קיים הבדל מהותי בין מינוי מומחה מטעם בית המשפט בהסכמת הצדדים לבין מינויו שלא בהסכמה. בעוד שבמינוי מומחה מוסכם אין חוות דעת הצדדים מהוות ראיות בתיק, ולפיכך בדרך כלל מומחי הצדדים לא מעידים בבית המשפט, הרי כשהמינוי אינו בהסכמה - אפשר להעיד את מומחי הצדדים וכמובן להגיש את חוות הדעת המקצועיות שלהם כראיות.
לפעמים קיים ערפול ביחס למינוי המומחה, ולא ברור האם הוא במעמד של מומחה מוסכם אם לאו.
לדוגמא, מונה מומחה מטעם בית המשפט בהסכמת הצדדים, אך מטעמים שונים הוא נאלץ להתפטר ממינויו או שבית המשפט ביטל מינויו. בית המשפט מינה תחתיו מומחה אחר, מבלי למיין בהחלטה האם המומחה החדש הוא מוסכם או לא. במצב זה, לא ברור האם המומחה החדש בא בנעליו של המומחה הראשון, ואז גם הוא ממונה בהסכמת הצדדים, או שמא מינויו של המומחה החדש הוא מינוי בפני עצמו שלגביו לא הביעו הצדדים את הסכמתם.
דוגמה שנייה, בית המשפט מינה מומחה והודיע על מינויו לצדדים. בכתב המינוי לא נרשם האם הוא מוסכם או שאינו במעמד של מומחה מוסכם אך אף צד לדיון לא התנגד למינוי. בהמשך הדרך, לא יהיה ברור האם המומחה שמונה על-ידי בית המשפט הוא מומחה מוסכם אם לא.
לפיכך, ההמלצה היא כי בכל מקרה של מינוי מומחה על-ידי בית המשפט, יובהר בכתב מעמדו בהקדם האפשרי והבהרה זו לא תידחה עד לאחר קבלת חוות דעתו.
אפשר להסיק כמה מסקנות מתחום הבוררות.
יש וצדדים לדיון מסכימים ביניהם למיניו של בורר לשם יישוב הסכסוך שביניהם, לאור זאת שהם סומכים את ידיהם על אישיותו של הבורר.
אין לראות בהסכמה מסוג זה משום הסכמה גורפת למינוי כל בורר.
בסכסוך שהתגלע בין קבוצת דיירים מרמלה, בעליהן של 125 דירות מגורים ב-5 בניינים גבוהים, לבין הקבלנים חממי והאדריכל בסט, בשלב מסוים של ההליך המשפטי, הוסכם כי השופט בדימוס מיכאל בן יאיר יהיה בורר דן יחיד. ברבות הימים איבדו הדיירים את אמונם בבורר, בין היתר לאור תמיכתו בבסרבני גיוס, וראו בו מי שמעודד הפרת חוק בתנאים קשים. חוסר האמון גרר בקשה מנומקת לביטול מינויו, בקשה שהתקבלה.
במצב זה, בעוד הדיירים ביקשו להחזיר את התיק לבית המשפט, ביקשו הנתבעים למנות בורר חלופי.
המחלוקת הובאה לפתחו של ביהמ"ש העליון, וראה החלטה אחרונה בנושא - בש"א 4919/02
עזרא חממי ואח' נ' אוחיון ואח', בה בית המשפט העליון דחה את הבקשה לקיום הבוררות, מתוך הבנה כי האמון שניתן לבורר פלוני אינו עובר בירושה לכל בורר וכי יש חשיבות לזהות הבורר. פסק הדין מובא להלן בשלמותו.
אפשר להבין מפסק דין זה, כי ההסכמה ניתנת לזהות מומחה ולא לשיטת המינוי. לפיכך, ברוב המקרים, מומחה הבא בנעליו של מומחה קודם - לא יהיה באותו מעמד כקודמו, אלא אם כן הדבר מפורש בהחלטה מתאימה.
