בשנת 2004 פרסם
מבקר המדינה דוח חמור על המינויים הפוליטיים שביצע הנגבי בהיותו השר לאיכות הסביבה, ובעקבותיו נפתחה חקירת משטרה שהביאה להתפטרותו מתפקיד השר לביטחון הפנים. כתב האישום נגדו הוגש בשנת 2006, ובשנת 2010 זוכה הנגבי בידי בית משפט השלום בירושלים מאשמות שוחד בחירות, מרמה והפרת אמונים, וניסיון להשפיע על בעל
זכות הצבעה; הוא הורשע במתן עדות שקר בפני מבקר המדינה. הנגבי נדון למאסר על תנאי ונקבע שבמעשיו היה קלון, ובעקבות זאת התפטר מהכנסת. בשל שביתת הפרקליטים בסוף 2010 לא הגישה המדינה ערעור על זיכויו.
