסרי זר להם. ימאים עובדי אלילים. ראשיתם של ימאים אלה: " וייראו המלחים ויזעקו איש אל אלוהיו" (פסוק ה'). ואחריתם: " וייראו האנשים יראה גדולה את ה' ויזבחו זבח לה' וידרו נדרים" (פסוק ט"ז'). וכי זבחו זבח? אלא ברית מילה שהוא כדם זבח, ונדרו כל איש מהם להביא את בניו ואת כל אשר לו לאלוהי יונה, ונדרו ושלמו ועליהם הוא אומר את הגרים גרי הצדק" (מדרש תנחומא).
בפרק ב' עוסק הפרק כולו בתשובתו של יונה אל ה' ממעי הדגה, בהכרה מלאה של יונה כי ה' עמו גם בריחוק מקום. אפילו בבריחתו מה' , אל ה' הוא בורח: " ואני אמרתי נגרשתי מנגד עיניך אך אוסיף להביט אל היכל קודשך...בהתעטף עלי נפשי את ה' זכרתי ותבוא אליך תפילתי אל היכל קודשך" (פסוק ה').
בפרק ג' מתגלה לעינינו יכולת ההשפעה של יונה על נינווה העיר הגדולה באופן סוחף וללא עוררין. יונה בא אל נינווה עיר שגודלה מהלך שלושת ימים. לאחר יום הליכה אחד בלבד, וכבר חוזרים בתשובה כל שדרות הציבור. העם (פסוק ה'), המלך (פסוק ו') וגדוליו (פסוק ז'). תשובתם עולה ומתקבלת "וירא האלוקים את מעשיהם... וינחם האלוקים על הרעה אשר דיבר לעשות להם ולא עשה" (פסוק י').
בפרק ד' באה לידי ביטוי תגובתו החריפה של יונה הנביא על סליחת העוון עד כדי רצונו למות. ליונה קושיות רבות, הן עכשיו יבוא לפני ה' קטרוג גדול על עם ישראל שאינם מקשיבים לנביאיהם ואינם שבים לה'. יתרה מזאת, יונה יודע כי "אשור שבט אפי" וה' עתיד להיפרע מישראל על-ידי יושבי נינווה, וכי ע"י תשובתם יאריך להם ה' אף, ועל כך חורה לו עד מוות. יונה הוא בעל מסירות נפש עם ה' ומוכן היה מראשית דרכו למסור את נפשו על כך: "כובש נבואתו מיתתו בידי שמים כגון מי? כגון יונה בן אמיתי" (סנהדרין פ"ט, עמ' א'). ועם כל זה אין הקב"ה מקבל את תפילתו ואף מלמדו לקח במשל הקיקיון.
ספר יונה מסתיים בקושיא של הקב"ה אל יונה, אשר אחריה אין תגובה בדברי הנביא: "ויאמר ה' אתה חסת על הקיקיון... ואני לא אחוס על נינווה העיר הגדולה" (פר' ה', פס' י', י"א'). אין בדברי ה' אל יונה התייחסות ישירה לשאלותיו של יונה. רק תוכחה על העירעור על מידותיו של הקב"ה. בשתיקתו הגדולה של יונה נעוצה תשובה עמוקה המקבלת את סוד הנהגת ה' בעולמו.
קריאת ספר יונה ביום הכיפורים נועדה לעורר מחשבה על מקומו של האדם בעולמו של הקב"ה, על מהותה של התשובה ועל יסודותיה של הסליחה. רעיונות שיש להציבם כמופת בימי הרחמים והסליחות.
